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标题: Gaussian中使用oniom优化激发态结构求助 [打印本页]

作者
Author: 764005016 时间: 2023-1-29 12:48
标题: Gaussian中使用oniom优化激发态结构求助
各位老师好，我想用oniom优化分子在晶体环境下的激发态。我计算了MM部分的CHELPG电荷，请问，应该如何电子嵌入？是类似这样的写法吗：＃opt oniom(td=(singlets,nstates=10)/b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3:uff)=embedcharge geom=connectivity
<---空行
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<---空行
0 1
C                -0.86593500 0.25621000 0.11508600
C                -1.86773300 1.17440100 -0.15059900
C                -1.23222000 -1.02932800 0.48142100
C                0.52813200 0.68962600 0.02868400
...略
<---空行
-11.079484 3.713347 -0.838676 0.272660 -----此部分是根据http://sobereva.com/579文中计算得到的CHELPG电荷
-12.081139 4.631418 -1.104034 -0.210476
-11.445682 2.427925 -0.472243 -0.188136
-13.413720 4.251740 -1.034406 -0.034063
-11.829578 5.657487 -1.375829 0.110713
...略
<---空行
<---空行

感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-29 12:53
背景电荷才是写在末尾

给分子力场设置原子电荷要写在元素名后面，看我培训班的ppt

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把td=(singlets,nstates=10)/ 改成td

作者
Author: 764005016 时间: 2023-1-29 13:05

sobereva 发表于 2023-1-29 12:53
背景电荷才是写在末尾

给分子力场设置原子电荷要写在元素名后面，看我培训班的ppt

明白了，谢谢老师！

作者
Author: Red_Star 时间: 2023-8-27 18:24

sobereva 发表于 2023-1-29 12:53
背景电荷才是写在末尾

给分子力场设置原子电荷要写在元素名后面，看我培训班的ppt

sob老师好，对于使用oniom优化分子在晶体环境下的激发态，我有几个问题想请教：

1.我想电子嵌入MM区域的CHELPG电荷，就像上面那样，关键词写＃opt oniom(td/b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3:uff)=embedcharge geom=connectivity，在坐标后空一行加上CHELPG电荷？“uff”后面和“)”前面这部分不需要加任何关键词吗？

2.向sob老师回复的图片里面写的那样，UFF立场下，电荷表达为O-O_3--0.5。但这样表示，没有坐标，怎么区分辨别不同的原子呢？是按照gjf输入文件中MM区域(low层)的原子顺序依次写对应原子的CHELPG电荷吗？

3.如果是按照MM区域(low层)的原子顺序依次写CHELPG电荷，那么到了QM区域(high层)怎么办，是直接忽略过去，接着写MM区域的吗？如果直接略过，继续写MM区域的CHGLPG电荷，会不会无法与gjf输入文件对应的上？

谢谢sob老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-27 21:06

Red_Star 发表于 2023-8-27 18:24
sob老师好，对于使用oniom优化分子在晶体环境下的激发态，我有几个问题想请教：

1.我想电子嵌入MM区域 ...

1 2L的ppt里写明了，原子电荷写在元素名后面。跟定义背景电荷的方式完全是两码事

2 显然XYZ坐标照常写在后面的列

3 对high层原子和ppt里相同方式定义原子电荷

作者
Author: Red_Star 时间: 2023-8-28 10:12

sobereva 发表于 2023-8-27 21:06
1 2L的ppt里写明了，原子电荷写在元素名后面。跟定义背景电荷的方式完全是两码事

2 显然XYZ坐标照常写 ...

非常感谢sob老师的解答，谢谢！
对于问题1，我想表达的是，如果我用的是Qeq电荷，在oniom方法中写为oniom(td/b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3:uff=qeq)=embedcharge，但是Qeq对电荷描述不好；用CHELPG电荷的话，是不是oniom处写成oniom(td/b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3:uff)=embedcharge这样就可以？
谢谢sob老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-28 15:57

Red_Star 发表于 2023-8-28 10:12
非常感谢sob老师的解答，谢谢！
对于问题1，我想表达的是，如果我用的是Qeq电荷，在oniom方法中写为onio ...

是

作者
Author: Red_Star 时间: 2023-8-29 09:38

sobereva 发表于 2023-8-28 15:57
是

谢谢sob老师的解答，感谢

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