计算化学公社

标题: 求助-一个蛋白含有多个肽链时如何用Gromacs进行MD模拟 [打印本页]

作者
Author: danyunlee 时间: 2023-1-29 22:45
标题: 求助-一个蛋白含有多个肽链时如何用Gromacs进行MD模拟
求助各位大神：请问当一个蛋白含有2个以上的肽链时如何用Gromacs进行MD模拟。有种说法是把多条肽链分别固定或先去掉，一条一条的分别与配体进行MD模拟。
也不知道对不对，如果可以一次性进行MD模拟当然最好。
我的蛋白含有两个肽链，我默认按照只有一条肽链时来进行MD模拟，结果各种报错。
请求各位大神指点，谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-30 12:00
"把多条肽链分别固定或先去掉，一条一条的分别与配体进行MD模拟" 这完全是胡说八道。很多蛋白质都是多条链的，怎么可能分别去模拟。

根据报错解决

正常情况下，对于多链的一个蛋白质，或者多个蛋白质，pdb2gmx对每条链都会产生一个itp文件

作者
Author: danyunlee 时间: 2023-1-31 00:54
噢噢，谢谢高人指点，我试试

作者
Author: QYQ 时间: 2024-10-18 19:21

sobereva 发表于 2023-1-30 12:00
"把多条肽链分别固定或先去掉，一条一条的分别与配体进行MD模拟" 这完全是胡说八道。很多蛋白质都是多条链 ...

老师，请问动力学模拟跑完后这种多链的蛋白怎么做rmsf的图。我查看数据文本，有几条链就有几组数据，直接用xmgrace查看出来的图是杂乱在一起的，是要把每一条链的数据分开单独做吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-20 10:18

QYQ 发表于 2024-10-18 19:21
老师，请问动力学模拟跑完后这种多链的蛋白怎么做rmsf的图。我查看数据文本，有几条链就有几组数据，直接 ...

单独做，要么甭用line方式而只显示散点

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)