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标题: NAL ORN氨基酸在CHARMM36力场里原子怎么命名？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-1-30 10:54
标题: NAL ORN氨基酸在CHARMM36力场里原子怎么命名？
你好！

我想用pdb2gmx生成包涵NAL和ORN氨基酸的肽的参数，但是程序报错显示NAL属于Other类型，不是蛋白质残基，

请问是因为我的氨基酸原子命名不对吗？
附上氨基酸的PDB结构和报错内容

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-30 11:59
提示写明了，自己改residuetypes.dat，把自定义残基名字写进去让gromacs认成是蛋白质残基

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-1-30 13:18
老师，在CHARMM36力场的aminoacids.rtp文件中有NAL这个氨基酸，为什么pdb2gmx程序不能识别这个氨基酸是蛋白质类型的呢？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-1-30 14:35
残基类型在residuetypes.dat里面设置，不是aminoacids.rtp，residuetypes.dat和各力场文件在同一级目录下

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-1-30 14:59
本帖最后由灵芝5 于 2023-1-30 17:04 编辑

老师，请问这个NAL氨基酸的原子命名是否正确？

已经改过residuetypes.dat，把NAL加进去，但是加离子时报错说这个氨基酸的主链二面角项没有，请问是因为原子命名顺序不对吗？报错的itp文件在下面

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