计算化学公社

标题: 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子 [打印本页]

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-1-30 13:57
标题: 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子
编写了一个过渡态寻找的脚本，想测试一下，大家有例子可以发来看看。给一下坐标和反应信息。

作者
Author: 函数与激情 时间: 2023-1-30 14:59
1,4丁二烯与乙烯的环加成反应

作者
Author: Voidmio 时间: 2023-1-30 17:33
前段时间做的两个烯丙基化的例子，Roush的体系大点，两个结构都是优化好的过渡态，可以玩玩。

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-1-30 18:45
收到，试试看看

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-1-30 18:53
本帖最后由 mettlyz 于 2023-1-30 18:55 编辑

Voidmio 发表于 2023-1-30 17:33
前段时间做的两个烯丙基化的例子，Roush的体系大点，两个结构都是优化好的过渡态，可以玩玩。

这是找C-B键断裂和C-C键形成的过渡态吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-30 20:42
可以看一下Baker测试集（Journal of Computational Chemistry, Vol. 17, No. 7, 888-904 (1996)），这是一个标准的测试集，很多优化算法都拿这个测试集测过

作者
Author: Voidmio 时间: 2023-1-30 21:25

mettlyz 发表于 2023-1-30 18:53
这是找C-B键断裂和C-C键形成的过渡态吗？

对

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-1-30 22:18

wzkchem5 发表于 2023-1-30 20:42
可以看一下Baker测试集（Journal of Computational Chemistry, Vol. 17, No. 7, 888-904 (1996)），这是一 ...

感谢！

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-1 16:46
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 10:54 编辑

函数与激情发表于 2023-1-30 14:59
1,4丁二烯与乙烯的环加成反应

网页给一下结果：

结构优化+单点能xtb2+PWPB95/def2-TZVPP:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 369856862d379f6d024

结构优化+单点能ωB97x-D3/def2-SVP+PWPB95/def2-TZVPP:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 5688985b57a74ce5670

作者
Author: 函数与激情 时间: 2023-2-1 17:14

mettlyz 发表于 2023-2-1 16:46
网页给一下结果：
结构优化+单点能xtb2+PWPB95/def2-TZVPP:
http://47.98.217.61/#/detail/85558

这个网页好酷啊怎么搞的

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-1 20:53

函数与激情发表于 2023-2-1 17:14
这个网页好酷啊怎么搞的

花了点时间做的。用网页交流比较方便和直观，后面会把振动加进去，可以在线看负频。多多交流。

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-2-1 23:54
需要给什么坐标，反应物和产物吗？

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-2 07:57

mfdsrax2 发表于 2023-2-1 23:54
需要给什么坐标，反应物和产物吗？

给反应物的坐标，电荷，自旋和反应成断键的涉及到原子编号

作者
Author: 阿瞳 时间: 2023-2-2 10:13

mettlyz 发表于 2023-2-2 07:57
给反应物的坐标，电荷，自旋和反应成断键的涉及到原子编号

问下这个寻找过渡态的原理和高斯寻找过渡态的原理是一样的吗？

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-2 10:26
本帖最后由 mettlyz 于 2023-2-2 11:43 编辑

阿瞳发表于 2023-2-2 10:13
问下这个寻找过渡态的原理和高斯寻找过渡态的原理是一样的吗？

NEB，基本原理是一样的。

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-2 16:05
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 10:50 编辑

Voidmio 发表于 2023-1-30 17:33
前段时间做的两个烯丙基化的例子，Roush的体系大点，两个结构都是优化好的过渡态，可以玩玩。

用xtb2+双杂化跑的，等有时间再跑跑高一点精度的

小体系：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 6208a0d977c9d34ffe5

大体系:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 3a18159cd0ccecb8530

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-2 16:35
再发一些有挑战性的例子吧

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-2 16:48
下文介绍的Chem. Eur. J. 2022, 28, e202103815文中有18碳环解离反应
深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性
http://sobereva.com/640 （http://bbs.keinsci.com/thread-29281-1-1.html）

(, 下载次数 Times of downloads: 47)

文章SI的Table S1给了反应物坐标，Table S3是过渡态坐标

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

下文介绍的Carbon 187 (2022) 78-85文中有锂原子迁移反应
理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关
http://sobereva.com/630（http://bbs.keinsci.com/thread-27232-1-1.html）
(, 下载次数 Times of downloads: 51)

Table S1给了三个驻点的坐标
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: skdmax 时间: 2023-2-6 12:54

mettlyz 发表于 2023-2-2 16:05
用xtb2+双杂化跑的，等有时间再跑跑高一点精度的
小体系：http://47.98.217.61/#/detail/85566
大体系 ...

网站打不开是什么问题呢？谢谢

作者
Author: likejade 时间: 2023-2-6 13:34
能不能提供一个使用说明呀？

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-6 15:35
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-16 13:51 编辑

sobereva 发表于 2023-2-2 16:48
下文介绍的Chem. Eur. J. 2022, 28, e202103815文中有18碳环解离反应
深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO) ...

C18-(CO)2的反应过程:https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 7fba00303b30e05a556，能垒同文章中的差不多，但是产物能量比反应物高了20kcal/mol，而文章中差1kca/mol左右。但是从结构上来看，反应物和产物的结构差别很大，能量只差1kcal/mol有点奇怪。
此外，我们还对此物质进行了分子轨道、静电势图等的计算：https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 4178b51158ca59f181e；

作者
Author: kikisay 时间: 2023-2-6 18:03
目标反应方向羟基自由基夺对位氢，感谢

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-6 20:51
做了多步过渡态功能。有非基元反应的例子可以提供一下哈

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-6 20:52

likejade 发表于 2023-2-6 13:34
能不能提供一个使用说明呀？

提供坐标电荷自旋和反应信息就可以

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-6 20:53

skdmax 发表于 2023-2-6 12:54
网站打不开是什么问题呢？谢谢

用chrome试试

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-2-7 04:15
本帖最后由 wzkchem5 于 2023-2-6 21:16 编辑

mettlyz 发表于 2023-2-2 09:35
再发一些有挑战性的例子吧

挑战性的例子来了
1. roaming过渡态：C2H6解离成两个CH3，其中一个CH3旋转180度，再原样接回去，这个反应的过渡态。因为C2H6解离是无垒反应，所以我说的这个过程应该是个roaming reaction，在CH3旋转90度左右的时候有一个虚频极小的过渡态。也可能反应途径上还有其他的虚频极小的过渡态，我不知道。这个反应看似无厘头，但是可以说对于估计C2H6热解的净反应速率有一定用处。

2. 本来应该是无垒反应、因为静电作用才导致有能垒的反应：-OOC-CH2-CH2-CH2-CH2-COO-解离成两个·CH2-CH2-COO-自由基，加隐式溶剂模型（溶剂是水）。本来这种简单的C-C键解离应该没有能垒，能量一直上升，但是因为静电斥力衰减速度比共价相互作用衰减速度慢，所以当C-C距离非常远时，能量一定是降低的，所以这个反应一定有过渡态，但同样也是结构非常松散的过渡态。

3. Jahn-Teller异构体的互变过渡态：C60自由基阴离子在两个等价的低对称性结构之间互变的过渡态。C60的LUMO是三重简并的，所以C60的自由基阴离子会因为Jahn-Teller效应而破坏Ih对称性，但破坏的程度极其小。所以C60的自由基阴离子必然有诸多化学等价且能量极其相近的构象，这里的任务就是找到其中任一对最接近的构象之间的互变过渡态。给的初始结构是Ih对称性的，但由群论易知过渡态的对称性低贗h对称性。初始结构是一个三重锥形交叉点，因此初始结构处的梯度不唯一且Hessian不存在，如果是简单粗暴地拿初始结构来先算个Hessian，要么会报错，要么会算出极其大的虚频。

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-7 08:37

kikisay 发表于 2023-2-6 18:03
目标反应方向羟基自由基夺对位氢，感谢

羟基的对位没有C-H。能够提供一下产物吗？或者成那两个原子之间的键。给原子编号就行。

作者
Author: nianbin 时间: 2023-2-7 09:28
666

作者
Author: nianbin 时间: 2023-2-7 09:38
这个反应能不能帮我测试下，谢谢 (, 下载次数 Times of downloads: 46)

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-7 10:36

nianbin 发表于 2023-2-7 09:38
这个反应能不能帮我测试下，谢谢

少了一个氢，是H自由基吗？

作者
Author: nianbin 时间: 2023-2-7 10:45

mettlyz 发表于 2023-2-7 10:36
少了一个氢，是H自由基吗？

是的，生成H自由基了

作者
Author: kikisay 时间: 2023-2-8 19:26

mettlyz 发表于 2023-2-7 08:37
羟基的对位没有C-H。能够提供一下产物吗？或者成那两个原子之间的键。给原子编号就行。

产物结构

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-9 22:23
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 10:59 编辑

kikisay 发表于 2023-2-8 19:26
产物结构

B3LYP/6-31G*级别下的：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 4178b51158ca59f181e
最近例子有点多，算力有限，有点慢，望耐心等待。
另外如有发表需求，需要提升精度，也可以讨论哈。

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-9 22:30
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:05 编辑

nianbin 发表于 2023-2-7 10:45
是的，生成H自由基了

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... ae49282c6d89a75ea4e
加了一个OH自由基跑的，可以参考一下

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-9 22:48

mettlyz 发表于 2023-2-9 22:30
http://47.98.217.61/#/detail/85626
加了一个OH自由基跑的，可以参考一下

直接均裂应该是没有过渡态的，我觉得

作者
Author: kikisay 时间: 2023-2-10 01:13

mettlyz 发表于 2023-2-9 22:23
B3LYP/6-31G*级别下的
http://47.98.217.61/#/detail/85623
最近例子有点多，算力有限，有点慢，望耐心 ...

感谢感谢感谢，太牛了，结果超级棒，期待您之后分享教程，另外有个小问题想问一下，我跑IRC实际是想分析电子转移过程。这种情况下我初始反应物结构不做构象搜索的话会对我分析机理产生影响吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-2-10 05:54

kikisay 发表于 2023-2-9 18:13
感谢感谢感谢，太牛了，结果超级棒，期待您之后分享教程，另外有个小问题想问一下，我跑IRC实际是想分析 ...

是否需要做构象搜索和研究的是不是电子转移没有关系。我之前总结过不需要做构象搜索的3种情况：（1）分子很刚性，不算就知道只有一个优势构象，且非优势构象贡献可忽略，例如苯甲醛；（2）分子虽然不刚性，但只有那些对你计算影响不大的部分不刚性，例如离你研究的部分很远的地方有个烷基链；（3）分子虽然不刚性，但是由常识、实验或文献可明确推知优势构象长什么样，且非优势构象贡献可忽略，例如Watson-Crick碱基对。其他情形一律要做构象搜索，虽然不做也有一定几率被审稿人放过，但是客观上讲结果不可靠。

作者
Author: nianbin 时间: 2023-2-10 09:41

mettlyz 发表于 2023-2-9 22:30
http://47.98.217.61/#/detail/85626
加了一个OH自由基跑的，可以参考一下

非常感谢，请问您开发的这个程序我们可以使用吗？

作者
Author: nianbin 时间: 2023-2-10 10:17

mettlyz 发表于 2023-2-9 22:23
B3LYP/6-31G*级别下的
http://47.98.217.61/#/detail/85623
最近例子有点多，算力有限，有点慢，望耐心 ...

请问如果想合作发表文章应该怎么跟您联系呢？

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-10 13:10

nianbin 发表于 2023-2-10 10:17
请问如果想合作发表文章应该怎么跟您联系呢？

给我发消息吧，我们看看怎么往前走。

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-18 15:02
本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-2-19 13:25 编辑

您好，消息框好像不能发送附件，我在这里发给您，麻烦您找一找，说明里是包含反应原子序号的详细信息。我重新加入了反应物输入文件和反应路径图；只有两个反应物，但是分别进行了几个不同类型的反应，麻烦您试一试，谢谢~

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-18 21:48

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-18 15:02
您好，消息框好像不能发送附件，我在这里发给您，麻烦您找一找，说明里是详细信息。谢谢~

out文件有问题，发一下gjf文件吧

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-18 21:58

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-18 15:02
您好，消息框好像不能发送附件，我在这里发给您，麻烦您找一找，说明里是详细信息。谢谢~

分别给一下每个反应的反应物和产物的gjf文件

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-18 22:02

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-18 15:02
您好，消息框好像不能发送附件，我在这里发给您，麻烦您找一找，说明里是详细信息。谢谢~

给个chemdraw图展示一下反应过程会更好

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-19 13:22

mettlyz 发表于 2023-2-18 21:58
分别给一下每个反应的反应物和产物的gjf文件

我用GAUSSVIEW6.0.16能打开反应物的out文件，我把反应物的gjf文件放进去了，但是产物结构还没有优化暂时不能提供；我重新附上了反应路径图，原子编号在txt文本里有说明，谢谢您

作者
Author: 朽木可自雕 时间: 2023-2-19 19:17
这个和我之前看过的一个网页很像(北京深云智合科技)

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-20 18:24
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:07 编辑

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-18 15:02
您好，消息框好像不能发送附件，我在这里发给您，麻烦您找一找，说明里是包含反应原子序号的详细信息。我重 ...

用B97-3c+双杂化单点能算了两个：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 71b9097979cb0cb0eae

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 90e9e4b9a5cf0964610

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-20 19:15

mettlyz 发表于 2023-2-20 18:24
用B97-3c+双杂化单点能算了两个：
http://47.98.217.61/#/detail/85713
http://47.98.217.61/#/detail/ ...

谢谢您

我用您提供的坐标作为初猜优化一下，再跑个IRC验证，再次感谢您~

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-20 22:37

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-20 19:15
谢谢您我用您提供的坐标作为初猜优化一下，再跑个IRC验证，再次感谢您~

用reaction coordinates栏里面过渡态的坐标吧

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-21 09:39

mettlyz 发表于 2023-2-20 22:37
用reaction coordinates栏里面过渡态的坐标吧

谢谢，请问您指的是结果文件中的“过渡态_0的坐标”，然后复制左上角的xyz坐标吗？我使用的是这个

作者
Author: xkzzkx 时间: 2023-2-21 10:45
您好，我想了解一下这个氢转移过程是否有过渡态，能否帮我测试一下，感谢~
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: 大喵说多谢 时间: 2023-2-21 16:32
膜拜大佬

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-24 12:00
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:08 编辑

xkzzkx 发表于 2023-2-21 10:45
您好，我想了解一下这个氢转移过程是否有过渡态，能否帮我测试一下，感谢~

M062X/def2-SVP+PWPB95/def2-svp：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 0bc949c655e4a33ce2b
产物应该不是你画的，要不是多个过渡态到你画的产物

作者
Author: Hear 时间: 2023-2-27 09:37
您好，能否帮忙测试一下OH自由基对咔唑中与N原子相连的H的抽提反应呢，我一直没能找到过渡态，想请您帮忙测试一下，非常感谢

作者
Author: wszs128 时间: 2023-2-28 09:40
除了过渡态还能算什么别的东西么？

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-2-28 17:04

wszs128 发表于 2023-2-28 09:40
除了过渡态还能算什么别的东西么？

一般都可以算。可以在线看的包括常规的分子轨道、静电势图、光谱、核磁、反应速率等等。发光相关，例如荧光寿命重组能之类的功能正在上线中。

作者
Author: 米宝舞 时间: 2023-3-2 14:15
您好，能否帮忙找一下过渡态，附件为反应物和产物，想请您帮忙测试一下，非常感谢

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-3-4 10:01
楼主您好，这里有一个简单的反应，但是我始终找不到TS，可以麻烦您看看吗？谢谢

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2023-3-5 21:13
本帖最后由大头攒毛于 2023-3-5 21:19 编辑

最近算过渡态正犯愁

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2023-3-5 21:16
楼主牛啊，我这有个反应，你能给算算吗？成键、断键在说明中已给出

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-3-9 08:35
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:10 编辑

Hear 发表于 2023-2-27 09:37
您好，能否帮忙测试一下OH自由基对咔唑中与N原子相连的H的抽提反应呢，我一直没能找到过渡态，想请您帮忙测 ...

计算频率的方法：WB97X-D3 DEF2-SVP RIJCOSX DEF2/J
计算能量的方法：PWPB95 DEF2-TZVPP RIJCOSX DEF2/J DEF2-TZVPP/C D3

计算结果链接：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 8e588abb41e2a13929b

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-3-9 08:37
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:11 编辑

米宝舞发表于 2023-3-2 14:15
您好，能否帮忙找一下过渡态，附件为反应物和产物，想请您帮忙测试一下，非常感谢

计算频率的方法：WB97X-D3 DEF2-SVP RIJCOSX DEF2/J
计算能量的方法：PWPB95 DEF2-TZVPP RIJCOSX DEF2/J DEF2-TZVPP/C D3

计算结果链接：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... ac3a33afc3fdc92dde4

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2023-3-11 15:25
您好，这是我的猜测的消除反应过程：CuTeCF3→TeCF2 +CuF，麻烦帮忙看下是否有过渡态，万分感谢，我已经尝试很久看起来是没有，反应坐标在压缩包

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-3-12 17:03
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:12 编辑

Gzh_NJ 发表于 2023-3-11 15:25
您好，这是我的猜测的消除反应过程：CuTeCF3→TeCF2 +CuF，麻烦帮忙看下是否有过渡态，万分感谢，我已经尝 ...

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 483bf561ff28f93e7a4

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2023-3-13 15:25

mettlyz 发表于 2023-3-12 17:03
http://47.98.217.61/#/detail/85857

万分感谢

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2023-3-13 19:25

mettlyz 发表于 2023-3-12 17:03
http://47.98.217.61/#/detail/85857

您好，请教下使用的泛函和基组就是我输入文件里的吗

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-3-14 20:48
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:13 编辑

Gzh_NJ 发表于 2023-3-13 19:25
您好，请教下使用的泛函和基组就是我输入文件里的吗

之前的那个不是的。用tpssh/def2-tzvp的如下：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... f498776b28daa61b888

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2023-3-15 21:01

mettlyz 发表于 2023-3-14 20:48
之前的那个不是的。用tpssh/def2-tzvp的如下：
http://47.98.217.61/#/detail/85867

嗯嗯非常感谢您，这个结果跟我之前找到的是一样的，但是应该是没有消除生成CuF这个过程了，谢谢您的帮助

作者
Author: 且行且珍惜 时间: 2023-3-21 17:03
图中反应过渡态没有找到，还希望用你们的程序算一下看看结果，谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-21 17:15

且行且珍惜发表于 2023-3-21 10:03
图中反应过渡态没有找到，还希望用你们的程序算一下看看结果，谢谢

画错了吧，碳原子数目都不守恒

作者
Author: 且行且珍惜 时间: 2023-3-22 09:18

wzkchem5 发表于 2023-3-21 17:15
画错了吧，碳原子数目都不守恒

不好意思，确实画错了，这个是正确的

作者
Author: jerrybox 时间: 2023-3-22 09:24
能否算一下二异丙醚的核磁氢谱看看

作者
Author: Alan_Lee 时间: 2023-3-22 15:11
牛啊！留名，备用。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-22 16:59

jerrybox 发表于 2023-3-22 02:24
能否算一下二异丙醚的核磁氢谱看看

这个跟过渡态搜索毫无关系。。。而且不管你是用什么溶剂测的，都极可能有实验数据，无需计算

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-3-22 19:57
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:14 编辑

且行且珍惜发表于 2023-3-22 09:18
不好意思，确实画错了，这个是正确的

B97-3C：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 66f82a8713e2a26806d

作者
Author: July. 时间: 2023-3-22 21:18
本帖最后由 July. 于 2023-3-22 21:20 编辑

您好，能否帮忙寻找一下N2O4氨解双体水催化的过渡态结构，非常感谢！老师让寻找一个10圆环结构找了很久一直不很理想。

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-3-23 21:08

July. 发表于 2023-3-22 21:18
您好，能否帮忙寻找一下N2O4氨解双体水催化的过渡态结构，非常感谢！老师让寻找一个10圆环结构找了很久 ...

看不懂。反应物和产物分别是什么？

作者
Author: zaqxs234 时间: 2023-3-23 22:10
您好楼主，我这里有个PMS解离生成单线氧的反应，比较有意思，我自己算出来感觉不是基元反应，十分感谢~

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-3-23 22:24

zaqxs234 发表于 2023-3-23 22:10
您好楼主，我这里有个PMS解离生成单线氧的反应，比较有意思，我自己算出来感觉不是基元反应，十分感谢~

给个chemdraw图吧，没看懂这个反应怎么进行的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-23 22:31

zaqxs234 发表于 2023-3-23 15:10
您好楼主，我这里有个PMS解离生成单线氧的反应，比较有意思，我自己算出来感觉不是基元反应，十分感谢~

这个确定是单分子解离出单线态氧？不是走以下这种的双分子途径？
[HOOSO3]- --> [OOSO3H]- (质子转移)
[OOSO3H]- + [HOOSO3]- --> HOOOSO3H + [SO4]2- (在[HOOSO3]-羟基氧上发生的SN2反应)
HOOOSO3H + [SO4]2- --> [OOOSO3H]- + [HSO4]- (质子转移)
[OOOSO3H]- --> [HSO4]- + 1O2 (消除)

作者
Author: zaqxs234 时间: 2023-3-23 23:53
本帖最后由 zaqxs234 于 2023-3-24 10:01 编辑

mettlyz 发表于 2023-3-23 22:24
给个chemdraw图吧，没看懂这个反应怎么进行的

您好，具体反应情况如图所示，IS-->TS-->FS，参考的NC文章单分子PMS过程

作者
Author: zaqxs234 时间: 2023-3-23 23:56

wzkchem5 发表于 2023-3-23 22:31
这个确定是单分子解离出单线态氧？不是走以下这种的双分子途径？
[HOOSO3]- --> [OOSO3H]- (质子转移)
...

这个机理方面我也不是很清楚，看老师您写的双分子途径感觉比我这个单分子途径更合理一些，我可以试一下两种情况计算看看反应能垒

作者
Author: zaqxs234 时间: 2023-3-23 23:59

zaqxs234 发表于 2023-3-23 23:53
您好，具体反应情况如图所示，IS-->TS-->FS，参考的NC文章单分子PMS过程

因为我也不太清楚非基元反应的过程，就先按基元反应的过程来初猜的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-24 00:31

zaqxs234 发表于 2023-3-23 16:53
您好，具体反应情况如图所示，IS-->TS-->FS，参考的NC文章单分子PMS过程

这个有基底和产物的吸附作用拉动反应进行，对于没有基底吸附或基底只有非共价吸附的情形未必有借鉴意义。
此外我对这个机理比较怀疑，作者有没有证明基底和过氧键直接作用，比作者提出的机理更不利？很多人所谓做计算验证机理就是把他们设想的机理算一下，算通了就发表，但是不去证明其他机理比他们推测的机理更难发生，这样的话他们至多只能证明他们设想的机理存在，但是对反应的贡献多大，也许只有万分之一？亿分之一？都有可能。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-24 00:37

zaqxs234 发表于 2023-3-23 16:56
这个机理方面我也不是很清楚，看老师您写的双分子途径感觉比我这个单分子途径更合理一些，我可以试一下两 ...

可以查一下其他的过氧化合物生成单线态氧的反应的机理，比如看一下https://en.wikipedia.org/wiki/Singlet_oxygen，可以看到R-O-O-O-R'结构是非光照条件下产生单线态氧的一个常见途径

作者
Author: July. 时间: 2023-3-24 10:00
本帖最后由 July. 于 2023-3-24 10:01 编辑

mettlyz 发表于 2023-3-23 21:08
看不懂。反应物和产物分别是什么？

不好意思老师没有表述清楚，我的反应是N2O4 + NH3 → HNO3 + NH2NO 双体水作为催化剂

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-3-24 17:27

July. 发表于 2023-3-24 10:00
不好意思老师没有表述清楚，我的反应是N2O4 + NH3 → HNO3 + NH2NO 双体水作为催化剂

什么是双体水？这是哪来的词？看不懂。两个水分子吗？

作者
Author: July. 时间: 2023-3-24 19:47

mettlyz 发表于 2023-3-24 17:27
什么是双体水？这是哪来的词？看不懂。两个水分子吗？

是的老师两个水分子（Water dimer）作为催化剂

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-3-27 20:05
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-14 10:22 编辑

jerrybox 发表于 2023-3-22 09:24
能否算一下二异丙醚的核磁氢谱看看

有这个功能
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 666952fe79e3c3536ea

作者
Author: Tracy_forward 时间: 2023-3-30 10:23
帮忙找一下这个反应的过渡态，反应物和产物已添加到附件中

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-3-30 17:50
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:16 编辑

zaqxs234 发表于 2023-3-23 23:53
您好，具体反应情况如图所示，IS-->TS-->FS，参考的NC文章单分子PMS过程

双分子的
B97-3C/PWPB95/MA-DEF2-TZVPP(sp)：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 127a148b18fdf0bef09
单分子的跑不出来

作者
Author: zaqxs234 时间: 2023-3-30 18:44

mettlyz 发表于 2023-3-30 17:50
双分子的
B97-3C/PWPB95/MA-DEF2-TZVPP(sp)
http://47.98.217.61/#/detail/86080

太强了！单分子跑不出来是不是跑不出过渡态？产物的能量反而更高了，我自己用CINEB跑了很多次，中间就有不止一个峰，而且产物能量反而高

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-4-1 07:28

zaqxs234 发表于 2023-3-30 18:44
太强了！单分子跑不出来是不是跑不出过渡态？产物的能量反而更高了，我自己用CINEB跑了很多次 ...

应该是没有

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-4-3 11:22
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:19 编辑

July. 发表于 2023-3-22 21:18
您好，能否帮忙寻找一下N2O4氨解双体水催化的过渡态结构，非常感谢！老师让寻找一个10圆环结构找了很久 ...

应该是个多步反应
WB97X-D3/DEF2-SVP（opt）+PWPB95/DEF2-TZVPP（sp）
第一步：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 14db65515000ad169d1

第二步：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... b9fa3bdfe6681675567

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-4-11 19:06
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-15 10:39 编辑

Tracy_forward 发表于 2023-3-30 10:23
帮忙找一下这个反应的过渡态，反应物和产物已添加到附件中

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... b4582010526e7fba4ac

作者
Author: Alan_Lee 时间: 2023-4-12 16:07
帮忙找一下这个反应的过渡态，反应已添加到附件中；

作者
Author: scau·zh 时间: 2023-4-12 16:20
您好可以帮忙算一下这个环氧油酸甲酯和CO2环加成反应（以四丁基溴化铵为催化剂），分子可能比较大，基组用B3LYP/6-31G+（d,p）方法大概算一下吗

感谢~

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-4-13 18:21
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-15 10:39 编辑

Alan_Lee 发表于 2023-4-12 16:07
帮忙找一下这个反应的过渡态，反应已添加到附件中；

这个很简单:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... ca3a14bf2a7dbef1263

作者
Author: mettlyz 时间: 2023-4-18 10:22
本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:21 编辑

scau·zh 发表于 2023-4-12 16:20
您好可以帮忙算一下这个环氧油酸甲酯和CO2环加成反应（以四丁基溴化铵为催化剂），分子可能比较大，基组用B ...

B3LYP/6-31G** //WB97M-V/MA-DEF2-TZVP
step1：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 7c7854724daa1c74b9a

step2：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... fe7b6667dc598b3864f

作者
Author: scau·zh 时间: 2023-4-18 10:48

mettlyz 发表于 2023-4-18 10:22
B3LYP/6-31G** //WB97M-V/MA-DEF2-TZVP
step1：http://47.98.217.61/#/detail/86365
step2：http://47. ...

感谢~

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)