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标题: 求助氢键的成立条件 [打印本页]

作者
Author: vandenberg 时间: 2023-1-31 08:45
标题: 求助氢键的成立条件
在分析对接结果的时候，看到有些O原子和氢原子之间距离已经达到要求了，但是软件并没有给出形成氢键的判定，例如附图中的氧原子和氢原子。不知道还有什么条件？

请老师们指教。

作者
Author: yjb 时间: 2023-1-31 09:07
可能是不同软件对于氢键的距离设定不同。

作者
Author: vandenberg 时间: 2023-1-31 09:17
距离在范围内的，不到2.8A，是有角度有要求吗？但是看这也不是非常奇怪的角度

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-31 14:38
通常是根据X..H-Y的X...Y距离以及X-H-Y键角判断，而不是根据X..H的距离判断

我的培训班ppt里展示的这个是常用的氢键几何判据

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作者
Author: vandenberg 时间: 2023-1-31 16:39
谢谢卢老师

作者
Author: agent99 时间: 2023-2-2 02:23
碳上的氢通常不会被判定形成氢键吧

作者
Author: Yuyong 时间: 2023-2-2 15:06
氢键如果合理，较弱的可以达到3.8，如果用olex2解析单晶，氢键是可以进行限定的，软件自带的氢键判定是也是由参数限制的，好像是3.5埃

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