计算化学公社

标题: 求助MD分析旋转和平移之前，对轨迹消除蛋白的平动和转动是必需的吗？ [打印本页]

作者
Author: charmm36 时间: 2023-2-1 11:32
标题: 求助MD分析旋转和平移之前，对轨迹消除蛋白的平动和转动是必需的吗？
各位老师和前辈，你们好！请教一下在进行MD基础分析（如计算RMSD、RMSF和回旋半径）之前，对轨迹.xtc文件消除蛋白的平动和转动（-fit rot+trans）是必需的吗？我看有的没做，有的做了。谢谢！

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-2-1 13:33
用gromacs算rmsd和rmsf时，程序会先进行消除平动转动的操作，可以不用另外操作，回旋半径和平动转动无关

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-1 13:58
除非MD过程中蛋白质本身就没有任何整体平动和转动，否则算RMSD和RMSF前都必须消整体运动，否则从计算公式上就明显知道结果将毫无意义、结果体现的将不是只体现蛋白质内部结构运动特征

作者
Author: charmm36 时间: 2023-2-1 17:09

Frozen-Penguin 发表于 2023-2-1 13:33
用gromacs算rmsd和rmsf时，程序会先进行消除平动转动的操作，可以不用另外操作，回旋半径和平动转动无关

嗯嗯，谢谢指点！

作者
Author: charmm36 时间: 2023-2-1 17:15
本帖最后由 charmm36 于 2023-2-1 17:19 编辑

sobereva 发表于 2023-2-1 13:58
除非MD过程中蛋白质本身就没有任何整体平动和转动，否则算RMSD和RMSF前都必须消整体运动，否则从计算公式上 ...

好的，谢谢sob老师指教。看来还是得先消除运动，再分析。另外，二楼前辈Frozen-Penguin提到Gromacs在计算RMSD和RMSF时会自动消除平动和转动，不知是否真如此？还望Sob老师赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-2 01:27

charmm36 发表于 2023-2-1 17:15
好的，谢谢sob老师指教。看来还是得先消除运动，再分析。另外，二楼前辈Frozen-Penguin提到G ...

gmx rms运行一开始会让你选择做fit的组和计算RMSD的组，让你选前者就是为了在计算RMSD之前对这个组先消除整体运动
gmx rmsf自动对你选的组消除整体运动再算RMSF

作者
Author: charmm36 时间: 2023-2-2 10:24

sobereva 发表于 2023-2-2 01:27
gmx rms运行一开始会让你选择做fit的组和计算RMSD的组，让你选前者就是为了在计算RMSD之前对这个组先消除 ...

懂了，非常感谢！

作者
Author: charmm36 时间: 2026-2-4 22:08

sobereva 发表于 2023-2-2 01:27
gmx rms运行一开始会让你选择做fit的组和计算RMSD的组，让你选前者就是为了在计算RMSD之前对这个组先消除 ...

看糊涂了，RMSD和RMSF计算前必须要对.xtc文件-fit rot+trans吗？求确认！

作者
Author: sobereva 时间: 2026-2-5 03:25

charmm36 发表于 2026-2-4 22:08
看糊涂了，RMSD和RMSF计算前必须要对.xtc文件-fit rot+trans吗？求确认！

不需要
做这种分析的时候自动就会对你选定的组做这种处理

作者
Author: charmm36 时间: 2026-2-5 10:56

sobereva 发表于 2026-2-5 03:25
不需要
做这种分析的时候自动就会对你选定的组做这种处理

懂了，谢谢！

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