计算化学公社

标题: 求助双相体系相分离模拟-分层判断 [打印本页]

作者
Author: a492283743 时间: 2023-2-2 05:26
标题: 求助双相体系相分离模拟-分层判断
本人使用Gromac模拟了水分子（白红）与一种有机物分子（绿色）自发相分离过程，体系不大（共1200个原子）模拟了100ns。模拟结果如附图所示，能看出明显形成双相体系，但是盒子底层仍然存在少部分有机物，这是因为模拟时间不够或者是因为使用了周期性设定? 取消周期性设定能否模拟出理想双相体系（即上层全是有机物，下层全是水）？麻烦各位老师指点迷津~

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作者
Author: 牧生 时间: 2023-2-2 15:08
显示效果而已，不影响结果。
你也可以用vmd打开后，整体将其移动一下，见此贴中的这段话，稍微自由发挥一下即可

http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

目前溶剂区域在盒子最底部，我们要将之挪到盒子中间去，也即把所有原子往Z的正方向挪3nm。这可以用VMD的几何变换命令轻易实现。在VMD里输入[atomselect top all] moveby {0 0 30}，然后将VMD改成正交视角便于观看（Display - Orthographic），看到下图。

复制代码

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