计算化学公社

标题: 团簇模型和周期性模型各自的优缺点在哪？ [打印本页]

作者
Author: yunfeng 时间: 2016-6-8 09:26
标题: 团簇模型和周期性模型各自的优缺点在哪？
请问在进行分子模拟时，团簇模型和周期性模型各自的优缺点在哪（着重一下周期性的优点），感谢各位了！

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-6-8 09:31
这个应该是尺度的问题吧，我觉得可以从QM/MM的角度去分开讨论，团簇只能解决小范围的问题，比如说量子化学计算出来的HOMO和LUMO,电荷以及键级等，而周期性模型可以计算出能带和态密度等晶体中特有性质，虽然团簇也能计算出DOS,但是能带是不可以的。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-8 10:02
得先明确用什么程序、用什么方法、算什么问题
比如你要用量化程序，而绝大多数量化程序只适合或只能算孤立体系，这时候你不得不用团簇模型。

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-6-8 10:09
团簇，就是从真实结构中取出一个簇来进行计算，这里涉及到从哪里断键的问题，即团簇边界效应问题，可能是因为边界效应不好处理，导致团簇应用逐渐减少。团簇模型的关键点是：断键的位置和团簇的大小。周期性模型，基于平移对称性，采用周期性边界来处理固体，与实际情况更加符合。团簇和周期性模型应用均很多。总的来说，团簇一般原子数少一些，而周期性模型则多一些。如果你的计算资源比较少，可以选择团簇；计算资源多一点，可以选择周期性模型。

作者
Author: yunfeng 时间: 2016-6-8 10:09

sobereva 发表于 2016-6-8 10:02
得先明确用什么程序、用什么方法、算什么问题
比如你要用量化程序，而绝大多数量化程序只适合或只能算孤立 ...

谢谢您的回答，基于DFT，含硫分子在MoS2的吸附计算，软件是MedeA-VSAP 请问团簇模型计算是否繁杂但精度较高而周期性模型计算简单但精度低呢然后周期性还有什么优点

作者
Author: yunfeng 时间: 2016-6-8 10:10

zyj19831206 发表于 2016-6-8 09:31
这个应该是尺度的问题吧，我觉得可以从QM/MM的角度去分开讨论，团簇只能解决小范围的问题，比如说量子化学 ...

谢谢您的回答，基于DFT，含硫分子在MoS2的吸附计算，软件是MedeA-VSAP 请问团簇模型计算是否繁杂但精度较高而周期性模型计算简单但精度低呢然后周期性还有什么优点因为是本科论文电子结构计算涉及的少

作者
Author: yunfeng 时间: 2016-6-8 10:15

liu_tiao 发表于 2016-6-8 10:09
团簇，就是从真实结构中取出一个簇来进行计算，这里涉及到从哪里断键的问题，即团簇边界效应问题，可能是因 ...

非常感谢您的回答，请问关于MoS2晶体来讲相同的分子数，哪个计算要更准确呢，如果说周期性更适用于固体，贴近实际，但是为何国内和国外关于MoS2的计算大多选用团簇模型呢本人初学还请您指教

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-6-8 10:19

yunfeng 发表于 2016-6-8 10:15
非常感谢您的回答，请问关于MoS2晶体来讲相同的分子数，哪个计算要更准确呢，如果说周期性更适用于固 ...

没有本质的区别。都可以。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-8 10:56

yunfeng 发表于 2016-6-8 10:09
谢谢您的回答，基于DFT，含硫分子在MoS2的吸附计算，软件是MedeA-VSAP 请问团簇模型计算是否繁杂但精度 ...

VASP本来就是适合做周期性计算的，你就按周期性体系来算就行了。通常是用量化程序来算本来是周期性的体系才会用团簇模型。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-8 13:39

yunfeng 发表于 2016-6-8 10:15
非常感谢您的回答，请问关于MoS2晶体来讲相同的分子数，哪个计算要更准确呢，如果说周期性更适用于固 ...

如“晶粒”（或者是“晶面”）显然尺寸上远大于一个气态分子，内部是长程有序的，这样的情况周期性的晶格模型（或者片层模型）会是更好的近似。无序的凝聚相体系使用周期性就没辙了，实际上很多短程有序性比较差的体系单胞原子数很多，计算实现可能就要困难得多，只好采用团簇做近似。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-6-8 15:34

liu_tiao 发表于 2016-6-8 10:09
团簇，就是从真实结构中取出一个簇来进行计算，这里涉及到从哪里断键的问题，即团簇边界效应问题，可能是因 ...

请问有没有关于团簇模型计算的文献或其它资源，想学习一下团簇模型的建立及注意事项~

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-6-10 14:37

一直走发表于 2016-6-8 15:34
请问有没有关于团簇模型计算的文献或其它资源，想学习一下团簇模型的建立及注意事项~

很多关于团簇模型的文献，你自己去检索一下

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