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标题: 求助STEOM-DLPNO-CCSD计算激发态时出现错误 [打印本页]

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Author: 南京吴彦祖 时间: 2023-2-5 22:01
标题: 求助STEOM-DLPNO-CCSD计算激发态时出现错误
在使用STEOM-DLPNO-CCSD计算激发态的时候出现了错误。ORCA finished by error termination in MDCICalling Command: mpirun -np 14 /opt/orca5/orca_mdci_mpi max6-t.mdciinp.tmp max6-t
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run

之前用28核计算的时候与也出现过错误，然后就缩小了核，使用14，多分配了一些内存。但是这次还是出现错误。在使用eom-ccsd计算的时候缩小到8核，也出现了错误。
请问这该如何解决，是否是内存或者储存的不足，如果是的话此类分子，约(55个原子)，需要多少的资源。

输入输出文件已经附着。

谢谢！

作者
Author: 南京吴彦祖 时间: 2023-2-5 22:07
这是之前使用eom-ccsd / cc-pvdz计算的文件。
报错信息为：
[file orca_tools/Tool-IntegralList/qcmatstore.cpp, line 2280, Process 4]: Error TMatrixContainers::AddMatrixSym - Failed to add 1159 458 to max6.JHalf.tmp.tmp.proc4

[file orca_tools/Tool-IntegralList/qcmatstore.cpp, line 2280, Process 5]: Error TMatrixContainers::AddMatrixSym - Failed to add 347 95 to max6.JHalf.tmp.tmp.proc5

[file orca_tools/Tool-IntegralList/qcmatstore.cpp, line 2280, Process 0]: Error TMatrixContainers::AddMatrixSym - Failed to add 1324 1008 to max6.JHalf.tmp.tmp.proc0

[file orca_tools/Tool-IntegralList/qcmatstore.cpp, line 2280, Process 11]: Error TMatrixContainers::AddMatrixSym - Failed to add 791 136 to max6.JHalf.tmp.tmp.proc11

[file orca_tools/Tool-IntegralList/qcmatstore.cpp, line 2280, Process 8]: Error TMatrixContainers::AddMatrixSym - Failed to add 1099 347 to max6.JHalf.tmp.tmp.proc8

[file orca_tools/Tool-Parallel/pal1.cpp, line 2835, Process 9]: Error in PAL_fseek

[file orca_tools/Tool-Parallel/pal1.cpp, line 2835, Process 10]: Error in PAL_fseek

[file orca_tools/Tool-Parallel/pal1.cpp, line 2835, Process 13]: Error in PAL_fseek

[file orca_tools/Tool-Parallel/pal1.cpp, line 2835, Process 1]: Error in PAL_fseek

[file orca_tools/Tool-Parallel/pal1.cpp, line 2835, Process 2]: Error in PAL_fseek

[file orca_tools/Tool-Parallel/pal1.cpp, line 2835, Process 3]: Error in PAL_fseek

[file orca_tools/Tool-Parallel/pal1.cpp, line 2835, Process 6]: Error in PAL_fseek

[file orca_tools/Tool-Parallel/pal1.cpp, line 2835, Process 7]: Error in PAL_fseek

ORCA finished by error termination in MDCI
Calling Command: mpirun -np 14 /opt/orca5/orca_mdci_mpi max6.mdciinp.tmp max6
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-2-5 22:15

南京吴彦祖发表于 2023-2-5 15:07
这是之前使用eom-ccsd / cc-pvdz计算的文件。
报错信息为：
[file orca_tools/Tool-IntegralList/qcmatst ...

Error in PAL_fseek一般是因为硬盘写满了。检查一下硬盘剩余空间

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-2-5 22:18
估计是内存或硬盘不足。建议先检查一下硬盘剩余空间，以及这个计算一共产生了多少临时文件。如果确实是因为临时文件把硬盘占满了，清掉一些文件、腾出一些硬盘空间再试。
如果仍然无法解决，建议改用双杂化泛函计算。这个体系本来就差不多是STEOM-DLPNO-CCSD计算能跑得动的上限了。

作者
Author: 南京吴彦祖 时间: 2023-2-5 22:29

wzkchem5 发表于 2023-2-5 22:18
估计是内存或硬盘不足。建议先检查一下硬盘剩余空间，以及这个计算一共产生了多少临时文件。如果确实是因为 ...

好的，谢谢，我清理掉临时文件计算一下。

作者
Author: 南京吴彦祖 时间: 2023-2-5 22:46

wzkchem5 发表于 2023-2-5 22:18
估计是内存或硬盘不足。建议先检查一下硬盘剩余空间，以及这个计算一共产生了多少临时文件。如果确实是因为 ...

我刚才查看了一下，在程序运算截至之前是存在了大概临时文件大概是500g，硬盘空间还有1T，所以是不是内存不足的原因。

作者
Author: wjc404 时间: 2023-2-5 23:03
本帖最后由 wjc404 于 2023-2-5 23:07 编辑

DLPNO的计算输出文件中没有具体的报错信息就退出了，可能是进程被系统杀掉了，可以结合系统日志看一看是否有内存使用超限的问题。ORCA某些子模块对内存的获取不完全依照maxcore，而是有一些刚需。

如果确认是内存使用的问题，可以尝试看能不能减少一些对激发影响不大的边缘基团上的基函数数量（比如去掉其中重原子上的f函数）。

作者
Author: 南京吴彦祖 时间: 2023-2-5 23:07

wjc404 发表于 2023-2-5 23:03
DLPNO的计算输出文件中没有具体的报错信息就退出了，可能是进程被系统杀掉了，可以结合系统日志看一看是否 ...

好的，谢谢。

作者
Author: Caroline2022 时间: 2024-2-26 09:41

wzkchem5 发表于 2023-2-5 22:18
估计是内存或硬盘不足。建议先检查一下硬盘剩余空间，以及这个计算一共产生了多少临时文件。如果确实是因为 ...

老师，请问临时文件在ORCA的哪个文件夹下，或者是哪些字母开头文件？我计算时也出现了类似的错误报错，是否方便发给您，帮我看一下？

作者
Author: KSeGaSn 时间: 2024-2-26 10:08

Caroline2022 发表于 2024-2-26 09:41
老师，请问临时文件在ORCA的哪个文件夹下，或者是哪些字母开头文件？我计算时也出现了类似的错误报错，是 ...

输出文件的路径是你自己指定的 ORCA不会用到除了你输入文件&输出文件路径之外的其他地方。
所有临时文件都会以.tmp文件结尾。

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