计算化学公社

标题: Multiwfn创建CP2K MD输入运行后温度爆炸 [打印本页]
作者
Author: 函数与激情    时间: 2023-2-5 22:10
标题: Multiwfn创建CP2K MD输入运行后温度爆炸
本帖最后由 函数与激情 于 2023-2-5 22:13 编辑

我采用Multiwfn创建了一个Ru配合物（+2价，三重态）的AIMD输入文件，初始结构是用xTB优化后的，采用PBE泛函，但是跑了几步后温度从300K一路飞奔到上万K，附件是坐标文件和创建的输入文件，请各位指点，不胜感激！

  1. #Generated by Multiwfn
  2. &GLOBAL
  3.   PROJECT md
  4.   PRINT_LEVEL LOW
  5.   RUN_TYPE MD
  6. &END GLOBAL

  8. &FORCE_EVAL
  9.   METHOD Quickstep
  10.   &SUBSYS
  11.     &CELL
  12.       ABC    20.000    23.000    22.000
  13.       PERIODIC NONE #Direction of applied PBC (geometry aspect)
  14.     &END CELL
  15.     &TOPOLOGY
  16.       &CENTER_COORDINATES #Centering the atoms in the box
  17.       &END CENTER_COORDINATES
  18.     &END TOPOLOGY
  19.     &COORD
  20.       C        4.71827200    1.44320494    6.49854229
  21.       C        5.83416947    1.89367568    5.78882407
  22.       H        6.11393269    1.40183207    4.86463671
  23.       C        6.55583973    2.98000337    6.23976072
  24.       H        7.41974802    3.33453916    5.69848075
  25.       C        6.14943602    3.63271709    7.39916624
  26.       C        5.04645306    3.19162412    8.11499463
  27.       H        4.74531914    3.70669871    9.01466201
  28.       C        4.32868797    2.09537317    7.66385891
  29.       H        3.46039683    1.76890841    8.21558464
  30.       C        6.87886727    4.89405312    7.80035811
  31.       C        4.66933133   -1.43895073    6.14266288
  32.       C        6.05914329   -1.48979308    6.06018810
  33.       H        6.63019948   -0.59027240    5.88489551
  34.       C        6.72017558   -2.69414130    6.21520181
  35.       H        7.79688643   -2.73903045    6.15542828
  36.       C        5.98912390   -3.85077601    6.45171638
  37.       C        4.60552875   -3.80718171    6.56033224
  38.       H        4.05173199   -4.70990303    6.76836190
  39.       C        3.94666621   -2.60350230    6.39893368
  40.       H        2.86900812   -2.57333302    6.47057013
  41.       C        6.69070609   -5.18737113    6.48954134
  42.       C        2.22589027   -0.06286172    6.67218995
  43.       C        2.21219089   -0.43106354    8.01901080
  44.       H        3.14377962   -0.61063936    8.53744996
  45.       C        1.00320925   -0.59146058    8.67480944
  46.       H        0.99462898   -0.87246959    9.71638139
  47.       C       -0.19509736   -0.41420711    7.99676762
  48.       H       -1.13254764   -0.56172115    8.50913925
  49.       C       -0.19194278   -0.05744122    6.65689499
  50.       H       -1.11701270    0.05170246    6.11240948
  51.       C        1.01657322    0.13032323    6.01096441
  52.       C        0.20623611    2.16362029    4.32736305
  53.       H        0.17086885    2.56996364    3.32129083
  54.       H        0.74729670    2.82826375    4.99128017
  55.       H       -0.80172132    1.98457446    4.68569515
  56.       C        1.92400447   -0.20048270    0.77496986
  57.       H        1.93707819   -1.19646038    1.19895639
  58.       C        1.29857335    0.04383299   -0.43613632
  59.       H        0.82099712   -0.76227585   -0.96808806
  60.       C        1.29752230    1.33766365   -0.93812483
  61.       H        0.81208368    1.56746645   -1.87354917
  62.       C        1.92331945    2.33368320   -0.20913707
  63.       H        1.91395628    3.35406191   -0.55616168
  64.       C        2.54010537    2.01088094    0.99859018
  65.       C        3.18133157    3.02512887    1.84576487
  66.       C        3.72828296    4.20461157    1.34111846
  67.       H        3.74064342    4.38703135    0.27901336
  68.       C        4.26826490    5.12833902    2.21951925
  69.       H        4.69682319    6.04728162    1.85226359
  70.       C        4.23320432    4.85785753    3.58308630
  71.       H        4.61593080    5.56285179    4.30294435
  72.       C        3.68429306    3.66013597    4.00417220
  73.       H        3.62270137    3.41828288    5.05761052
  74.       C        2.34887589   -2.80354263    3.49882812
  75.       H        1.34547223   -2.41008206    3.61499705
  76.       C        2.62540963   -4.14658621    3.68883000
  77.       H        1.83644824   -4.82962849    3.95759695
  78.       C        3.93103890   -4.58854480    3.50920043
  79.       H        4.19046255   -5.62541390    3.65431454
  80.       C        4.90127612   -3.67834385    3.12913054
  81.       H        5.92158622   -4.00092461    3.00491402
  82.       C        4.54105307   -2.34644765    2.92028177
  83.       C        5.47825677   -1.32390839    2.44721193
  84.       C        6.64532850   -1.65155555    1.75238197
  85.       H        6.87669540   -2.68394882    1.54939305
  86.       C        7.48278755   -0.64987804    1.30237630
  87.       H        8.38530340   -0.88875589    0.76283016
  88.       C        7.13261968    0.67310509    1.55157583
  89.       H        7.75439979    1.48735460    1.21793068
  90.       C        5.96310009    0.92893272    2.24030571
  91.       H        5.66523335    1.95002907    2.45533748
  92.       F        6.52086090    5.89730976    6.96909409
  93.       F        6.59735966    5.28903958    9.03711065
  94.       F        8.20274540    4.76402572    7.69553131
  95.       F        6.71511281   -5.70631515    5.23922690
  96.       F        6.06495754   -6.07518121    7.25900263
  97.       F        7.95400423   -5.09948579    6.89506540
  98.       N        2.53283065    0.75224937    1.47408066
  99.       N        3.18795799    2.75291456    3.16504593
  100.       N        3.27614889   -1.92916772    3.12206754
  101.       N        5.15069595   -0.03430144    2.68319440
  102.       O        0.26170203   -0.35037310    3.51476087
  103.       P        3.77286831    0.09210337    5.72378647
  104.       Ru       3.24378298    0.38698037    3.47476963
  105.       S        1.08903804    0.57970098    4.25917196
  106.     &END COORD
  107. #   &VELOCITY #You can set initial atomic velocities in this section
  108. #   &END VELOCITY
  109.     &KIND C   
  110.       ELEMENT C
  111.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q4
  112.       POTENTIAL GTH-PBE
  113.     &END KIND
  114.     &KIND H   
  115.       ELEMENT H
  116.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q1
  117.       POTENTIAL GTH-PBE
  118.     &END KIND
  119.     &KIND F   
  120.       ELEMENT F
  121.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q7
  122.       POTENTIAL GTH-PBE
  123.     &END KIND
  124.     &KIND N   
  125.       ELEMENT N
  126.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q5
  127.       POTENTIAL GTH-PBE
  128.     &END KIND
  129.     &KIND O   
  130.       ELEMENT O
  131.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6
  132.       POTENTIAL GTH-PBE
  133.     &END KIND
  134.     &KIND P   
  135.       ELEMENT P
  136.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q5
  137.       POTENTIAL GTH-PBE
  138.     &END KIND
  139.     &KIND Ru   
  140.       ELEMENT Ru
  141.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q16
  142.       POTENTIAL GTH-PBE
  143.     &END KIND
  144.     &KIND S   
  145.       ELEMENT S
  146.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6
  147.       POTENTIAL GTH-PBE
  148.     &END KIND
  149.   &END SUBSYS

  151.   &DFT
  152.     BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
  153.     POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL
  154. #   WFN_RESTART_FILE_NAME md-RESTART.wfn
  155.     CHARGE    2 #Net charge
  156.     MULTIPLICITY    3 #Spin multiplicity
  157.     UKS
  158.     &QS
  159.       EPS_DEFAULT 1.0E-10 #Set all EPS_xxx to values such that the energy will be correct up to this value
  160.       EXTRAPOLATION ASPC #Extrapolation for wavefunction during e.g. MD. ASPC is default, PS also be used
  161.       EXTRAPOLATION_ORDER 3 #Order for PS or ASPC extrapolation. 3 is default
  162.     &END QS
  163.     &POISSON
  164.       PERIODIC NONE #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
  165.       PSOLVER  ANALYTIC #The way to solve Poisson equation
  166.     &END POISSON
  167.     &XC
  168.      &XC_FUNCTIONAL PBE
  169.       &END XC_FUNCTIONAL
  170.       &VDW_POTENTIAL
  171.         POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
  172.         &PAIR_POTENTIAL
  173.           PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
  174.           TYPE DFTD3
  175.           REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
  176.           #CALCULATE_C9_TERM T #Calculate C9-related three-body term, more accurate for large system
  177.         &END PAIR_POTENTIAL
  178.       &END VDW_POTENTIAL
  179.     &END XC
  180.     &MGRID
  181.       CUTOFF 300
  182.       REL_CUTOFF 40
  183.     &END MGRID
  184.     &SCF
  185.       MAX_SCF 125 #Maximum number of steps of inner SCF
  186.       EPS_SCF 1.0E-05 #Convergence threshold of density matrix of inner SCF
  187. #     SCF_GUESS RESTART #Use wavefunction from WFN_RESTART_FILE_NAME file as initial guess
  188.       &OT
  189.         PRECONDITIONER FULL_ALL #Usually best but expensive for large system. Cheaper: FULL_SINGLE_INVERSE and FULL_KINETIC (default)
  190.         MINIMIZER DIIS #CG is worth to consider in difficult cases
  191.         LINESEARCH 2PNT #1D line search algorithm for CG. 2PNT is default, 3PNT is better but more costly. GOLD is best but very expensive
  192.       &END OT
  193. !     &OUTER_SCF
  194. !       MAX_SCF 20 #Maximum number of steps of outer SCF
  195. !       EPS_SCF 1.0E-05 #Convergence threshold of outer SCF
  196. !     &END OUTER_SCF
  197.       &PRINT
  198.         &RESTART OFF #Do not generate wfn file to suppress meaningless I/O cost
  199.         &END RESTART
  200.       &END PRINT
  201.     &END SCF
  202.   &END DFT
  203. &END FORCE_EVAL

  205. &MOTION
  206.   &MD
  207.     ENSEMBLE NVT
  208.     STEPS 2000 #Number of steps to run
  209.     TIMESTEP 1.0 #Step size in fs. Decrease it properly for high temperature simulation
  210.     TEMPERATURE 298.15 #Initial and maintained temperature (K)
  211. #   COMVEL_TOL 0 #Uncomment this can remove translation motion of center-of-mass every step
  212. #   ANGVEL_TOL 0 #Uncomment this can remove overall rotation every step
  213.     ANGVEL_ZERO T #Eliminate overall rotation component from initial velocity
  214.     &THERMOSTAT
  215.       TYPE CSVR
  216.       &CSVR
  217.         TIMECON 200 #Time constant in fs. Smaller/larger results in stronger/weaker temperature coupling
  218.       &END CSVR
  219.     &END THERMOSTAT
  220.     &PRINT
  221.       &PROGRAM_RUN_INFO
  222.         &EACH
  223.           MD     1 #Output frequency of MD information, 0 means never
  224.         &END EACH
  225.       &END PROGRAM_RUN_INFO
  226.     &END PRINT
  227.   &END MD
  228.   &PRINT
  229.     &TRAJECTORY
  230.       &EACH
  231.         MD   1 #Output frequency of coordinates, 0 means never
  232.       &END EACH
  233.       FORMAT xyz
  234.     &END TRAJECTORY
  235.     &VELOCITIES
  236.       &EACH
  237.         MD     0 #Output frequency of velocities, 0 means never
  238.       &END EACH
  239.     &END VELOCITIES
  240.     &FORCES
  241.       &EACH
  242.         MD     0 #Output frequency of forces, 0 means never
  243.       &END EACH
  244.     &END FORCES
  245.     &RESTART
  246.       BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backing up restart file, 0 means never
  247.       &EACH
  248.         MD  1 #Frequency of updating last restart file, 0 means never
  249.       &END EACH
  250.     &END RESTART
  251.     &RESTART_HISTORY OFF
  252.     &END RESTART_HISTORY
  253.   &END PRINT
  254. &END MOTION
复制代码


作者
Author: sobereva    时间: 2023-2-6 01:06
用Multiwfn目前的最新版本，对非周期性体系自动设的Poisson solver比老版本用的analytic更合理，虽然这和当前问题未必有直接联系

作者
Author: leeru    时间: 2023-2-6 07:50
建议先做结构优化，再跑md看看
作者
Author: 函数与激情    时间: 2023-2-6 10:36
本帖最后由 函数与激情 于 2023-2-6 10:37 编辑
sobereva 发表于 2023-2-6 01:06
用Multiwfn目前的最新版本，对非周期性体系自动设的Poisson solver比老版本用的analytic更合理，虽然这和当 ...

谢谢sob老师，换了最新版Multiwfn产生的输入再计算后确实没问题了，温度是正常的，看来WAVELET的Poisson solver更加合理些。
作者
Author: 函数与激情    时间: 2023-2-6 10:37
leeru 发表于 2023-2-6 07:50
建议先做结构优化，再跑md看看

初始结构是XTB优化后的，经测试和结构无关，而是Poisson solver的原因造成的。
作者
Author: 1285050231    时间: 2024-9-19 10:20
函数与激情 发表于 2023-2-6 10:37
初始结构是XTB优化后的，经测试和结构无关，而是Poisson solver的原因造成的。

同学，以你经验最好的Poisson solver控温应该选择哪个？我也是一样的温度，第二步就比预设温度高了20倍，还一直下不来。



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3