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标题: 在使用pdb2gmx生成蛋白质的gro文件时，提示找不到C1原子，如何解决？ [打印本页]

作者
Author: AQQQ 时间: 2023-2-6 14:08
标题: 在使用pdb2gmx生成蛋白质的gro文件时，提示找不到C1原子，如何解决？
本帖最后由 AQQQ 于 2023-2-7 16:13 编辑

我在使用Gromacs的pdb2gmx命令将一段从uniprote库中的蛋白质（uniprote：R0LBJ2）的pdb文件转化成gro文件时，提示的错误信息为：atom C1 not found in buiding block 1MET while combining tdb and rtp”。命令为gmx pdb2gmx -f y.pdb -o Y_processed.gro -water spce；力场为charmm36。而且经检查PDB文件中没有原子缺失。
我继续下载了其他的蛋白质序列，都在这一步出现找不到C1原子的错误提示,但是用其他力场是可以的。我现在刚开始学习Gromacs的使用，自己尝试了一些操作都没有解决这个问题，希望各位老师能够提供一下解决的思路或建议，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-7 02:05
标题pdb2gmx拼错了，改
可能CHARMM36力场包有bug，如果对GROMACS不熟不知道怎么检查力场包里的文件定义，用其它力场就完了

作者
Author: AQQQ 时间: 2023-2-7 16:13
错误已经修改。感谢老师的解答。

作者
Author: fanhu 时间: 2025-12-12 10:38

AQQQ 发表于 2023-2-7 16:13
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你好，请问你是怎么解决的，我也遇见了这个问题

作者
Author: tptp 时间: 2025-12-12 10:39

fanhu 发表于 2025-12-12 10:38
你好，请问你是怎么解决的，我也遇见了这个问题

换amber力场试试

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