计算化学公社

标题: openmolcas在集群上安装编译失败 [打印本页]

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-6 17:09
标题: openmolcas在集群上安装编译失败

在计算集群上按本帖（离线安装OpenMolcas-v22.06.md · main · Jingxiang Zou / qc_install_tutorials · GitLab）安装openmolcas编译不成功。不知问题出在哪儿，还请大神指教。
PS：安装了cmake3.26，Intel oneapi 最新版，Anaconda Python3

作者
Author: wjc404 时间: 2023-2-6 17:25
需要从下面那幅图的打印内容往上看，找到编译器报错的内容是什么。从现在给的两幅图还判断不了哪里出错了。

作者
Author: abin 时间: 2023-2-6 17:31
这个链接有下载即用的。

https://pan.baidu.com/s/1r7PduYXqjn3kpS-ie0H8NQ?pwd=aknc

不过这里没有任何编译源码的信息。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-6 18:07
先找出第一次报错的地方。另外，你装的是哪个版本的OpenMolcas？

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-6 19:12

zjxitcc 发表于 2023-2-6 18:07
先找出第一次报错的地方。另外，你装的是哪个版本的OpenMolcas？

谢谢回复。我装的是v22.10版openmolcas。
我又做了一遍，编译前一步运行这个代码
CC=icc CXX=icpc FC=ifort cmake -DLINALG=MKL -DOPENMP=ON \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/soft/OpenMolcas-v22.10 ..
出现黄色字体警告，但是按帖子说的不需要HDF5库所以我就没管。
编译的时候提示下图，但是我网上搜了一下，也看了一下CMakeLists.txt文件里面cmake_minimum_required (VERSION 3.12)是在project()前面的，似乎没有问题呀。

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-6 19:14

wjc404 发表于 2023-2-6 17:25
需要从下面那幅图的打印内容往上看，找到编译器报错的内容是什么。从现在给的两幅图还判断不了哪里出错了。

谢谢！我回复到下面了。

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-6 19:14

abin 发表于 2023-2-6 17:31
这个链接有下载即用的。

https://pan.baidu.com/s/1r7PduYXqjn3kpS-ie0H8NQ?pwd=aknc

谢谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-6 19:21

火车头发表于 2023-2-6 19:12
谢谢回复。我装的是v22.10版openmolcas。
我又做了一遍，编译前一步运行这个代码
CC=icc CXX=icpc FC=i ...

这个是警告，不是报错原因，不用管这个警告。有真正的报错之处。

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-6 19:47

zjxitcc 发表于 2023-2-6 19:21
这个是警告，不是报错原因，不用管这个警告。有真正的报错之处。

找到一处错误，我查了一下，说是可能是编译用的核数太多，我改为 make -j2试了试也不行

作者
Author: wjc404 时间: 2023-2-6 20:01
本帖最后由 wjc404 于 2023-2-6 20:03 编辑

可能是被ifort的小问题坑了。如果确认和Intel全家桶相关的cmake变量和所有环境变量全都没问题，还有这个错，则可以在cmake调用时加上-DBUILD_TESTING=OFF然后再构建，以跳过unit_tests模块的编译（之后跑pymolcas verify应该还能照样跑）。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-6 20:12

火车头发表于 2023-2-6 19:47
找到一处错误，我查了一下，说是可能是编译用的核数太多，我改为 make -j2试了试也不行

运行echo $MKLROOT有显示MKL库路径么？cmake那一步屏幕上有没有显示自动搜索到了MKL库路径？

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-6 20:16
本帖最后由火车头于 2023-2-6 20:19 编辑

zjxitcc 发表于 2023-2-6 20:12
运行echo $MKLROOT有显示MKL库路径么？cmake那一步屏幕上有没有显示自动搜索到了MKL库路径？

这样的，似乎，还是用的之前老版本的intel？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-6 21:28

火车头发表于 2023-2-6 20:16
这样的，似乎，还是用的之前老版本的intel？

截图显示intel编译器和MKL库都用的是2015，并非你一开始所说Intel OneAPI，可能你的报错是因为你的编译器太旧了

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-7 08:35

zjxitcc 发表于 2023-2-6 21:28
截图显示intel编译器和MKL库都用的是2015，并非你一开始所说Intel OneAPI，可能你的报错是因为你的编译器 ...

我按Intel官网的方式安装了Intel OneAPI（没有设置环境变量的步骤），但是之前机器里安装了2015版，我把/etc/profile里的老版本环境变量注释掉，source后echo $MKLROOT显示还是2015版的库，不知道该要怎么操作呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-7 12:27
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-2-7 12:29 编辑

火车头发表于 2023-2-7 08:35
我按Intel官网的方式安装了Intel OneAPI（没有设置环境变量的步骤），但是之前机器里安装了2015版，我把/ ...

不要source，试试退出重登。如果写了Intel OneAPI环境变量，登录时会显示类似这样

:: initializing oneAPI environment ...
-bash: BASH_VERSION = 4.2.46(2)-release
:: clck -- latest
:: compiler -- latest
:: debugger -- latest
:: dev-utilities -- latest
:: inspector -- latest
:: itac -- latest
:: mkl -- latest
:: mpi -- latest
:: tbb -- latest
:: oneAPI environment initialized ::

复制代码

一看便知。Intel OneAPI的环境变量一般是这么写的

. /opt/intel/oneapi/setvars.sh

复制代码

注意点号后有个空格。

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-7 17:37
本帖最后由火车头于 2023-2-7 17:40 编辑

zjxitcc 发表于 2023-2-7 12:27
不要source，试试退出重登。如果写了Intel OneAPI环境变量，登录时会显示类似这样
一看便知。Intel OneA ...

我把环境变量设置好了，echo $MKLROOT也能出现正确的版本重新安装步骤，在cmake步骤又出现问题了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-7 18:10

火车头发表于 2023-2-7 17:37
我把环境变量设置好了，echo $MKLROOT也能出现正确的版本重新安装步骤，在cmake步骤又出现问题了

运行which ifort查看是否有Intel Fortran编译器。如果没有，可能你没安装。Base Toolkit包里我记得没有ifort。可以参考我写的《Linux下安装Intel oneAPI》

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-7 18:44
本帖最后由火车头于 2023-2-7 20:38 编辑

zjxitcc 发表于 2023-2-7 18:10
运行which ifort查看是否有Intel Fortran编译器。如果没有，可能你没安装。Base Toolkit包里我记得没有if ...

我运行了，确实可能没有安装ifort。我按《Linux下安装Intel oneAPI》重新安装了oneAPI，又折腾几个问题，终于成功安装完成测试了！感谢大佬一直指点！

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-7 22:51
我测试了测试集所有任务，发现有两个失败，输出文件见附件。不知有没有影响？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-8 00:34

火车头发表于 2023-2-7 22:51
我测试了测试集所有任务，发现有两个失败，输出文件见附件。不知有没有影响？

没啥问题。我自己的习惯是，安装完一款程序，算个例子，让它与其他程序结果能完全对应上。比如写个gjf文件

%mem=4GB
%nprocshared=2
#p CASSCF/cc-pVDZ
mokit{CASSCF_prog=OpenMolcas}
0 1
O -0.23497692 0.90193619 -0.068688
H 1.26502308 0.90193619 -0.068688
H -0.73568721 2.31589843 -0.068688

复制代码

用MOKIT的automr运行一下

automr h2o.gjf >h2o.out 2>&1

复制代码

结果
E(CASCI)  =    -75.90802165 a.u.
E(CASSCF) =    -75.90823031 a.u.

再把关键词CASSCF_prog=OpenMolcas删掉，默认调用PySCF进行CASSCF计算，结果
E(CASCI)  =    -75.90802167 a.u.
E(CASSCF) =    -75.90823032 a.u.

对得很好，说明安装的程序大概率没问题。期间自动产生的OpenMolcas输入文件和轨道文件见下，你从这两个文件直接出发，也能算出一样的结果
(, 下载次数 Times of downloads: 1) ， (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: scf 时间: 2023-2-8 07:22
本帖最后由 scf 于 2023-2-8 07:24 编辑

一般量子化学程序的绝对能量能在多大程度上一致?我曾经比较过不同的程序和自己写的,一般在10^-11上可以一致, 再往下一般做不到 https://en.wikipedia.org/wiki/Do ... oating-point_format 双精度原则上可以到10^-16?

作者
Author: 火车头 时间: 2023-2-8 08:50

zjxitcc 发表于 2023-2-8 00:34
没啥问题。我自己的习惯是，安装完一款程序，算个例子，让它与其他程序结果能完全对应上。比如写个gjf文 ...

好的，感谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-8 18:34

scf 发表于 2023-2-8 07:22
一般量子化学程序的绝对能量能在多大程度上一致?我曾经比较过不同的程序和自己写的,一般在10^-11上可以一致 ...

根据我的个人经验，在控制积分精度和各种精度参数前提下，使用TZ级别的基组，气相电子能量能对到1e-6或1e-7,；如果加了弥散函数，只能到1e-5或1e-6。当然，体系小、基组小的时候，对到1e-8或1e-9没问题。

作者
Author: chenxl13 时间: 2024-6-18 18:09

zjxitcc 发表于 2023-2-7 18:10
运行which ifort查看是否有Intel Fortran编译器。如果没有，可能你没安装。Base Toolkit包里我记得没有if ...

按照教程网上下载的安装包是2024年的oneAPI，配置好环境变量后运行，显示没有icc和icpc，ifort和mpirun是有的。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)