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标题: 如何更快地创建出lammps运行所需要的含有原子电荷的data文件？ [打印本页]

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-6 18:00
标题: 如何更快地创建出lammps运行所需要的含有原子电荷的data文件？
本帖最后由 wjwh 于 2023-2-6 18:02 编辑

各位前辈，我的问题是如何更快地创建拥有原子电荷的data文件。我的建模过程如下：我创建了三种分子的pdb文件：a.pdb、b.pdb、c.pdb ，经packmol将这三种分子各100个随机分布在模拟盒子中，同时生成对应的system.pdb文件，然后使用topo转化得到system.data文件。这个system.data文件中不含有原子电荷、pair_coeff、bond_coeff、angle_coeff这些信息的。但是诸如pair_coeff、bond_coeff这些信息我可以一个一个输入在system.data文件中，因为盒子里的分子数量虽然多，其成键类型仍然是原有单个分子的成键。然而对于data文件中的原子，是把模拟盒子的所有分子全部列出来了，我怎么把原子的电荷快速地匹配到system.data文件中去呢？还是说我这种方法本身就是不正确的？
有考虑过在lammps 的in文件中通过组和set命令设置电荷，问题是，即便是同类原子如碳原子，其在a、b、c分子内的不同位置电荷也是不同的。所以请教大家在做类似的工作时是怎么解决的。谢谢大家

作者
Author: ABC123 时间: 2023-2-6 18:08
不同的力场，需要不同的电荷匹配。看社长的帖子。

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-6 18:14

ABC123 发表于 2023-2-6 18:08
不同的力场，需要不同的电荷匹配。看社长的帖子。

您好，我目前是打算全部用opls全原子力场进行计算的。谢谢您的回复

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-6 19:08
还有什么其他的方法推荐吗？

作者
Author: ABC123 时间: 2023-2-7 06:53
您好，看社长的帖子，解释的不能更详细！

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-7 08:46

ABC123 发表于 2023-2-7 06:53
您好，看社长的帖子，解释的不能更详细！

好的，非常感谢。这就去看

作者
Author: 1028181661 时间: 2024-9-24 18:07

wjwh 发表于 2023-2-7 08:46
好的，非常感谢。这就去看

你好，可以请教一下，是哪篇帖子吗？万分感谢。

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