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标题: MDAnalysis选择键的问题 [打印本页]

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作者
Author: Yaohui    时间: 2023-2-6 20:15
标题: MDAnalysis选择键的问题

      我想利用MDAnalysis的HydrogenBondAnalysis模块，去分析溶液锂离子的配位问题。我手动把氢键问题中配位原子，氢原子，和接收原子，分别替换成锂离子，锂离子，配位原子（同一个锂离子，为了使后面键长好计算）。我直接选择的两个配位原子resid 1051（锂离子）和"name O4 and resid 913"（配位的氧原子），都满足我设置的键长（2.2埃）和角度阈值（180度），但是参数输入以后不知道为什么这个键无法输出。不知道各位有没有遇到过这种问题，请多指教。

hbonds = HydrogenBondAnalysis(

   universe=u,

   donors_sel="resid 1051",

   hydrogens_sel="resid 1051",

   acceptors_sel="name O4 and resid 913",

   d_a_cutoff=2.2,

   d_h_a_angle_cutoff=180,

update_selections=False

)

hbonds.run(

    start=1,

    stop=500,

    step=None,

    verbose=True

)

注：有一些阳离子配位的键是可以输出的，所以替换氢原子的做法去分析氢键外的配位应该是可行的。

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