计算化学公社

标题: 建立盒子时蛋白一小部分在盒子外面有没有问题 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-6 21:38
标题: 建立盒子时蛋白一小部分在盒子外面有没有问题
各位老师好，有一个问题想请教一下。对于如图的蛋白结构（VMD已周期性显示），之前用的是立方盒子，但是有太多的空间被浪费掉导致模拟时耗时较多。现在换成了截角八面体盒子，浪费的空间小了，但是有一小部分在盒子外，但从图可以看到，蛋白离镜像蛋白较远，不会相互作用到。请问社长拿这样的水盒子+蛋白去模拟合理么，不合理的话需要做些什么设置优化一下
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-7 02:16
当前看没有问题，但跑起来之后若有大幅构象变化、体系大幅旋转，那就不一定了。
轨迹跑完了最好用gmx mindist检查蛋白质与镜像间的最小距离确保足够大

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-7 08:52

sobereva 发表于 2023-2-7 02:16
当前看没有问题，但跑起来之后若有大幅构象变化、体系大幅旋转，那就不一定了。
轨迹跑完了最好用gmx mind ...

谢谢社长，一般距离多少nm可以认为是足够大呢

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-2-7 11:43

uenh1998 发表于 2023-2-7 08:52
谢谢社长，一般距离多少nm可以认为是足够大呢

一般超过cutoff就可以了，这个值可以在mdp里面找到，通常是1.2nm

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-7 14:21

Frozen-Penguin 发表于 2023-2-7 11:43
一般超过cutoff就可以了，这个值可以在mdp里面找到，通常是1.2nm

嗯明白了，感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-8 05:28

uenh1998 发表于 2023-2-7 08:52
谢谢社长，一般距离多少nm可以认为是足够大呢

至少1.5 nm，>1.8nm更好

对于用PME算静电作用的情况，mdp里的cutoff只是控制实空间部分的截断半径，影响计算效率，而并没有物理上的意义

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)