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标题: Material Studio做分子动力学模拟后，如何进行分子质心分析及统计 [打印本页]

作者
Author: 茶色玻璃 时间: 2023-2-8 09:15
标题: Material Studio做分子动力学模拟后，如何进行分子质心分析及统计
各位老师，最近刚学习使用MS进行MD模拟，是在Compass力场中完成的模拟，目前卡在了数据分析部分，我做的是二元共混体系的动力学模拟，分子中原子个数较多，请问：
在做完模拟后，如何能获得两种分子各自的质心坐标数据？
MS中是否有相关的模块可以完成对这种情况下分子质心的分析与统计并且能够输出质心坐标数据呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-9 00:55
M$我不清楚，如果导出来轨迹载入VMD，原则上写VMD脚本很容易就能输出

作者
Author: 茶色玻璃 时间: 2023-2-9 19:31

sobereva 发表于 2023-2-9 00:55
M$我不清楚，如果导出来轨迹载入VMD，原则上写VMD脚本很容易就能输出

谢谢老师了，只要有能实现的路径就好办多了
那请问老师，对于二元共混体系的质心分析的VMD的脚本有没有案例可以参考一下呢？十分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 03:04

茶色玻璃发表于 2023-2-9 19:31
谢谢老师了，只要有能实现的路径就好办多了
那请问老师，对于二元共混体系的质心分析的VMD的脚本有没有 ...

不可能存在对你的体系直接就能用的脚本，必须自己写，改造别人的脚本也得有脚本编写常识

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里专门系统详细讲VMD脚本的编写，课上讲的一堆例子里挑一个和质心分析相关的供参考：

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