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标题: lammps跟学课程运行in文件出现错误提示：ERROR: Invalid data file section [打印本页]

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Author: 高章磊 时间: 2023-2-8 14:36
标题: lammps跟学课程运行in文件出现错误提示：ERROR: Invalid data file section
这是一个求助帖。
我是一个刚准备学习lammps的计算化学菜鸟，为了学习lammps我在网上购买了一个lammps的入门引导课程。课程中老师教我们编写in文件和data文件，开始都没有问题在能量最小化设置完成试运行的时候频繁出现错误，具体错误代码如下：
ERROR: Invalid data file section: Angles (src/read_data.cpp:535)
在看到是角相关的错误后，我仔细检查了Angles相关的设置在此附上我的data文件：
###############################################################
PE chain and conterion

      30 atoms
      19 bonds
      0 angles
      0 dihedrals
      0 impropers

      2 atom types
      1 bond types
      1 angle types
      0 dihedral types
      0 improper types

0.0 40.0 xlo xhi
0.0 40.0 ylo yhi
0.0 40.0 zlo zhi

Masses

  1 1.0
  2 1.0

Atoms

1       1       1       -1       1       0       0
2       1       1       -1       2       0       0
3       1       1       -1       3       0       0
4       1       1       -1       4       0       0
5       1       1       -1       5       0       0
6       1       1       -1       6       0       0
7       1       1       -1       7       0       0
8       1       1       -1       8       0       0
9       1       1       -1       9       0       0
10       1       1       -1       10       0       0
11       1       1       -1       11       0       0
12       1       1       -1       12       0       0
13       1       1       -1       13       0       0
14       1       1       -1       14       0       0
15       1       1       -1       15       0       0
16       1       1       -1       16       0       0
17       1       1       -1       17       0       0
18       1       1       -1       18       0       0
19       1       1       -1       19       0       0
20       1       2       -1       20       0       0
21       2       2       2       0.95934       10.23025       4.09158
22       3       2       2       20.70501       28.53771       0.87793
23       4       2       2       22.67306       20.57917       11.5014
24       5       2       2       22.41135       0.65318       25.90387
25       6       2       2       24.27093       11.6846       12.06886
26       7       2       2       24.39299       0.66857       10.75375
27       8       2       2       20.81403       8.51076       12.81234
28       9       2       2       23.82675       26.1556       2.559
29       10       2       2       5.36501       8.99247       15.00578
30       11       2       2       26.8009       3.16178       23.01846

Bonds

1       1       1       2
2       1       2       3
3       1       3       4
4       1       4       5
5       1       5       6
6       1       6       7
7       1       7       8
8       1       8       9
9       1       9       10
10       1       10       11
11       1       11       12
12       1       12       13
13       1       13       14
14       1       14       15
15       1       15       16
16       1       16       17
17       1       17       18
18       1       18       19
19       1       19       20

Angles

1       1       1       2       3
2       1       2       3       4
3       1       3       4       5
4       1       4       5       6
5       1       5       6       7
6       1       6       7       8
7       1       7       8       9
8       1       8       9       10
9       1       9       10       11
10       1       10       11       12
11       1       11       12       13
12       1       12       13       14
13       1       13       14       15
14       1       14       15       16
15       1       15       16       17
16       1       16       17       18
17       1       17       18       19
18       1       18       19       20

#######################################################
in文件也附上，方便大家帮我查错：
#######################################################
# BD simulation of polyelectrolyte polymer in counterion ion

echo       screen

units       lj
dimension    3
newton       on
boundary    p p p
atom_style full

bond_style    harmonic
angle_style harmonic

read_data    data.file

pair_style lj/cut/coul/long 1.12246 8.0
pair_coeff 1 1 1.0 1.0
pair_coeff 1 2 1.0 0.8  0.898
pair_coeff 2 2 1.0 0.6  0.673
pair_modify shift yes

bond_coeff 1 5000.0 1.0
angle_coeff 1 50.0 180

kspace_style  pppm 1.0e-4
kspace_modify order 6

######################################
# 能量最小化，或者排除非常不理想的构象，实现一个比较合理的初始结构

dump       1 all atom 2 dump.lammpstrj
minimize    1.0e-4 1.0e-6 10000 100000
#############################################################

体系很简单，就是20个单一原子在x轴上组成一条链，然后有另外10个坐标随机的原子。他们全部都在一个40*40的cube里,视频里的老师运行就能成功我一运行就报错说角有问题，我想知道原因究竟在哪儿？先提前谢过愿意帮我这个小白的大佬，感谢。

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-8 19:28
0 angles 和1 angle type冲突了。你底下明明有angles部分，但是在最前面没有定义出出来。

作者
Author: 高章磊 时间: 2023-2-9 14:36

wjwh 发表于 2023-2-8 19:28
0 angles 和1 angle type冲突了。你底下明明有angles部分，但是在最前面没有定义出出来。

感谢感谢，我人都傻了，这么明显的部分我居然没看出来。多些帮助！！！

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-9 16:46

高章磊发表于 2023-2-9 14:36
感谢感谢，我人都傻了，这么明显的部分我居然没看出来。多些帮助！！！

哈哈没事很正常，数字看多了容易看走眼。

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