计算化学公社

标题: 能否将mopac算完的文件生成GROMACS的拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-8 16:39
标题: 能否将mopac算完的文件生成GROMACS的拓扑文件
之前用mopac算了一个很大的体系，现在想跑一下分子动力学，如果参照sob老师的《使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件》一文来创建文件的话，需要用fchk文件来生成RESP电荷，那我是否还需要重新用gauss优化一遍结构呢，谢谢各位老师指点

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-9 01:15
说具体算的体系的特征（最好截图）、MOPAC里用的什么方法，否则没法判断MOPAC优化完的结构的合理性

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-9 09:13
关键词用的是PM6-D3H4 charge=8 recalc=10 flepo gnorm=1.0 dmax=0.10
结构是一个900多个原子的正四面体金属笼，这个图片是我文献中找的(doi.org/10.1002/anie.202212634)，优化完的原图和这个差不多，没有虚频
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作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-9 09:14

sobereva 发表于 2023-2-9 01:15
说具体算的体系的特征（最好截图）、MOPAC里用的什么方法，否则没法判断MOPAC优化完的结构的合理性

老师，具体信息我发在下一楼了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 03:07

tsgyls 发表于 2023-2-9 09:13
关键词用的是PM6-D3H4 charge=8 recalc=10 flepo gnorm=1.0 dmax=0.10
结构是一个900多个原子的正四面体金 ...

过渡金属体系用半经验方法可靠性不高，至少用xtb在GFN-xTB下也优化一下看看，如果相差较大，虽然GFN-xTB的也不一定靠谱，但半经验的不靠谱的概率更大。如果相差不大，那可能还凑合能用，但也要凭借基本结构化学常识判断优化完的合理性

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-10 19:56

sobereva 发表于 2023-2-10 03:07
过渡金属体系用半经验方法可靠性不高，至少用xtb在GFN-xTB下也优化一下看看，如果相差较大，虽然GFN-xTB ...

那用xtb优化之后，可以像高斯一样用Multiwfn来生成跑gromacs的文件吗，我之前好像没有看到相关内容，还请老师解答一下

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 23:36

tsgyls 发表于 2023-2-10 19:56
那用xtb优化之后，可以像高斯一样用Multiwfn来生成跑gromacs的文件吗，我之前好像没有看到相关内容，还请 ...

不能
产生小分子GROMACS拓扑文件是sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）干的事。mdp自己手动编辑

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-11 11:54

sobereva 发表于 2023-2-10 23:36
不能
产生小分子GROMACS拓扑文件是sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）干的事。mdp自己手动编辑

不好意思社长，我的问题没有说清楚，之前的博文中说gauss生成的fch文件，可以用于Multiwfn中计算RESP电荷。那xtb或mopac优化结构后生成的文件，是否可以直接用于Multiwfn计算RESP电荷？还是说只能gauss再优化结构拿到chk文件才行？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-12 04:43

tsgyls 发表于 2023-2-11 11:54
不好意思社长，我的问题没有说清楚，之前的博文中说gauss生成的fch文件，可以用于Multiwfn中计算RESP电荷 ...

至少你得做个DFT单点计算得到波函数文件

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-13 10:34

sobereva 发表于 2023-2-12 04:43
至少你得做个DFT单点计算得到波函数文件

明白了，谢谢社长解答

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