公社群聊Q&A整理：2016.05.29 04 ~ 2016.06.02 19 Concate - 计算化学公社

2016.05.29 03:16:04
Q:
求两篇文献http://xueshu.baidu.com/s?wd=paperuri%3A%28cd472b0687ff2940d78d277e74c9483d%29&filter=sc_long_sign&tn=SE_xueshusource_2kduw22v&sc_vurl=http%3A%2F%2Fpubs.acs.org%2Fdoi%2Fabs%2F10.1021%2Facs.jpca.6b03596&ie=utf-8&sc_us=12993034580563297849
求文献http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.6b00202
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpca.6b03596
难道这个群里不能求文献吗
你去看群规，LiYuanhe，都跟你说了
A:
求sci-hub.cc能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
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2016.05.29 03:24:33
Q:
请问老师，高斯09结合Multiwfn能完成NBO分析吗，求详细的相关操作步骤及分析？
李老师，您是说G09独立可以做NBO分析吗
A:
pop=NBO
Q:
[图片][图片]NBO分析输入与输出文件，请教老师为什么直接终止了？
A:
不用nboread只用nbo试试
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2016.05.29 05:12:22
Q:
谢谢sob老师的回复
1. 弱相互作用我总感觉指的是分子的片段间的作用，我研究的是多聚体的相互作用，这个不知道是不是你所说的非共价相互作用？
2. 怎样判断相互作用是以色散为主，还是静电为主？
3. 我使用LR模型计算和SS模型计算的值，单单比较S1态的发射时能够匹配，但S2和S3态的发射能相差很大了，我就是将
[图片]
处改加了root=n，其他没变，取值也是根据这个方法取得，不明白为何两种模型计算出来的值相差过大
S1，S2，S3的激发态优化都是同一个标准
A:
1 是
2
静电吸引主导，少量色散吸引参与：氢键、二氢键、卤键、p-氢键、碳键、硫键、磷键等
色散作用：p-p堆积、范德华吸引等
3 不好说
Q:
老师这里的碳键硫键是指c-c键，s-s键？
A:
不是，是sigma-hole导致的弱相互作用，类似卤键
碳键：Phys. Chem. Chem. Phys., 2013, 15, 14377--14383
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2016.05.29 06:17:33
Q:
新浪下个月要关闭网盘和邮箱的保存业务了，我们的公共邮箱要及时备份啊
A:
这跟邮箱没关系
只是关了微盘而已
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2016.05.29 06:26:17
Q:
前面群里有人说分享E.01M的高斯，怎么？怎么没有下文了[表情]
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3355
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2016.05.29 07:06:53
Q:
然后在想问下<S**2>=0.799 这个值为何不是个整数
A:
凭什么是整数
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2016.05.29 11:42:58
Q:
专心的帮人画静电势图。。。
[图片]算着真慢
[图片]但是十分慢
分子太大了，要的格点太多
A:
gview画？
Q:
是~~
A:
coarse格点？
Q:
Fine
[emoji]Fine
哎突然想起来好像有一篇博文里说medium就够了？
A:
coarse足矣，尤其是大分子，coarse和medium差异都看不出来
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2016.05.29 16:43:50
Q:
咨询一下老师，类似于这个图中，分子之间质心之间的距离，可否通过multiwfn求得？谢谢指点[图片]
A:
可以
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2016.05.29 17:55:02
Q:
[图片]
Webmo怎么样？
A:
不怎么样，若无特殊目的没必要用
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2016.05.29 18:40:33
Q:
Hirshfeld表面分析和Hirshfeld轨道组成的Hirshfeld是同一位科学家吗？
A:
不是
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2016.05.29 18:57:12
Q:
大神们，审稿人这是什么意思呢“While group-theoretical symbols are used in the Supplementary Information, the actual symmetry group of the species, such as C_3v, could be specified more often. It is more precise than words. ”
在支撑材料里面有涉及到各个结构的点群，如C3v，但是审稿人这是啥意思呢，谢谢了
A:
大抵是让你在正文里也多用点群符号而不是靠文字来说明体系对称性
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2016.05.29 19:00:23
Q:
老师，我对你昨天提到的sigma-hole中的碳键硫键和磷键比较感兴趣，介绍碳键的PCCP文章，已经下载到，但是硫键和磷键的文章我没有找到，您有么，能否分享一下？另外每一次看到您给别人提供问题相关的文献时都能迅速找到那些文献，请问您平时是怎么高效的管理这些文献的？能否简单介绍一下，科学高效的管理文献对很多学生来讲还是很难做到。
A:
J Mol Model (2009) 15:723–729、DOI：10.1007/s00894-011-1089-1、J MolModel (2015) 21:52
平时要把文献按文件夹分类放置，文件名标题写几个字注明内容
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2016.05.29 19:52:55
Q:
用linux和windows跑一样的Gaussian任务 (80原子/m062x)
除了内存分别是4g和1g外输入文件一样
为啥windows13小时算完了 linux15小时还没好…
A:
比较输出信息，不要光说时间，没准版本不一样，导致诸如linux版因数值巧合发生震荡之类
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2016.05.29 23:40:35
Q:
请问什么情况下可以用Kohm–Sham orbitals这种说法，这里的轨道还有其他的名字么？
DFT解出来的轨道叫Kohm–Sham轨道
DFT出来的叫KS轨道吧
剑宗，您的意思是因为DFT理论的发展是基于Kohm-Sham方程的对吧。这里说Kohm–Sham orbitals的话是指的分子轨道？还是原子轨道？
说一个实际的离子吧，作者给出了HOMO和LOMO的轨道图片，说这是KS轨道，这种说法对不对呢？
A:
KS-DFT形式的DFT解出来的轨道就叫KS轨道，和HF轨道一样可以算分子轨道
Q:
M062X明显精度高于MP2啊
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2016.05.29 23:54:46
Q:
老师，我看好多文章为了精确计算能量，大多用了MP2方法，M062x与MP2比在计算能量上哪一个更准确？（同样机组）
MP2有一点好，夸大弱相互作用，算出来的binding energy比谁算得都大
耗时不同，比较这二者有点不公平，比如比一比HF/杂化泛函，MP2/双杂化泛函，是不是更合适一些
[图片]MP2的一些短板@天堂鸟
SCS-MP2 主要解决什么问题呢？
MP2.5也一回事
MP2.5也一回事
[图片]反正6-70个原子的体系，用MP2算得我欲生欲死
A:
M062X
明显精度高于MP2，除了个别问题诸如算超极化率
M062X明显精度高于MP2，除了个别问题诸如算超极化率
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2016.05.30 00:34:21
Q:
请问，我寻找过渡态老是在开始就出错，这是什么情况？谢谢。
[图片]
这里不应有两个空行，下同
[图片]
HF/3-21G[图片]really?
不是可以先用小基组试着优化一下吗
我理解成先用HF或者半经验优化了
A:
拿hf/3-21g是想做甚
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2016.05.30 02:04:35
Q:
老师，当给输入文件加freq=anharmonic，计算很慢很慢，有木有办发让它算的快点，谢谢老师啦
我算的稍微大的分子体系，更慢
A:
大分子非谐振计算就甭想了
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2016.05.30 02:08:30
Q:
我要投的一篇论文中，用multiwfn计算Hirshfeld电荷。只需要引这两篇就OK了吗？
[1]Theor Chim Acta (Berl) 44:129-138(1977)
[2]Tian Lu, Feiwu Chen, J. Comp. Chem. 33, 580-592 (2012)
另外，我的分子中部分原子用到了大核赝势，大核赝势的不能做波函数分析，我对分子中那些用全电子基组的原子计算Hirshfeld电荷没问题吧@Sobereva
A:
是这么引用。对。
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2016.05.30 02:33:10
Q:
重新开始中断的任务需要检查点文件（chk）和读写文件（rwf）？
A:
这和重启的任务类型有关
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2016.05.30 02:37:33
Q:
诸位大神，实验上能用两个分子合成一种物质，我用高斯优化这种物质优化结果成了两三个分子，这该怎么办啊？
A:
你这初始结构建得，明显就不可能合成一个分子
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2016.05.30 03:06:57
Q:
有一台电脑安装Linux系统安装了gaussian,能直接按照VASP吗，还要不要安装数学库,Fortran等
A:
fortran编译器显然得有
用什么数学库有自选的余地，有MKL建议用MKL
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2016.05.30 03:11:25
Q:
问下，分子轨道的不同颜色代表了什么，电子聚集程度吗
麻烦问下，分子轨道的绘制，采用个单位是isovalue=0.02e/a.u.^3吗
有人知道分子轨道的单位是不是isovalue=0.02e/a.u.^3吗
我看用GV画轨道时，是0.02[图片]那单位是不是e/a.u.^3呢
A:
都不用写单位，非要让你写就写个a.u.就完了
Q:
老师，这是审稿人的意见
A:
找碴而已，非要按照born概率解释去反着说轨道波函数的单位
实际上波函数原本是没有单位的
Q:
谢谢sob老师，有个审稿人的意见是：
If MOs are plotted then the unit for the isovalue of the contour plot should be e * (a.u.)^(-3/2), since the orbital is the square root of the electron density
他说的单位和我们的都不一样，不知道该咋回答
我的论文里面都没有单位的，所以都不知道咋回答这个问题了。
A:
就按他说的改就完了
e*(bohr)^(-3/2)
PS：这单位看着真恶心，审稿人强行将自己的怪癖施加于别人身上
Q:
sob老师，分子轨道是电子密度的平方根，要不要对e也平方根呢，因为看到这个回复了：
The response I got from the G09 folks is that the units for the density is electrons/(bohr)^3 and that the units for the molecular orbitals are the square root of that.
按理说应该是[electrons/(bohr)^3]^1/2
这样也就对e有平方根了e^1/2
A:
恩
Q:
那结果应该是(e^1/2)/(bohr)^3/2,而不是(e)/(bohr)^3/2了
那就是按照后面我这个(e^1/2)/(bohr)^3/2给出来单位了
……e不用写吧？
个数不带单位啊
A:
e是指elementary charge
Q:
e是指elementary charge
那这个e也可以开平方，对吧。
A:
恩
Q:
那我用GV做的轨道图用的isovalue=0.02，也就是0.02e*(bohr)^(-3/2)，对吧
A:
y
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2016.05.30 03:12:09
Q:
老师，有64位的windows版本gaussian09 吗？
A:
无
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2016.05.30 03:15:59
Q:
cub文件格式里面第三行的第一个是总原子数后三个数是什么啊不懂
A:
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125
Q:
我把我用vasp得到的电荷密度稳健改写成cub格式然而并不能正确打开我感觉我格式没写对
文件
这个帖子说的那三个数我没看懂
帖子里说的是；格点数据原点的X/Y/Z坐标
原点难道不是 0 0 0吗
A:
后三个就是盒子的X,Y,Z始端坐标
Q:
始端。。
具体来讲我该怎么写呢我没有这个空间的概念
中心。。
A:
只是为了观看设成0 0 0也行，不影响你最后看等值面图形，只不过影响等值面的绝对坐标而已
Q:
那我的晶胞本来是
10 0 0
0 11 0
0 0 12
如果这样那么原点写几啊
喔那其实设几都无所谓呗
A:
恩
Q:
这三个数
我现在写的是0 0 0 然后用multiwfn打开就出错
好诡异
A:
[图片]
Q:
喔对了我没有ulimit -
大概是内存限制吧所以软件直接退出了
那为什么会无法读取呢
格式问题吗
它能读出来我里面有多少个点什么的
读到100% 然后报错
A:
实在搞不定就把文件压缩后发给我
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2016.05.30 03:25:13
Q:
静电势的图
我看教程是先用multifwn生成个东西然后再导入vmd去做图
A:
看你做哪种图，平面图还是填色等值面图
平面图Multiwfn直接做，填色等值面图用gview最省事，但如果需要获得表面上极值点位置和数值需要Multiwfn+VMD来做
[图片]
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2016.05.30 03:37:36
Q:
sob 老师，如果我自己无法参加量化培训，可否只购买培训讲义呢？
A:
不能
Q:
只要纸质的可以吗/冷汗
只要纸质的可以吗[表情]
A:
参加培训的人也只给纸质讲义
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2016.05.30 04:04:51
Q:
[图片]
[图片]
我确定我基组没定义错，最近老是碰到这样毛病
[图片]
A:
没完整输入文件不好说
Q:
sobereva 帮下吧...有时候程序会从节点上读错误的文件，但是我避免了..我上传一下
sobereva帮看一下
应该上传成功了，QQ版本低
A:
输入文件里S定义了两遍自定义基组
Q:
这错误太低级了..
A:
姑且把诸如(PDBName=CX,ResName=ICS,ResNum=6496_A)全都删了再试试
Q:
定义两遍这个之前都只是用这个。。还能跑..
现在我读取基组,,竟然可以跑
但是有新问题了,,缺MM部分参数，这是大问题啊
A:
可以跑，但会给S加上两倍基函数，可能会出问题
Q:
嗯
A:
当前这个用amber，肯定得从外部读入力场参数，自带参数没法描述中间那一坨
而且用qeq电荷太糙了，还是让gview自动按amber库里的残基的电荷来指认为宜
Q:
高斯公司的人跟我说，中间那一堆没有参数的话也行，只要MM区域与QM区域间隔3个键左右就行.. 但是没实践过
嗯...
A:
这种说法，对于QMMM计算合理，但是对于ONIOM(QM:MM)方式计算，有可能会在计算中途出点问题，毕竟ONIOM还是会用low方法计算整体和中间那坨的。
这个相对次要，可以之后试试再说
Q:
[图片]sobereva 老师 amber里没有也没有相应参数..难道要自己捏合？
其实MM部分所有的都有amber参数了...就中间的没有..
A:
恩，靠第三方程序搞参数，然后读进高斯
Q:
但是还是没跑下去
这个是个坑...目前还搞不定..
主要还忙其他事情，找人合作算了
A:
你可以先这么写
# opt oniom(ubp86/def2svp:amber) geom=connectivity
用def2SVP就省得自己定义赝势和基组了，反正除了镧系锕系都有
这时候你再跑就会发现只会提示你缺参数了，把参数搞出来，电荷弄好就可以算了，不过这还是比较麻烦。
如果你有其它事，这块还是建议找其它人，是个坑无误
Q:
嗯，我读了基组能跑以后，已经提示缺参数了..
目前我肯定搞不定，没时间的...
sobereva有没有推荐的人...找个合适的人合作合作
A:
我也没推荐人选
Q:
这个计算都完成了..就想补个QM:AMBER，
好看点..
没想到卡主了..
卡住
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2016.05.30 04:23:40
Q:
一个细胞里有多少原子？
A:
若没有细胞的其它相关参数，诸如体积、质量，不好估计
先查查我提到的参数，然后姑且当成是水球换算一下原子数
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2016.05.30 05:14:44
Q:
C++ Programming Tutorial in Chemistry
发现一个这个感觉不错
和张鋆那个很类似啊
A:
但是更深入的细节没怎么说，就是说了一下大体框架
不过依然挺有价值
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2016.05.30 07:09:48
Q:
如果分子属于一个点群，一阶偏导也是这个点群的。就是怎么优化都不会走出这个对称性
但是，对于二阶是不是就打破了？水的反对称伸缩振动就是打破d2v对称的，这个是靠二阶HESSIAN对角化得到的
嗯嗯，就是这个问题，加上calcall calcfc会降低
之前群里有个朋友说过加上freq都降低了，我有点纳闷了
A:
Hessian本身是满足体系对称性的，只不过对角化得到的正则坐标不满足点群对称性。calcall导致结构对称性下降和这个不是一码事，那种情况很多都是初始结构对称性过高，但实际极小点没那么高对称性
有对称性的体系振动模式都是点群不可约表示，这点正如分子轨道一样
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2016.05.30 16:28:21
Q:
致歉声明
我于2016年5曰25日在群内发表了诋毁我所在单位的不实言论，造成了不良影响，对此深感内疚与自责，在此诚挚道歉，希望群内各位同仁以我为戒
李志鹏
2016年5月30日
/微笑某些地方真可怕
聊个天也当真
[图片]应该写“我在本群沉默至20XX年X月X日”
沉默一年会不会被踢出去了。
肯定会
Sob又不是AI。。。
我在本群沉默一年撤回了一条消息
非正式声明
我于今时今日起在本群正式沉默一年，直至正式毕业，希望给我一个停薪留职的机会，我会坚持每天签到，保证出勤率
A:
签到无意义。
一直用qq国际版都不知道有签到这个功能，两个月前才发现有这么个无聊功能
Q:
聊个天对自己单位吐个槽还当真/擦汗
学术交流还是支持的
A:
前些天统计了一下有记载的加入群的验证消息，光验证消息里就发现娃娃起码得罪了20人
Q:
百分之一，不多/呲牙
[表情]啊，刚才没反映过来，入群验证消息？难道是娃娃说了之后加入的
A:
不是，是有些人喜欢在验证消息里暴露自己的所在单位
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2016.05.30 17:04:10
Q:
请问AIM方法可用来研究离域的P i键吗？谢谢！
A:
AIM涉及的内容很庞杂，靠离域化指数这个概念可以用来讨论
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2016.05.30 17:26:12
Q:
打扰大家了，请问黄昆因子这个数值有没有范围？我算的有156的，不知道对不对？希望能够得到大家的回答，谢谢了。
A:
先从振动频率和对重组能的贡献上考察有无异常，如果对重组能贡献巨大，再从对位移的贡献和力常数上考察是否正常。总能摸出线索
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2016.05.30 17:30:40
Q:
请问，计算TMS的NMR，H和C的化学位移，都是应该取各自的平均值，是吧？
A:
Td点群对称体系，结果都是对称的，取什么平均
Q:
那显示的数值不一样，老师
A:
先把体系对称化好再算
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2016.05.30 17:32:45
Q:
请问大家使用了BMK/def2-tzvpd∪tzvp基组优化分子之后，用什么方法和基组做单点计算比较好呢？
A:
双杂化/def2TZVPP
再往上QZ或CCSD(T)
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2016.05.30 17:34:00
Q:
最近看到很多文章写溶剂模型PCM的三种变体，LR，CLR,SS，求教LR-PCM命令怎么写
A:
默认LR，SS就externaliteration。cLR高斯不支持
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
这里都提到了
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2016.05.30 17:34:20
Q:
老师，高斯计算结果出来后，怎么判断是否有自旋污染？
A:
看<S**2>偏离理想值的程度
Q:
[图片]，设置的S=2，这样偏离大吗
A:
不大
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2016.05.30 23:33:54
Q:
[图片]
老师让我做第四分子的结构，请问各位老师我该怎么选择基组和关键词呢
A:
说清楚是什么原子
Q:
[图片]
A:
非用高斯就B2PLYP-D3
Q:
老师不懂
A:
B2PLYP双杂化泛函+D3校正
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
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2016.05.31 00:09:38
Q:
“对于上一节讨论的各种情况（除γ的输出外），polar关键词输出的信息都能被Multiwfn所解析。注意route section一定要写上#P，否则输出文件将无法被正确解析。”
SOB老师，这个在最新版本也必须吗？我的计算文件都没有写#P/难过
“对于上一节讨论的各种情况（除γ的输出外），polar关键词输出的信息都能被Multiwfn所解析。注意route section一定要写上#P，否则输出文件将无法被正确解析。”
SOB老师，这个在最新版本也必须吗？我的计算文件都没有写#P[表情]
A:
写
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2016.05.31 00:50:07
Q:
请教Sob老师个问题@Sobereva~我的体系是有一个芳环的有机分子(<20atoms)，价层激发单重态。当前，CIS计算的解析二阶导和TD-DFT的数值频率，在模式描述与指认上有差异。比如，CIS的mode5指OCH3平面内摆动，而TD给出的是该基团O原子面外振动和CH3面内摆动的“混合”模式。这关系到实验光谱的振动峰指认与描述，请问能否从计算原理上说明哪个计算方式更可靠(比如是不是解析二阶导一般比数值的更精确呢)？谢谢~
A:
TDDFT二阶导只是做一阶有限差分，这不至于引入多少误差。结果的不同不在于导数问题，而在于CIS精度不及TDDFT
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2016.05.31 03:44:54
Q:
[图片]用molclus+gaussian 做优化，是不是要很长时间，我用的就是贴子里的例子，还是说这样的提示是错的
已经弄了一晚上，也不清楚到底是哪错了
A:
明显是在算着
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2016.05.31 04:33:59
Q:
好谨记。 Multiwfn现在能处理QE计算出的dat等文件吗？
A:
不能
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2016.05.31 04:35:04
Q:
[图片]想绘制表面静电势，怎么绘制的跟例子不同？
A:
严格按照这个操作
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
你没设按照beta值着色
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2016.05.31 05:25:02
Q:
老师，做溶剂化效应时，计算出错提示： SC-PCM: Now building the cavity and doing the perturbative PCM calculation.
Warning! Inconsistent VMol and RSolv for this solvent, using VMol= 0.00 Ang**3.
IA out of range in NElPar.
Error termination via Lnk1e in /gdata/lun5/xrxu/g09/l124.exe at Mon May 30 22:15:03 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 41.5 seconds.
@Sobereva
A:
传输入文件
Q:
%nprocshared=8
%mem=2GB
%chk=solvent1.chk
# b3lyp/6-31++g(d,p) scrf=(solvent=generic,pcm,externaliteration,dovacuum,read)
Title Card Required
0 1
C -1.87949000 0.79640700 0.38182100
H -1.44162700 1.78704200 0.24286900
H -1.95504400 0.56209900 1.44516800
H -2.87845300 0.78142300 -0.06482000
C 1.87948900 0.79640300 -0.38182400
H 1.44163000 1.78704100 -0.24288200
H 2.87845200 0.78142300 0.06481700
H 1.95504800 0.56209100 -1.44517100
S -0.91475900 -0.49431400 -0.49840300
S 0.91475900 -0.49431000 0.49840500
SolventName=DMF
EpsInf=1.949
Eps=36.71
Rsolv=3.86
cav
dis
rep
A:
此文专门批了乱用外迭代
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
先看此文了解一些溶剂模型的基础
Q:
恩，好的
谢谢老师@Sobereva
A:
字号不要超过12，群规里写了
----------------------------------------------------
2016.05.31 05:31:46
Q:
老师，请问一下高斯自动生成的内坐标里没有我要的角怎么改呢？
A:
@ ★snail★ 为什么非要有你要的角？
Q:
[图片]
我想要4 32 6 的角
做势能面扫描，但不知道怎么改
A:
你用柔性扫描又不需要你输入文件里非得有那个角，扫什么角直接指定就完了
Q:
柔性扫描全都在动，我不要其他的动，我柔性扫描了错误输出，和我想要的图形也不一样@Sobereva
A:
键连着的都会动
Q:
[图片]我想得这样的图应该要刚性扫描，但我又改不来角
A:
用柔性扫描毫无问题
非要刚性大不了自己手动编辑内坐标成为自己想要的
----------------------------------------------------
2016.05.31 05:44:03
Q:
老师，请教您一个问题。比如像在这样的D-A反应中，两个单独反应物的分子轨道图做出来是这样的：[图片][图片]，是正常的，但是在过渡态时，亲双烯体的轨道就变了，[图片]这个现象应该如何解释？跟书上的轨道示意图不符，怎么解释？[图片]谢谢！
A:
单独算每个体系的时候其所有轨道相位同时反转不影响结果。所以你要单独给出片段的MO图，应该把相位改成和TS时候一致的
----------------------------------------------------
2016.05.31 05:44:27
Q:
老师，跑IRC用both direction 和分别用forward和reverse，是同样的效果，是吧？
A:
对
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2016.05.31 05:44:54
Q:
我想问问Multiwfn能处理vasp的波函数得到Raman光谱么？
A:
不能
----------------------------------------------------
2016.05.31 05:45:40
Q:
老师，您好。通过M062X/6-31G* 加SCRF=SMD计算出氢离子的溶解自由能为何和-1105kJ/mol差的那么多
A:
不能拿隐式溶剂模型直接算H+的溶剂自由能，看此文做法Computational and Theoretical Chemistry 1077 (2016) 11–17
Q:
谢谢老师。那我在算含有氢离子的半反应的还原势的时候，是不是就直接用-1105kJ/mol的溶解自由能呢？
A:
是
Q:
那么减去的标准氢电极绝对电势就是4.28v？而不是老师课上讲的4.44v了？
A:
[图片]
Q:
那氢离子的自由能是不是就是它的溶解自由能呢？
A:
否，气相下质子也有自己的自由能，看此文
[图片]
Q:
那算溶剂中的质子的自由能得这个值加上-1105kJ/mol？
A:
y
Q:
用gaussian应该无法处理单个质子
我就用的1105kJ/mol的值
是不是说当半反应中含有质子时，这个半反应的还原势就没法算了？
A:
氢的溶解自由能一般用实验测的
但实验得到的氢的溶解自由能只有很少几种溶剂，其它溶剂省事的方法就是按我前面列的CTC文章那样估算，但会有不小误差，但比起直接拿H+结合隐式溶剂模型来算强得多得多
Q:
质子是外推出来的，从来不是计算出来的，现在要解决的是谁的外推方法更合理
A:
能算啊！
[图片]
[图片]
算出来的
[图片]
Q:
这就是外推法，并不是直接计算得到的
原则上带电荷的物种都不能直接用隐式溶剂模型计算
让后以质子外推得到的溶剂化自由能做其它单个离子溶剂化自由能的参考
A:
不算外推，只不过设计热力学循环，使得能够用现有的模型来算
Q:
带电荷的都不能用隐势模型来算？
A:
精确的质子溶剂化能计算看此文的做法J. Phys. Chem. B 2006, 110, 16066-16081
能用
只不过误差比中性大几倍而已
Q:
那么带电荷的该如何计算呢
A:
而至于H+这么电荷/体积比非常大的，误差会更大
就直接用隐式溶剂模型啊，没特殊的
Q:
觉得自己上课没认真听...
A:
讲义里介绍了怎么用隐式溶剂模型算半反应电极电势，里面就有算离子的例子
----------------------------------------------------
2016.05.31 05:50:35
Q:
谢谢老师，也就是说通常情况下，更值得参考的应该是TD-DFT(b3lyp, pbe0)的结果吧？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.05.31 05:52:22
Q:
SOB老师，AICD计算环状分子的芳香性，需要修改GAUSSIAN原代码吗？
A:
不用
Q:
那我现在有环的结构，用AICD这个程序就可以实现吗？
A:
y
使用AICD 2.0绘制磁感应电流图
http://sobereva.com/294
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2016.05.31 05:57:21
Q:
老师B2P是基组吗？
A:
泛函啊
Q:
sob老师，我的一个有机分子做TD（垂直激发），cam-B3LYP/6-31+g(d,p)下报错
[图片]
去掉弥散函数可以正常结束，但是吸收光谱与实验值有30~40nm的偏差
我想问，如果我想在前面带弥散基组情况下完成，有什么办法吗？
或者，除此之外，还有什么办法？
A:
换成6-311G**
Q:
好的，我试试看，本来cam-B3LYP/6-31g(d,p)基组下，基函数已经1200+了
可是我在算苯醌变氢醌的半反应时，如果只考虑氢离子的溶解自由能，算出的值与实验值很符合
A:
想省点钱去掉氢的极化
Q:
这叫 right answer from wrong reason
A:
加个zeta比加一层散耗时低得多
不是里德堡激发就别考虑弥散，有闲钱远不如加zeta
----------------------------------------------------
2016.05.31 06:05:47
Q:
[图片]Sob老师，这是生成wfn文件失败的错误提示，请老师提示一下，应该怎么改正呢？
A:
明显是末尾没写wfn输出路径
----------------------------------------------------
2016.05.31 06:07:44
Q:
我理解是激发态。但是激发态应该是同态势能面的交点吧
A:
不是交叉点，是个交叉缝，其中最低的点叫MECP，看此文
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
----------------------------------------------------
2016.05.31 08:28:29
Q:
我总是不明白高斯计算激发态的解释，有没有好心人发个简单的例子？特别是荧光发射光谱的计算，求助好心人能帮忙，先谢谢高人了
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
这个我早看过了
我很笨，还是不懂
A:
写得还不够清楚！！！？？？
网上绝对找不到更好的文章
Q:
特别是跃迁分析
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
还不懂就是理论基础太差
起码得搞懂CIS是怎么算的
Q:
[表情]不想看sob老师的文章，你还可以去练高斯自带的例子，就是荧光发射的，
A:
别看那个，尤其是高斯手册里面那个什么7步，坑死所有初学者
Q:
sob老师开培训班的时候，这部分会讲吧？
A:
当然会详细讲
Q:
sob老师，暑期班定了吗？
A:
预计在7月中旬
Q:
暑期班是什么主题？
A:
和5月份一样
主要面向5月份没报上名的，以及5月份有事没能参加的
----------------------------------------------------
2016.05.31 09:28:35
Q:
[图片]老师有个基础问题没有搞明白，向您请教一下，这个命令行是指我们要从SF6_neutral_freq.chk这个文件读取信息吗？那我们新生成文件的chk名字是不是也是SF6_neutral_freq.chk那这样岂不就覆盖了我们以前计算的结果了
还是最终节点文件保存为SF6_anion_freq.chk
A:
结构从neutral里读，新的信息也保存在neutral里，但做FC计算时另一个状态的正则模式从anion里读
Q:
neutral是不是应该对应基态，anion是不是该对应激发态的信息
A:
anion是阴离子状态
Q:
[图片]谢谢老师，我平时都用fcclasses计算振动，因帮别人测试个结果，想看看gaussian和fcclasses的结果是不是有不同之处，所以第一次尝试gaussian计算
老师，这个文件的FC输入计算，是不是我分别优化基态和激发态的结果，分别从这两个chk文件结点读取信息就可以
就是可以用这个输入命令行就可以计算吸收对吗
老师不好意思，我又自己看了一下，我是需要分别计算基态和激发态的振动频率，完事，我才可以用上述文件进行FC或FCHT的计算是吗？
A:
就按这个做就完了
振动分辨的电子光谱的计算
http://sobereva.com/223
anisole_S1是S1下做opt freq得到的
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2016.05.31 12:00:32
Q:
Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.000058 0.000450 YES
RMS Force 0.000020 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.055774 0.001800 NO
RMS Displacement 0.013681 0.001200 NO
Predicted change in Energy=-1.336007D-06
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
请问我几何优化，前两个判据以及满足并且很小了，但后俩判据却很大，该如何处理呢？@Sobereva
A:
尝试gdiis
Q:
先kill job，然后opt=gdiis，geom=allcheck，guess=read，除了分子几何坐标不写，别的不变？
A:
y
Q:
好的，谢谢老师
[图片]
我这样写1301报错呀
A:
那就gv保存新的输入文件甭allcheck
Q:
下边基组缺个0
A:
不写0没关系
Q:
不用allcheck，就直接opt=gdiis，guess=read？
6个f单电子
那样还是不行呀
A:
gv打开输出文件，保存成带有坐标的新的输入文件
Q:
这样的话，guess=check还能读取上一步算的轨道初猜吗？
A:
just try
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2016.05.31 13:33:50
Q:
暑期不是Gromacs培训班么
A:
推迟了
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2016.05.31 16:39:17
Q:
在gaussian优化过程中，加什么关键字可以保持对称性不变
A:
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
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2016.05.31 16:56:53
Q:
请问有人知道gauss模拟H键应该怎么建模吗？
请问有人知道gauss模拟H键应该怎么建模吗？
A:
该什么样就摆成什么样，凭化学直觉
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2016.05.31 17:08:01
Q:
请教一个混合基组的问题：
写法1：
C 0
6-31+G(d)
****
H 0
6-31G(p)
****
写法2：
C 0
6-31+G(d)
****
H 0
6-31G(d,p)
****
写法1，高斯计算报错，说识别不了6-31G(p)。d的意思是给重原子加一层d轨道，p是给H加一层p轨道。混合基组中H的基组定义时为什么要加上d？
谢谢！
A:
因为6-31G看着太丑陋，所以写个(d)，但实际上和没写(d)一样，因为这不是给氢的
----------------------------------------------------
2016.05.31 17:20:32
Q:
请问各位大神，有用gromacs的吗？
我在模拟[图片]
[图片]
他显示说这个工具在gromacs5.0中不存在是什么意思
A:
你看的那个是gmx 5以前的命令
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2016.05.31 17:26:47
Q:
sob老师，再请教一个linux的问题，我用您写的批量执行脚本，执行时ssh远程操控，如果我这边ssh断了，是不是计算也就停了？脚本如下：
#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do
echo Running ${inf} ...
time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
echo ${inf} is finished
echo
done
A:
是
用nohup即可
Q:
您的意思是执行命令写，nohup sh xx.sh &,对么？
A:
nohup ./xx.sh &
断开时用exit
Q:
[表情] sh 和 ./ 不是都行么。
A:
优雅至上
有#!/bin/bash了还sh就不优雅
Q:
啊呀。。我一般都是 bash XXX.sh
[表情]
A:
这和我容不得垃圾关键词是一个源头
----------------------------------------------------
2016.05.31 17:48:04
Q:
请教一下，算单点的时候出现[图片]怎么办呢
A:
甭用qc
Q:
sob老师，如果加了xqc还是508，改如何处理？谢谢
A:
用别的方式解决不收敛
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
靠qc是下策
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2016.05.31 18:37:39
Q:
有没有针对体相的，类似于QM/MM的计算软件？
谁有推荐的ONIOM的入门教程吗？高斯自带的不算。
A:
http://bbs.keinsci.com/thread-942-1-1.html
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2016.05.31 18:40:43
Q:
请教一个基组选择问题，如果我的计算里，涉及C H O和Na K等碱金属，
1.用b3lyp/6-31G*优化和进行频率计算，用m062x/def2-TZVP计算单点，是否合适？
2.体系是否需要加弥散函数？
3.如果有阳离子是否要加弥散？（老师说过有阴离子必须加）
谢谢
A:
即便是弱相互作用，用弥散前也得先加到3-zeta
Q:
体系中可能会有氢键，但是不是我的研究对象，所以不用加弥散对么？
A:
优化氢键体系，3-zeta不加弥散足够了
Q:
谢谢老师，我用的是2-zeta基组优化，3-zeta基组计算单点可以么？
A:
亦可
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2016.05.31 18:42:50
Q:
大家好，求文献Improving the performance of doped pi-conjugated polymers for use inorganic light-emitting diodes[表情]
A:
求sci-hub.cc能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
Q:
[图片] 【传说】我在本群沉默一年分享文件 10:44:47
"gross2000.pdf" 下载
已求到，谢谢
A:
以后加一条，上传、私传别人求助的能用sci-hub下载的文献者扣3分
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2016.05.31 18:45:03
Q:
老师，能量分解对基组有什么要求吗？
关于弥散和 3-zeta 之类的是否有必须？
A:
看具体什么能量分解方法。诸如LMOEDA本身会给出考虑BSSE的结果，2-zeta不加弥散也能定性正确，3-zeta更好。而SAPT的话，还是应当带有弥散
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2016.05.31 18:49:00
Q:
请问，化学反应速率常数如何计算呢？
[图片]这是我的反应
只能从文献里查吗？
A:
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
----------------------------------------------------
2016.05.31 18:55:43
Q:
老师，我想请问一下为什么计算HOMO/LUMO gap用B3PW91泛函要相对其他泛函来说更好一些？
是的，谢谢冰老师，我是在一篇博文中看到：[图片]
A:
凑巧罢了
本身B3LYP、B3PW91这个20% HF杂化成份也差不多正适合算gap
Q:
噢，sob老师，那请问解释泛函选择的时候怎样说呢：就说该泛函的杂化成分比较适合这个体系么
A:
你就说根据goddard的测试B3PW91表现最好
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3000
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2016.05.31 19:02:00
Q:
老师，我算（opt+freq）激发态构型，发现CASSCF和TDDFT（b3lyp等）的构型出现矛盾，有机芳环小分子激发态，CAS给的是平面的，而TD是非平面构型（平面有虚频）。casscf考虑静态相关，而动态相关考虑很少。请问一般芳香体系价层激发态也适合用casscf这种多参考计算吗？
A:
只要活性空间取得合理，我还是信CASSCF的
----------------------------------------------------
2016.05.31 20:59:04
Q:
请问，gaussian 里能计算refractive index吗
A:
不能
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2016.05.31 23:17:15
Q:
[图片]请问各位老师~用STO,TZP.DZP这些基组需要引用吗。。怎么都找不到引用的文献，是因为太老了吗。。。
我看大家都不太引用
A:
你就引ADF主页上基组的页面就行
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2016.06.01 01:51:56
Q:
请问pop=npa与弥散基组可以同时用吗？
A:
可
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2016.06.01 03:36:16
Q:
[图片]离子液体氢键等弱相互作用应该较为突出，这个计算方法和级别是不是不太合适？
A:
单点时候用那个太烂了，虽然足够给出定性正确的结果
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2016.06.01 03:54:54
Q:
我有点好奇~高斯里的DFT-D3，和VASP里的DFT-D说的是一回事吗
都是色散校正？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.06.01 05:20:20
Q:
[图片] 老师，这里的TST和VTST以及TST-W,VTST-W都是具体表示什么？不是很清楚。
A:
VTST=变分TST
W考虑wigner隧道效应校正
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2016.06.01 05:27:09
Q:
老师，作出的ICSS图，如果没有明显的去屏蔽区域，是不是就代表没有芳香性呢？
A:
芳香性是有方向性的，各个方向的ICSS都看看，如果都没什么屏蔽区域，大抵也没什么芳香性。当然也可以结合其它指标考察
----------------------------------------------------
2016.06.01 05:40:16
Q:
高斯09取笑了对于COSMO的计算么？我看手册怎么没有写了
scrf=COSMORS
之前说的，他们实验室要买cosmotherm
A:
scrf=cosmo。但手册里没写。明明SMD比COSMO好，根本没必要考虑COSMO，也就是耗时低一点点
COSMO和COSMORS完全是两码事
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2016.06.01 06:14:54
Q:
试了下int=dkh2, 出现个错误
[图片]
[图片]
这是怎么回事儿？
还需要别的关键词
A:
是
Q:
用 [GHF int=DKHSO] 和 [HF int=DKHSO] 求差值获得旋轨耦合贡献时，对基组有什么特殊要求吗？
A:
cc-pVDZ-DK就可以
Q:
即和DKH2的基组选择差不多？
A:
恩
Q:
原来以为 int=dkh2 对相对论效应有用
[图片]
直接用 b3lyp/sdd 优化，cu-cu 键长 2.25
[图片]
使用int=dkh2 cu-cu键成了2.34了
这是什么鬼？
用b3lyp/sdd int=dkh2 算的
A:
用了相对论赝势还用DKH2！？
DKH2给全电子基组用的
Q:
不会更精确吗？
A:
哪会更准，明显double-counting了
----------------------------------------------------
2016.06.01 06:32:19
Q:
弱弱地问一下， int=ultrafine 是不是只针对 DFT？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.06.01 06:49:47
Q:
sob老师，我想问一下，用chimera将带水盒子和抗衡离子的pdb文件转换成prmtop格式，一直提示加入的离子没有得到GAFF分配的原子类型，所以转换失败！具体是什么原因呢！怎么解决呢？@Sobereva
A:
chimera那个功能我不怎么用不清楚
Q:
那老师您知道还有什么方法可以将pdb或者top格式转换成prmtop格式的吗？
A:
leap
Q:
请教一个opt不收敛的问题，如图，用了calcall，也用了maxstep=3,notrust，都没能收敛，还能尝试什么方法？谢谢，
[图片]
opt=qc?
A:
不一码事
Q:
leap? 老师您说的是amber里面的那个leap工具吗？那个直接载入带水盒子的pdb文件，总是识别不了水分子[表情]因为我的pdb文件是用gromacs加的spc类型的水！amber识别不了
A:
无非就是原子名残基名的事，直接识别不了一动脑就解决了
----------------------------------------------------
2016.06.01 07:20:15
Q:
老师，等值线图可以导出数据用sigmaplot来画吧
A:
y
Q:
[表情]好极了，之前用Multiwfn画出来的分辨率不够，得重画
A:
settings.ini里把像素设大不就完了
我特别不喜欢别人提到作图问题时经常用“分辨率”这个词，很多人用这个词的时候都不知道这个词到底是什么含义
Q:
[表情]坐标轴和坐标的文字颜色太浅了
老板这么说的，我也觉得意义不明
整体颜色可以随着像素增大而有所加深吗
A:
不能
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2016.06.01 10:26:07
Q:
各位神仙大牛：我算了这种物质，[图片]的芳香性，按照我们实验结果，这种物质的芳香性应该非常弱。而且，环上有三个起到拉电子作用的羟基，C和氮原子的电负性也不一样，也能说明形成共轭大Pi键的可能性不大。但是我用了 B3LYP/6-311G*优化后，在用Multiwfn算它的芳香性，
[图片]，[图片]，得到的ELF-pi的等值面图，发现它的芳香性很大，和解？是我的算法和基组选错了？跪求大神们解答，，（P.S.问题幼稚，求重拍）
A:
计算级别没问题。你算算多中心键级和苯比比看
----------------------------------------------------
2016.06.01 12:02:39
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
刚刚归纳出一个好物
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.01 13:53:51
Q:
老师，我去掉readFC,提示我有两个虚频，我查了我计算的基态频率不存在虚频，我继续去掉readFCHT[图片]将readFC,readFCHT都去掉或者去掉PRTMAT，结果这样[图片]，而这个坐标和我计算的激发态的坐标完全不一样
将所有的都去掉[图片]的输入，和输出为;[图片]
A:
你先确保用你当前输入文件里的结构做振动分析得到的结果没虚频
Q:
这是我计算第一激发态的输入[图片]我觉得应该没有问题呀，实在劳烦您了老师
是没有
没有虚频
A:
[图片]
你这根本没写计算级别，势能面都不一样
----------------------------------------------------
2016.06.01 14:16:03
Q:
科音社区总是提示我密码不对，申请重置再次登录还是不对，怎么解决呢？谢谢~~
A:
私窗发给我用户名和其它注册时相关的信息，我给你重置
----------------------------------------------------
2016.06.01 15:34:31
Q:
咨询一下，如果用ONIOM模型处理多个分子，来考虑分子间相互作用的时候，考了静电作用和pai-pai堆积效应了吗？谢谢指点。
A:
考虑了
以何等精度考虑，要看计算细节
如果诸如乱搞，比如low级别用力场，又不指定原子电荷，则low层原子间以及high-low层之间静电相互作用就等于没考虑
Q:
偶，谢谢sob老师，也就是两种作用都考虑了，然后根据计算精度，有差别。
那背景电荷的方式是不是没有考虑pai-pai作用？
A:
背景电荷描述的分子肯定没法和QM分子之间有范德华作用，也相应地没有pi-pi
----------------------------------------------------
2016.06.01 17:07:55
Q:
咨询一个问题，我用背景电荷来计算：输入文件为：[图片]
输出怎么老是提示这个错误：[图片]
我把这个电荷数值是0.5，写成0.50000000都还不行？怎么解决？谢谢
A:
背景电荷你别写元素啊
坐标电荷
就完了
----------------------------------------------------
2016.06.01 18:08:27
Q:
请教一下各位，有groamcs的nve系综下作模拟，怎么设置参数呢？我看说是要先验证能量守恒，但是不知道具体怎么做
A:
不设热浴压浴就是NVE
但一般没必要跑这个
Q:
我是看的文献里，想参考一下他的做法
[图片]这只能在nve里能得到这种结果吧
[图片]在文中他也确实没有压力和温度耦合，可是我做出来，温度曲线是一支下降的
A:
外场也这么设的？
Q:
频率没这么高，2.5Ghz,强度差不多
[图片]而且我把外场撤了，结果也没啥变化
我这个是设置有问题吗？老师求教一下[表情]
A:
把外场设成一样再试，或者先不设外场看看怎么变化
有些其它参数，诸如非键作用计算的精度、积分步长等等也会影响能量保守性
----------------------------------------------------
2016.06.01 19:04:06
Q:
我有一个问题想请教大家，不知道谁有AIM键临界点拓扑分析的文章或文件之类的，可以告我一下么，谢谢[表情]
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
----------------------------------------------------
2016.06.01 19:14:22
Q:
老师，用Gaussian09的PCM模型计算非极性部分，这样输入的：
# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(pcm,read,solvent=water)
0 1
C -0.52889500 0.00000000 0.00001500
O 0.67755600 0.00000100 -0.00001600
H -1.12354600 0.93779500 -0.00000400
H -1.12353000 -0.93780500 0.00003500
Dis
Rep
Cav
但是出错了：End of line while reading PCM input.Error termination via Lnk1e in g09/l301.exe，难道是PCM模型就不考虑非极性部分吗？
A:
Dis前头空行
scf=tight多余
pcm没必要写
solvent=water多余
Q:
难道water是默认的嘛？
A:
显然
Q:
End of line while reading PCM input.
Error termination via Lnk1e in /home/yangys/g09/l301.exe
A:
末尾加空行
还出错就上传输入文件
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2016.06.01 22:34:51
Q:
请问各位老师：
在计算结果中得到S1态是从homo-1到lumo的跃迁且振子强度为0，而S2态则是从homo到lumo的跃迁，振子强度为0.68，实验中stocks位移并不大，我可以认为计算中的S1态是不存在的吗？以下是计算的截图
[图片]
实验上最大吸收峰在500nm 处而荧光在530nm处
A:
S1不是不存在，而只是理论上的S1在实验上观测不到而已，很可能是暗态
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2016.06.01 23:10:32
Q:
各位大神我现在使用MS-Tor软件将分子内部绕C-C键转动一定角度得到的分子再次优化后，有的转散掉了请问是不是opt有什么关键词可以保持connectivity 或有其他什么好的方法？坐标为笛卡尔坐标
是的要四个yes
A:
散掉什么意思？跑到别的极小点去了？这种情况减小步长上限，要么就是初始结构本身就不合理
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2016.06.01 23:40:45
Q:
大家好，我現在算HFeO-东西，CASSCF收敛后活性空间里没有O的2s成分很大的轨道，它里面有个双占的Fe的3pz成分很大的轨道。我交换这两个轨道，依然O的2s成分很大的在外面（双占）。我尝试把Fe的4dz2成分很大的轨道移到活性空间里面，然后交换空间内外的Fe的3pz和O的2s轨道，结果是4dz2空轨道进来，但是空间里还是Fe的3pz轨道。我是想得到这个物质的价层轨道在活性空间里。
怎么办呢
A:
活性空间搞大点，价层轨道都弄进去
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2016.06.01 23:46:43
Q:
[图片]
GPU上贴的这个板子叫什么啊
A:
要么是构建风道的，要么是导热石墨
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2016.06.02 00:24:25
Q:
请问一下multiwfn中输出的energy density 的单位是a.u.吗
A:
是
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2016.06.02 01:02:23
Q:
请问算HOMO LUMO值是怎么算[表情]
那HOMO-1的值怎么看
乘以 27.2107
那我怎么用 Multiwfn 得到的值
那 HOMO-1怎么看
这些数值
噢那这里还是没有HOMO-1的值呀
再请教一个问题 rb3lyp 和 b3lyp
有啥区别吗
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
帖子里说了，命令行窗口直接就显示HOMO、LUMO和gap了
输出文件里也能直接看到
博文里也说了，可以直接显示所有轨道的能级值，一看就知道哪个是HOMO-1
这些基础也不了解，还是参加科音的量化培训班为宜，一次性学明白
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2016.06.02 05:28:14
Q:
那我不管开还是闭壳层都不加R或U的话，比如b3lyp，这种影响大不大@娃娃-首席卖萌官
高斯根据自旋多重度的设定，自动判断，当然遇到一些特殊情况，需要另外考虑
你说的特殊情况是不是比如有自旋极化的情况下，虽然没有成单电子，但自己若设成非限制性其实更有利于该体系收敛，尽管高斯会自己判断为限制闭壳层。@娃娃-首席卖萌官
A:
有自旋极化当然有单电子，看此文
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
自旋极化单重态你不写u就默认当r算，结果错误
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2016.06.02 09:21:57
Q:
def2tzvp算个单点，怎么都这么耗时
A:
本来就算挺大的基组
Q:
[表情]明白了，谢谢，看不少work，体系不小，都用def2tzvp算的，这些人的计算平台都很给力啊。
A:
如果是DFT，用ORCA开密度拟合算def2TZVP速度甩高斯几条街
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2016.06.02 16:21:35
Q:
咨询一下，gromacs中grompp的时候出现这样的错误：
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: topio.c, line: 656
之前我看有人咨询：http://wenda.satipm.com/?q-307519/1.html
是什么原因？谢谢
咨询一下，gromacs中grompp的时候出现这样的错误：
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: topio.c, line: 656
之前我看有人咨询：http://wenda.satipm.com/?q-307519/1.html
是什么原因？谢谢
偶，谢谢你，但是我的输入文件没有这个文件：topio.c，
A:
那是源代码文件，甭管那个
看具体报错提示
Q:
这是我g_h.top文件，我是用的之前师姐的。他说这个地方不改的，[图片]
A:
top格式不对
Q:
top格式不对？之前师姐好像是就用这个地方不改，[图片]然后替换g_h.top后面的[图片]这些。具体的我也不懂哈，谢谢老师。
A:
直接把所有涉及的文件打包上传
Q:
谢谢sob老师。我是把g_top和h_top合并，手动改成g_h.top文件，谢谢老师。
A:
[ defaults ]要写[ atomtypes ]前面
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2016.06.02 16:25:38
Q:
谢谢两位老师。这是那个提示：[图片]
顺带问一下sob老师，gromacs培训班大约啥时候？谢谢
A:
下半年，具体没定
Q:
偶，应该还是在安贞那里吧
A:
y
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2016.06.02 16:36:34
Q:
[图片]
发现一本好书
这本书国内教化学类fortran编程的
A:
不过内容主要还是计算机化学而不是计算化学
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2016.06.02 16:37:46
Q:
国内比较好的计算化学教材是不是还没出生？
A:
y
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2016.06.02 17:24:25
Q:
[图片]这个轨道我看输出文件里的基组组成铁的成分很大
[图片]1号是铁，2号是氢，3是氧
[图片][图片]但为何看起来是电子云都集中在O这端，而不是铁上
这是一个虚轨道
A:
用Multiwfn做轨道成分分析看贡献
Q:
[图片]用SCPA分析方法结果铁上占了97%
A:
确认轨道编号没选错？
Hirshfeld方法也分析看看
Q:
应该没错，25号轨道的能量是0.2995.out文件里找到该轨道[图片]我搜了一下轨道能量前三位是0.299的只有这么一个
A:
编号是Multiwfn里的
相同编号，Multiwfn看的轨道图形一定和Hirshfeld算的轨道成份对应
Q:
[图片]我输入25号后给出的Hirshfeld的结果
A:
.molden文件给我看看
看的几号轨道？
Q:
25号。用multiwfn看。Molden里显示的就是25
[图片]out文件里找到能量是这个能量的是14.1
PSEUDO CANONICAL ORBITALS FOR STATE 1.4 (ms2=4)部分
[图片]Molden显示的也是这样
A:
用的什么基组？
[图片]
根据SCPA分析，几乎都是Fe的Z贡献的，严重怀疑对Fe用了弥散函数，导致伸展到旁边两个原子上了
正好上下相位相反，有Z基函数的特征
Q:
用的是cc-pvdz基组
A:
HF轨道算出来什么样？
Q:
好的，我去看看HF轨道
HF轨道里fe的pz成分很大的轨道有[图片][图片][图片][图片]都能明显看出来铁上有明显分布
HF轨道里fe的pz成分很大的轨道有[图片][图片][图片]
[图片]都能明显看出来铁上有明显分布
老师:您好！请问您的这个图是用什么软件做的呢？
A:
这图都看晕了
Q:
就是HF轨道里没有请教您的那条轨道那样Fe上那么弥散的
A:
原因不明
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2016.06.02 17:24:25
Q:
想算一个具有荧光的晶体，可以通过castep计算荧光是由哪些轨道电子跃迁产生的吗？@Sobereva
A:
不清楚@晶体材料计算～
晶体的电子激发我不怎么研究
据说MS2016在这方面加强了很多。你可以在计算化学公社第一性原理版发帖，版主jiewei对这个应该很清楚。
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2016.06.02 18:01:08
Q:
[图片]请问老师，限制性优化时出现这样的错误如何解决@Sobereva
A:
用cartesian
Q:
modredundant和cartesian不能同时用
A:
用其它方式约束
乱约束就是这个后果
Q:
那应该是用什么约束方式呢
A:
尝试其它冻结设定
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2016.06.02 18:04:52
Q:
在MS的castep模块教程中，有这样一段话：Convergence testing is always required to establish that the settings are sufficiently accurate. In this case you can repeat the calculations with a higher energy cutoff and with more accurate k-point sampling.后面提到的增加energy cutoff 和k-point.现在我不明白的是增加这两个参数计算结果怎么分析？老师
A:
逐渐增加这两个项，看什么时候结果基本收敛了就用什么时候的设定
截断能越大、k点越多结果越准
Q:
结果基本收敛是指的哪个收敛？
A:
研究什么就是指什么
Q:
[图片]
是看这个图吗？
那老师我是否可以这样理解：我现在想看晶胞参数的变化，那是否是增加这两个数值，晶胞参数基本不变化就为收敛？
A:
否
逐渐增加截断能/k点，每个设定下都做一次优化，看看增大到什么时候，继续增大这两个参数也不会使优化出来的晶胞参数有显著变化。此时就说明当前设定合适了
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2016.06.02 18:13:42
Q:
SOB老师，您是不是有个帖子写通过过渡态能垒计算反应速率的？
A:
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
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2016.06.02 18:14:31
Q:
老师，那优化时我是在上一次的基础上接着优化？还是从开始优化？
A:
接着上一次就行
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2016.06.02 18:15:30
Q:
想把您的帖子都保存起来，不是以网页形式，是想保存到本地，只能一个个下载或拷贝吗？
A:
sure
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2016.06.02 18:15:30
Q:
还有个问题，这个表格计算数率常数，只跟反应活化自由能一个量有关吗？
A:
y
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2016.06.02 18:17:16
Q:
老师，结构优化后的3D结构的参数，通过右击看的晶格参数是不变的，优化后键长键角的改变是自己测量吗？刚学Ms，还不大懂，谢谢老师
A:
你选上优化晶胞的话晶格参数肯定会变
键角什么的可以自己量
Q:
在优化后3D模型上右击看那个参数不对吗？还需要怎么选哇老师
还有一个问题，还能够在优化不收敛的3D模型上继续优化吗？我尝试了一下，如果继续优化的话，会收敛成功
A:
你先把自带的tutorial都从头到尾学习一遍就全会了
Q:
能垒越低，数率常数越大，反应物寿命越短，可以这样说吧？
A:
对
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2016.06.02 18:17:40
Q:
用castep模块可以处理有氢键存在的晶体吗？老师
A:
可以
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2016.06.02 18:27:57
Q:
[图片]振动分辨的电子光谱的计算时，一直不输出 Generation of the Franck-Condon spectrum，想请教下，如何能解决，谢谢~
A:
提示很明显，要读取文件路径的时候，发现你什么也没写
格式错误
Q:
稍等
[图片]
您能帮我看看嘛我尝试了很多办法没解决
A:
空那么多行哪行
高斯对空行数目是很敏感的，多空少空一行都完蛋
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