计算化学公社

标题: 能否引入鬼原子方便用后处理软件 [打印本页]

作者
Author: Yaohui 时间: 2023-2-9 10:45
标题: 能否引入鬼原子方便用后处理软件
各位想请教一下，GMX在计算的时候能否在分子的某个位置，引入类似高斯中鬼原子的做法，这样是为了方便用后处理软件，数据处理的时候选中这个位置的原子。

作者
Author: Jotaro 时间: 2023-2-9 19:31
可以，处理方法参考4点水模型，但是要注意位置和电荷

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 04:28
在GROMACS里可以用虚拟点，有不同规则定义其相对于参考原子的位置，具体看手册。

作者
Author: Yaohui 时间: 2023-2-10 08:38

sobereva 发表于 2023-2-10 04:28
在GROMACS里可以用虚拟点，有不同规则定义其相对于参考原子的位置，具体看手册。

感谢卢老师

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