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标题: 求助：gmx如何说明分子靠近有序-无序转变温度 [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2023-2-9 15:03
标题: 求助：gmx如何说明分子靠近有序-无序转变温度
各位老师好，我在gmx跑几种大小不同但结构类似的分子，它们根据实验在一定温度范围是具有相同的液晶排列的，但是我发现在同一温度下跑模拟，分子质量小的分子形成的液晶排列的缺陷比较多，而分子质量大的跑出来就很完美，我觉得这是因为分子质量小所以熔沸点低，同样的温度下可能对小一些的分子就有点高了，导致其更接近有序-无序转变温度，所以缺陷多，但是不知道该怎么用gmx验证这个猜想，初步是想算msd，如果小分子msd升高地快就能证明模拟温度更接近熔沸点或者有序-无序转变温度，请问各位老师怎么看，有什么更直接的办法吗？感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 04:39
算MSD没问题，已经很直接了

作者
Author: FrancisLi 时间: 2023-2-10 13:13

sobereva 发表于 2023-2-10 04:39
算MSD没问题，已经很直接了

好的！感谢sob老师！

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