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标题: 纯蛋白370k下动力学模拟崩溃求助 [打印本页]

作者
Author: 2535882172 时间: 2023-2-9 15:15
标题: 纯蛋白370k下动力学模拟崩溃求助
这是我的pr.mdp文件，做的是纯蛋白模拟
define = -DPOSRES
integrator = md
dt       = 0.002  ; ps
nsteps    = 50000 ; 100ps
comm-grps  = system
refcoord-scaling = com
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 370
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

最后报错，说是崩溃了，请问该怎么处理

作者
Author: Jotaro 时间: 2023-2-9 19:22
如果能量最小化收敛了且这是能量最小化之后的那一步建议使用退火逐步升温，防止体系温度变化过快导致崩溃，具体可以看手册annealing部分

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-9 19:55
不要自己在标题里手动写【gromacs】标签，选GROMACS分类就完了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-9 19:56
按2L说的如果还不行，把dt改小再试

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