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标题: 有没有更好的方法去更换vmd转化后data文件的原子、键、二面角类型？ [打印本页]

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Author: wjwh 时间: 2023-2-9 17:12
标题: 有没有更好的方法去更换vmd转化后data文件的原子、键、二面角类型？
各位老师好。我通过packmol构建了含有30个碳酸丙烯酯分子（结构式如图）的box，经过vmd把得到的pdb文件转化为data文件（要在lammps运行）。但是经过vmd的topo转化后的data文件有一个很大的问题就是，其定义的原子类型，准确说的不是原子类型，而是元素类型，自然的，data文件内的键类型和二面角类型也是依靠元素类型去定义的。然而在oplsaa力场下，碳酸丙烯酯分子上属于同元素但不同位置的原子是需要定义不同的原子类型的，因为涉及到bond_coeff 以及 angle_coeff命令下力场参数的不同。如果要去一一修改data文件是非常繁杂的，一方面分子个数较多；另一方面键、角、二面角都是通过元素定义的，需要一个一个甄别并修改。所以，我想请教各位如下：1.通过packmol建模后经vmd转化获取data文件的方法能否实现快速地对同元素但是不同位置原子类型的自定义呢？ 2.如果这种方法行不通，那么我应该采取哪种建模方法能够得到data文件呢？（LiaParGen只能导出一个分子的data格式，ATB数据库又不太支持导出lammps的全原子力场下的data文件）
谢谢大家！这个建模问题真的困扰很久了

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