计算化学公社

标题: 量化计算及分子动力学方法得到的振动谱准确性 [打印本页]

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uenh1998    时间: 2023-2-9 19:10
标题: 量化计算及分子动力学方法得到的振动谱准确性
本帖最后由 uenh1998 于 2023-2-10 09:32 编辑

       老师们好,这几天阅读了一些利用分子动力学模拟方法研究 某些频率电磁波对DNA影响。有些问题想问下社长。

       我看主流方式是由密度泛函方法找到 成键分子符合预期振动模式的频率,然后加到整个DNA中通过MD模拟研究。   请问量化计算找到的这个频率能否直接放到分子动力学模拟中呢。我也做过类似的工作,发现量化计算得到的振动谱分子动力学模拟选择相同片段的分子计算的振动谱还是有不小的差异的,所以不知道以哪个为准。
      感谢老师们!

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sobereva    时间: 2023-2-10 04:07
标题里别用拼音,修改标题

问题不确切,具体量化怎么算的,动力学怎么得到的振动谱,什么细节都没有,“频率放到分子动力学模拟”语义不明,无从回答。仔细看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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uenh1998    时间: 2023-2-10 09:31
sobereva 发表于 2023-2-10 04:07
标题里别用拼音,修改标题

问题不确切,具体量化怎么算的,动力学怎么得到的振动谱,什么细节都没有,“ ...

           感谢社长,是我问题打的太急了。我重新仔细说明下:对此DNA体系,量化计算是指从原始结构里提取出存在相互作用的碱基对A-T,利用高斯进行结构优化、振动分析得到其振动谱,得到振动峰较强的频率;动力学模拟得到振动谱是指,对DNA体系进行分子动力学模拟,得到碱基对A-T的偶极矩,通过后续计算也得到该碱基对A-T振动谱;                                现在的问题是:量化计算得到的振动谱,和分子动力学模拟得到的振动谱还是存在较大的差异。那么之后利用分子动力学模拟考察外加场对DNA体系的影响,是以量化计算得到的谱为准,还是分子动力学模拟得到的谱为准呢。



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sobereva    时间: 2023-2-11 01:10
uenh1998 发表于 2023-2-10 09:31
感谢社长,是我问题打的太急了。我重新仔细说明下:对此DNA体系,量化计算是指从原始结构里提 ...

各自具体在什么级别下做的计算必须交代清楚,否则没法说可比性。尤其是动力学方式得到振动谱要考虑的问题甚多。

说具体考察外场产生的什么影响。如果和振动没有直接关系,对比振动谱也没必要。

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wzkchem5    时间: 2023-2-11 05:08
uenh1998 发表于 2023-2-10 02:31
感谢社长,是我问题打的太急了。我重新仔细说明下:对此DNA体系,量化计算是指从原始结构里提 ...

DNA能吸收哪些频率,查一下实验的DNA的红外光谱就行了。全A、T的DNA,全G、C的DNA,肯定都能查到红外谱。
当然因为理论级别统一的问题,或许需要用分子动力学的谱(我不确定),但是至少可以确认一点,肯定能找到实验的谱,而且实验的谱应该比量化计算的谱要可靠。
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uenh1998    时间: 2023-2-11 20:27
wzkchem5 发表于 2023-2-11 05:08
DNA能吸收哪些频率,查一下实验的DNA的红外光谱就行了。全A、T的DNA,全G、C的DNA,肯定都能查到红外谱。 ...

是这样的,只是看到这类文章有些想法才发的帖子。实验光谱肯定更准
作者
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uenh1998    时间: 2023-2-11 22:02
sobereva 发表于 2023-2-11 01:10
各自具体在什么级别下做的计算必须交代清楚,否则没法说可比性。尤其是动力学方式得到振动谱要考虑的问题 ...

与振动是有关系的,因为是考察电磁波对DNA氢键的影响。导致比如DNA解旋的效应。所以振动谱是以量化计算为准还是分子动力学为准呢。
作者
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sobereva    时间: 2023-2-12 04:50
uenh1998 发表于 2023-2-11 22:02
与振动是有关系的,因为是考察电磁波对DNA氢键的影响。导致比如DNA解旋的效应。所以振动谱是以量化计算为 ...

跟振动谱没直接联系,没必要比较这个




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