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标题: 高斯基态优化，优化过后的分子结构过于平面 [打印本页]

作者
Author: 南京吴彦祖 时间: 2023-2-9 19:19
标题: 高斯基态优化，优化过后的分子结构过于平面
本帖最后由南京吴彦祖于 2023-2-10 11:10 编辑

我优化了两个分子，都是使用的B3PLYP/6-31G(d).
分子1和分子2

分子2优化之后三氟甲基是垂直平面往内的，没出现虚频等情况

但是分子1优化之后出现了甲基虚频，所以就在高斯里面调整了Displaycement Ampitude；以及使用了关键词opt=tight int=ultrafine，虚频得以解决。

分子1的优化结构却过于平面。是不是算错了。

附上了分子1的输入文件以及输出文件（部分）。

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-2-9 20:15
为什么平面结构就不对？是文献里类似结构做出来的都不是平面吗？

作者
Author: KSeGaSn 时间: 2023-2-9 22:04
本帖最后由 KSeGaSn 于 2023-2-9 22:08 编辑

庚嗪为什么不能是平面结构啊… 有报道单晶是碗状或者扭曲的吗？没有的话平面也很符合预期。另外阅读http://sobereva.com/557，B3LYP过度估计共轭体系的平面性是有可能的（我用PBE0优化其他的也出现过这样的问题）。试试用wB97xD优化看看吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 04:12
没有叫B3PLYP的泛函

求助时候别写“后天导师就要找我了”，这关别人什么事

头脑里要有构象的概念，上面那个基团旋转过程中可能不止一个极小点，此时优化出来的结构取决于初猜结构。
如果不懂构象搜索，看下文
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

作者
Author: 南京吴彦祖 时间: 2023-2-10 11:11

mfdsrax2 发表于 2023-2-9 20:15
为什么平面结构就不对？是文献里类似结构做出来的都不是平面吗？

我当时也是这么想的，因为看了少了四个甲基的分子优化的时候，不是平面的就觉得是不是哪里有点问题，因为我刚接触计算还不太懂，我在文献中看到的应该是作者计算的T1的优化，T1的优化不是平面的

作者
Author: 南京吴彦祖 时间: 2023-2-10 11:12

KSeGaSn 发表于 2023-2-9 22:04
庚嗪为什么不能是平面结构啊… 有报道单晶是碗状或者扭曲的吗？没有的话平面也很符合预期。另外阅读http:// ...

好的谢谢

作者
Author: 南京吴彦祖 时间: 2023-2-10 11:13

sobereva 发表于 2023-2-10 04:12
没有叫B3PLYP的泛函

求助时候别写“后天导师就要找我了”，这关别人什么事

好的，谢谢,我先学习一下

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