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标题: MDAnalysis分析周期性边界条件导致分子被打断问题请教 [打印本页]

作者
Author: 牛文文 时间: 2023-2-9 19:56
标题: MDAnalysis分析周期性边界条件导致分子被打断问题请教
各位老师好，本人最近在使用MDAnalysis写MD后处理相关的脚本。目前遇到的问题是当分子跨过晶胞时，会出现在晶胞另一侧，导致在MDAnalysis进行距离分析时，使用select_atom中的around语句无法选择被打断的这些原子。请问MDAnalysis如何考虑处理这种情况呢？
我知道VMD中可以用pbwithin这种选择语句，MDA中是否有相关语句？
希望各位老师解答或者方不方便提供类似的脚本，谢谢各位！

作者
Author: goldNAN 时间: 2023-2-10 08:49
https://github.com/tamaswells/GMX_tools/blob/master/pbc_whole.py

作者
Author: 牛文文 时间: 2023-2-10 09:47

goldNAN 发表于 2023-2-10 08:49
https://github.com/tamaswells/GMX_tools/blob/master/pbc_whole.py

谢谢大佬，我学习一下！

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