计算化学公社

标题: 用随机速度生成的一个tpr，用这个tpr跑两次，得到的轨迹是不是一样的？ [打印本页]

作者
Author: xuxu 时间: 2023-2-9 22:30
标题: 用随机速度生成的一个tpr，用这个tpr跑两次，得到的轨迹是不是一样的？
请问各位老师，我用随机速度生成的一个tpr，用这个tpr跑两次，得到的轨迹是不是一样的啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 03:55
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “关于tpr的问题 ›” 改了，以后务必注意

随机初速度是grompp产生tpr过程中体现的，只要不重新用grompp，跑多少次初速度都是一样

即便初速度相同，跑两次的结果也不会完全一样，除非你用-reprod选项，原因看
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

作者
Author: xuxu 时间: 2023-2-10 15:56
好的，谢谢sob老师

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2023-2-13 16:46
也和你的热浴、压浴有关，比如常用的热浴v-rescale就会在控温的时候引入随机力，使得轨迹不可重复。

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