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标题: 求助把蛋白质放在15mM中的醋酸铵溶液中进行gmx模拟，如何设置命令保证这一模拟条件 [打印本页]

作者
Author: duzy 时间: 2023-2-10 01:12
标题: 求助把蛋白质放在15mM中的醋酸铵溶液中进行gmx模拟，如何设置命令保证这一模拟条件
请问各位老师前辈，把蛋白质放在15mM中的醋酸铵溶液中进行gmx模拟，如何设置命令保证浓度的准确？如果用insert-molecules命令的话，是不是可以将填满水（包裹蛋白质）的盒子中将水分子替换为醋酸铵分子？如果可以的话，这种方法是不是只能设置插入分子个数，能不能设置插入醋酸铵浓度？如果不行的话有没有好的方法实现这一模拟条件？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 04:00
把蛋白附近加上真空区，先插入一定数目的醋酸铵，再用gmx solvate结合-maxsol加入指定数目的水。

作者
Author: duzy 时间: 2023-2-18 09:08

sobereva 发表于 2023-2-10 04:00
把蛋白附近加上真空区，先插入一定数目的醋酸铵，再用gmx solvate结合-maxsol加入指定数目的水。

请问老师醋酸铵的gro文件需要自己创建吗，该如何创建呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-19 01:26

duzy 发表于 2023-2-18 09:08
请问老师醋酸铵的gro文件需要自己创建吗，该如何创建呢

GaussView画一个，保存成pdb，GROMACS直接能用。也可以载入Multiwfn用主功能100的子功能2转成gro格式

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