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标题: 求助用gks eda计算能量分解的问题 [打印本页]
作者
Author: 小翟w    时间: 2023-2-10 09:37
标题: 求助用gks eda计算能量分解的问题
老师好，想问一下我这个能量分解的问题，这是输入文件和输出文件，感谢感谢！
作者
Author: zjxitcc    时间: 2023-2-10 13:00
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-2-10 13:08 编辑

再简单不过，不用管什么报错，时间宝贵。写一个gjf文件，例如
  1. %mem=96GB
  2. %nprocshared=48
  3. #p wB97XD/def2TZVP guess(fragment=2)

  5. {gks}

  7. 0 1 0 1 0 1
  8. F(fragment=1)    -0.07299500   -1.27512200    1.27766100
  9. F(fragment=1)    -0.07539400    1.28047300    1.27160200
  10. F(fragment=1)    -0.07601200   -1.28100800   -1.27094000
  11. F(fragment=1)    -0.07673200    1.27485400   -1.27701600
  12. O(fragment=1)     1.99230500    0.00107600   -0.00157200
  13. W(fragment=1)     0.33473200    0.00004900   -0.00009700
  14. C(fragment=2)    -2.71275400    0.59767400    0.00119800
  15. C(fragment=2)    -2.71301400   -0.59838900    0.00001300
  16. H(fragment=2)    -2.72120200    1.66143900    0.00138500
  17. H(fragment=2)    -2.72260800   -1.66215200   -0.00065600
复制代码
用frag_guess_wfn小程序提交
  1. frag_guess_wfn WF4O-C2H2.gjf >WF4O-C2H2.out 2>&1 &
复制代码
耗时仅85秒，产生WF4O-C2H2.inp文件，用xeda提交
  1. xeda WF4O-C2H2.inp 00 24 >WF4O-C2H2.gms 2>&1 &
复制代码
耗时仅115秒。正常结束，结果
  1. -------------
  2. ALL BASIS SET                                       HARTREE          KCAL/MOL
  3. -------------
  4. ELECTROSTATIC ENERGY                  ES=         -0.017384            -10.91
  5. EXCHANGE ENERGY                       EX=         -0.032013            -20.09
  6. REPULSION ENERGY                     REP=          0.058160             36.50
  7. POLARIZATION ENERGY                  POL=         -0.017849            -11.20
  8. GRIMME DISP CORRECTION                DC=         -0.004304             -2.70
  9. ELECTRON CORRELATION                CORR=         -0.001333             -0.84
  10. TOTAL INTERACTION ENERGY               E=         -0.014722             -9.24
复制代码
几乎一切都是自动化的，一个早上可以算上百个这样的例子。

frag_guess_wfn小程序是开源的，GitLab上提供conda在线安装、预编译版多种选择，下载即用。更多示例见在线手册https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/chap5-3.html
作者
Author: 小翟w    时间: 2023-2-10 14:18
zjxitcc 发表于 2023-2-10 13:00
再简单不过，不用管什么报错，时间宝贵。写一个gjf文件，例如
用frag_guess_wfn小程序提交
耗时仅85秒， ...

感谢老师，按照您的方法进行了计算，但是i一直说SCF不收敛，下面是输入文件
作者
Author: 小翟w    时间: 2023-2-10 14:19
(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 17)
作者
Author: zjxitcc    时间: 2023-2-10 14:31
小翟w 发表于 2023-2-10 14:19

（1）这大概率不是 SCF不收敛，细节很多，远程说不清。
（2）内存只给1GB太抠门，不能这么做计算；4核也就罢了，内存最不济好歹给8GB。
（3）当前是DFT下的能量分解，而且这体系是中性的，基组用aug-cc-pVTZ完全没必要，浪费机时，def2TZVP足矣，实现想用cc-pVTZ也可，至于aug-cc-pVTZ那是没事找事。
（4）不推荐在Windows下使用frag_guess_wfn。到Linux环境下几分钟就搞定了，时间宝贵。（不用安装双系统、不用安装虚拟机，Win10/Win11下开启WSL即可）
作者
Author: 小翟w    时间: 2023-2-10 16:11
本帖最后由 小翟w 于 2023-2-10 16:13 编辑
zjxitcc 发表于 2023-2-10 14:31
（1）这大概率不是 SCF不收敛，细节很多，远程说不清。
（2）内存只给1GB太抠门，不能这么做计算；4核也 ...

好的，谢谢老师，我在试着算一下
作者
Author: 小翟w    时间: 2023-2-10 18:33
zjxitcc 发表于 2023-2-10 14:31
（1）这大概率不是 SCF不收敛，细节很多，远程说不清。
（2）内存只给1GB太抠门，不能这么做计算；4核也 ...

对了，老师，如果换个机组，对发文章之后有什么影响，需不需要在文中提一下基组不一样，因为有的体系用aug-cc-pVTZ这个基组算出能量分解了，而且结构优化，NBO什么的都用aug-cc-pVTZ这个基组算的
作者
Author: zjxitcc    时间: 2023-2-10 19:08
小翟w 发表于 2023-2-10 18:33
对了，老师，如果换个机组，对发文章之后有什么影响，需不需要在文中提一下基组不一样，因为有的体系用au ...

我只能说从一开始就不建议使用aug-cc-pVTZ，强烈建议阅读《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
结构优化、NBO分析之类的压根也不需要aug-cc-pVTZ。现在为时已晚，你只能把当前体系也用aug-cc-pVTZ算一下。
作者
Author: 小翟w    时间: 2023-2-10 20:05
zjxitcc 发表于 2023-2-10 19:08
我只能说从一开始就不建议使用aug-cc-pVTZ，强烈建议阅读《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.c ...

好的，谢谢老师



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