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标题: dmol3计算团簇结构扭曲的厉害 [打印本页]

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Author: zyj19831206 时间: 2016-6-11 08:57
标题: dmol3计算团簇结构扭曲的厉害
用dmol3计算优化ZnS团簇，发现结构被扭曲了，不知道哪里选择有问题，虽然优化出来了，但是感觉还是可能不对。

作者
Author: helpme 时间: 2016-6-11 09:20
第一个图，你选了TS？换一个试试。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-6-11 15:48

helpme 发表于 2016-6-11 09:20
第一个图，你选了TS？换一个试试。

这没选ts ，选择的是能量最优化。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-11 16:43

zyj19831206 发表于 2016-6-11 15:48
这没选ts ，选择的是能量最优化。

@helpme TS是Tkatchenko & Scheffler色散修正的方法。

你可以看看对应的晶面是否有类似的重构。如果不是这样，我觉得也有可能这个团簇就很难还原对应的表面的化学环境啊。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-11 17:28
你的团簇外面悬挂着一些一配位的Zn和S，也没有处理边界。优化后当然会想尽办法走到高配位的结构去，例如你的初猜中有两个一配位的Zn，而优化后从二维图大概按距离看都接近3配位或以上了。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-6-11 17:37

卡开发发发表于 2016-6-11 16:43
@helpme TS是Tkatchenko & Scheffler色散修正的方法。

你可以看看对应的晶面是否有类似的重构。如果不 ...

就是尺度不够，是吧？我这个直接采用的是build nanostructure中build cluster 来构筑纳米簇的。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-6-11 17:38

liyuanhe211 发表于 2016-6-11 17:28
你的团簇外面悬挂着一些一配位的Zn和S，也没有处理边界。优化后当然会想尽办法走到高配位的结构去，例如你 ...

直接用ms里面建立团簇那个功能不行吗？用里面的功能直接就得到这么个玩意。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-11 19:02
本帖最后由卡开发发于 2016-6-11 19:26 编辑

zyj19831206 发表于 2016-6-11 17:37
就是尺度不够，是吧？我这个直接采用的是build nanostructure中build cluster 来构筑纳米簇的。

实际上没弄清你要做什么，模仿一个表面？或是算一个纳米团簇？
体系本身就很小，表面能相当大，有可能会重构。如果你是要逼近周期体系的话，边界上的原子需要处理。团簇体系用不上smearing吧。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-11 19:18
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-6-11 19:21 编辑

zyj19831206 发表于 2016-6-11 17:38
直接用ms里面建立团簇那个功能不行吗？用里面的功能直接就得到这么个玩意。

你的体系一方面可能要增加团簇的大小才能正确逼近周期性结构的行为，另外应该处理边界。例如给悬挂的S加上H，给悬挂的Zn配位上H2S之类的（<--这做法可能不靠谱），我不确定这里如何处理边界合适，参考一下其他文献在类似体系里怎么做。

不要完全依赖于软件来判断使用的合理性。软件里不可能完全帮你判断哪些情况下合理、哪些情况下用起来不合理，但它不论是否合理都会给你吐个数、吐个结构出来。

例如Gaussian里，加了IOp(5/13=1)，“SCF不收敛”（这个报错）就永远不出现了，但显然也不代表SCF不收敛就被解决了，要懂得每个命令、工具、软件的（大致）原理是什么、到底什么意思才能评价它结果的合理性。

扯得有点远，只是觉得由于软件越来越智能、方便，越来越多的人当黑箱用，根本不知道它干了啥，就拿程序吐出来的数兴高采烈的去用了，这个趋势是很危险的。

作者
Author: helpme 时间: 2016-6-11 21:22
是我没看清楚，后面还写了DFT-D。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-6-11 22:58

卡开发发发表于 2016-6-11 19:02
实际上没弄清你要做什么，模仿一个表面？或是算一个纳米团簇？
体系本身就很小，表面能相当大，有可能会重 ...

就是一个团簇，我想把它与另一个晶体地某个表面做成一个layer，考察这种结构对过渡态的影响，所以首先把团簇优化下看看。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-6-11 22:59

liyuanhe211 发表于 2016-6-11 19:18
你的体系一方面可能要增加团簇的大小才能正确逼近周期性结构的行为，另外应该处理边界。例如给悬挂的S加 ...

您的意思是结构不合理导致优化成这么个奇怪结构，是吧？我想用这个团簇做催化剂，催化小分子。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-12 10:31

zyj19831206 发表于 2016-6-11 22:58
就是一个团簇，我想把它与另一个晶体地某个表面做成一个layer，考察这种结构对过渡态的影响，所以首先把 ...

直接计算2D体系岂不很好？

作者
Author: 一直走 时间: 2016-6-12 11:09

卡开发发发表于 2016-6-11 19:02
实际上没弄清你要做什么，模仿一个表面？或是算一个纳米团簇？
体系本身就很小，表面能相当大，有可能会重 ...

老师，团簇体系用不上smearing的意思是，用了也起不到作用还是团簇体系没有smearing之说呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-12 11:31
本帖最后由卡开发发于 2016-6-12 11:33 编辑

一直走发表于 2016-6-12 11:09
老师，团簇体系用不上smearing的意思是，用了也起不到作用还是团簇体系没有smearing之说呢？

非周期体系没有Fermi积分，不需要借助smearing，但非周期性计算的时候有可能会把能级展宽来计算。不管是否体系是周期性的，偏大的smearing会影响能量计算的准确性。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-6-12 11:42

卡开发发发表于 2016-6-12 10:31
直接计算2D体系岂不很好？

二维体系的layer 太多了，我只是思考能不能建立二维与团簇形成的layer ，并且寻找其对于小分子的过渡态与都是二维材料所形成的有什么影响？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-12 11:59

zyj19831206 发表于 2016-6-12 11:42
二维体系的layer 太多了，我只是思考能不能建立二维与团簇形成的layer ，并且寻找其对于小分子的过渡态与 ...

那就直接贴到载体上直接做呗，可能那样团簇变形不会很严重。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-6-12 12:13

卡开发发发表于 2016-6-12 11:31
非周期体系没有Fermi积分，不需要借助smearing，但非周期性计算的时候有可能会把能级展宽来计算。不管是 ...

恩恩，明白了，多谢老师~

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