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标题: Gromacs的hbond -life和-ac命令分析氢键寿命求助 [打印本页]

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Author: we000000 时间: 2023-2-10 16:51
标题: Gromacs的hbond -life和-ac命令分析氢键寿命求助
我用Gromacs跑了一个稳定液体体系的NVT模拟，然后用gmx hbond -life和-ac计算了里面H键的寿命，用-life得到的结果大概是40 ps，而-ac的结果是两百多ps，输出结果如下：
One-way       0.010 100.958    15.968
Integral       0.004 227.428    17.981
Relaxation    0.005 205.597    17.731

1、我想请教一下，这两种差异巨大的原因是因为计算/统计原理上导致的差异吗？还是因为他们统计的寿命不是同一种(下面问题2) ？

2、https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ja906337p的这篇论文中给出了两种自相关函数：连续时间相关函数S(t) 以及间接时间相关函数C(t)。如果0-t时间内，H键持续存在则算在S(t)，如果在t时刻时H键存在则算在C(t)中。这样的话C(t)判定标准显然低于S(t)。那么hbond -ac命令输出的是哪一种呢？

麻烦大家指点一下，感谢

作者
Author: we000000 时间: 2023-2-10 17:06
我在官方手册提到的论文Nature 379:55, 1996里看到了这一句描述："This function is the probability that the hydrogen bond is intact at time t, given that it was intact at time zero. It is computed from a simulation trajectory by recording the joint occurrences of two non-zero populations separated by a time t. 这个函数是氢键在t时刻完好无损的概率，因为它在t=0时是完好无损的。它是通过记录相隔时间t的两个非零种群的联合出现而从模拟轨迹中计算出来的。"

这意味着hbond -ac命令输出的是https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ja906337p这篇论文中提到的间接时间相关函数C(t)吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 19:22
建议看JCP,113,10663 (2000)，里面相关细节介绍得很充分

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Author: we000000 时间: 2023-2-10 21:53

sobereva 发表于 2023-2-10 19:22
建议看JCP,113,10663 (2000)，里面相关细节介绍得很充分

我看了一下这篇论文，提出的是reactive flux correlation function approach. 既不是前面说的s(t)也不是c(t)。
里面挺详细的分析了s(t)和c(t)分析氢键寿命的缺点或者说限制条件。那我还是以hbond -ac这个命令的为准了，谢谢sob老师。

另外想请教一下sob老师知道hbond -ac的结果里面
Integral 0.004 227.428 17.981
Relaxation 0.005 205.597 17.731
Integral和Relaxation的含义吗？Integral我想的是对自相关函数的积分结果，也就是氢键寿命。下面那个挺接近的值是什么我没搞明白

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Author: xliu97 时间: 2025-6-9 16:03

we000000 发表于 2023-2-10 21:53
我看了一下这篇论文，提出的是reactive flux correlation function approach. 既不是前面说的s(t)也不是c ...

您好，请问您对于这个问题有新见解了吗？

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