计算化学公社

标题: lammps是否适合运行有机分子或聚合物的模拟？ [打印本页]

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-10 18:31
标题: lammps是否适合运行有机分子或聚合物的模拟？
导师安排用lammps做聚合物的模拟，我觉得他的考虑无非就是两方面：1：开源，不花钱；2：现在发文章越来越需要计算方面的知识。但是最近20天学习lammps软件最大的一个疑惑就是，lammps是否适合运行有机分子的模拟？软件自身能够模拟分子动力学这是毋庸置疑的，但是最坑的地方在于模拟体系data文件的获取上。有没有一条路是纯开源还能快速且准确地得到聚合物data文件用于lammps呢？我近些天得出的结论是没有。整合论坛里以及各方面的资源能够挖掘到的建模方法无非以下几条（只考虑开源免费的途径，materials studio转data不行）

1.单个分子的pdb，packmol堆积，vmd的topo转为data。这条路的问题是凡经vmd转化后的data文件中原子类型直接是按元素类型识别的，对于聚乙烯这种重复单元极为简单的聚合物来说没什么影响。但是稍微涉及到组成稍复杂一丁点的聚合物，这条路就没有了任何意义。因为同样是碳原子，所处位置不同自然是不同的原子类型，而经vmd转化以后统一归并为碳元素。如果手动修改data文件，根本修改不完。
2.通过ATB、ligpargen等数据库得到data文件。这种方法要准确快速的多，然而对分子内原子个数有上限要求且一次只能上传一个分子，如果想模拟10条聚合物链也是行不通的。
3.moltemplate建模的方式。这种方法可以实现建模同时也可以实现不同个数分子的堆积。但是在编写对应分子的lt文件时，必须在力场文件906个原子类型中找到对应的一个，效率极慢。
4.lammps内部链命令的搭建。同样功能太少，只适合聚乙烯这种简单的链的搭建。
综上所述，如果我想用lammps模拟不同数目且多种分子在一个盒子的状况，就没有其他办法吗？gromacs在这方面会不会更好呢（不考虑计算效率，只考虑能不能方便我体系的建模）？希望各位能给一些中肯的意见，谢谢大家了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 19:16
用GROMACS好得多，速度快得多，用户多得多，辅助工具丰富得多。
有个聚合物结构文件，使用免费、离线的sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）立马就能给你弄出GROMACS拓扑文件来，完全用不着ATB、ligpargen那些在线工具；sobtop比那些工具还快得多得多，写个批处理脚本，产生拓扑文件快得刷刷的

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-10 21:03

sobereva 发表于 2023-2-10 19:16
用GROMACS好得多，速度快得多，用户多得多，辅助工具丰富得多。
有个聚合物结构文件，使用免费、离线的sob ...

好的多谢sob老师，如果一开始就能找对方向就好了，不至于浪费这么长时间。您的那个sobtop我之前就收藏下来了，感谢老师。

作者
Author: murphy 时间: 2023-2-14 15:15
确实，有了sobtop这个神器之后，gromacs在建模、模拟便利性方面已经远远超过lammps了。

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-19 10:03

murphy 发表于 2023-2-14 15:15
确实，有了sobtop这个神器之后，gromacs在建模、模拟便利性方面已经远远超过lammps了。

到目前来看，lammps在链的建模上确实是个小挑战，但是运行时的脚本命令倒是挺容易让人上手的。我会考虑lammps使用娴熟以后转向gromacs。谢谢您的回复

作者
Author: luogaoyang123 时间: 2023-2-26 14:26

wjwh 发表于 2023-2-19 10:03
到目前来看，lammps在链的建模上确实是个小挑战，但是运行时的脚本命令倒是挺容易让人上手的。我会考虑la ...

wjwh老师，MS建模分子链转data文件后书写in文件时候 data键角怎么判断是分子中的哪一个？

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-28 09:44

luogaoyang123 发表于 2023-2-26 14:26
wjwh老师，MS建模分子链转data文件后书写in文件时候 data键角怎么判断是分子中的哪一个？

您好，我对ms转data的流程不熟悉。我是通过一一对照原子的形式来判断键角的，如果你是自己绘制的分子结构，应该可以在对应软件中看到原子的对应关系。

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