计算化学公社

标题: 我的DCCM图是否可用以及一些零散问题 [打印本页]

作者
Author: 2535882172 时间: 2023-2-10 23:26
标题: 我的DCCM图是否可用以及一些零散问题
我是个小白，用bio3d做了一张dccm图，感觉很零散，信息量很庞杂，如下图我有几个问题想求大佬们帮助
1、如果想做pca分析，前期的模拟应该怎么做才可以导出可用的图谱

2、我的图谱是否可用，应该如何判断自己的图有无价值呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 23:30
不详细交代体系特征、研究的问题，以及PCA分析的目的、之前具体怎么做的，根本没法回答
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 2535882172 时间: 2023-2-11 21:51

sobereva 发表于 2023-2-10 23:30
不详细交代体系特征、研究的问题，以及PCA分析的目的、之前具体怎么做的，根本没法回答
在网上求助计算化 ...

抱歉，下次会注意
做的是纯蛋白模拟，想要利用相互作用指导现实中的酶稳定性改造，我用的是您在gromacs培训班里给的纯蛋白质模拟的mdp文件，我确认体系平衡这一步温度、能量、压力、密度等均已达到平衡，且计算的rmsd图如下，看似也达到了平衡，之后选择后5ns在bio3d上作图，我想知道我这个数据能不能用，具体应该怎么判断呢[img]file:///C:\Users\ASUS\AppData\Roaming\Tencent\Users\2535882172\QQ\WinTemp\RichOle\9@2V`0Q33G%VE5LK`HK)Y[O.png[/img]

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Author: 2535882172 时间: 2023-2-11 23:13
本帖最后由 2535882172 于 2023-2-11 23:14 编辑

sobereva 发表于 2023-2-10 23:30
不详细交代体系特征、研究的问题，以及PCA分析的目的、之前具体怎么做的，根本没法回答
在网上求助计算化 ...

抱歉，我下次一定注意
我做的是水溶液纯蛋白模拟，想利用dccm指导现实中酶稳定性的改造，用的是gromacs初级班的mdp文件，我确认了平衡阶段温度、压力、能量、密度等量是平衡的，然后跑了30ns的模拟，rmsd看似也是平衡的，然后我没有进行去溶剂化处理，直接用的后5ns的轨迹在bio3d上做pca分析，这样的处理方式，是否有问题
file:///C:\Users\ASUS\AppData\Roaming\Tencent\Users\2535882172\QQ\WinTemp\RichOle\BS{_0{HHP_BDZJ0AJLZZOC5.png

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-12 04:51

2535882172 发表于 2023-2-11 23:13
抱歉，我下次一定注意
我做的是水溶液纯蛋白模拟，想利用dccm指导现实中酶稳定性的改造，用的是gromacs ...

图片没正确贴出来
看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

我不知道你说的酶稳定性想以什么方式来体现。PCA分析图和稳定性没有什么直接关系。

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