计算化学公社

标题: 怎么使金板在运动过程中保持形状不变？ [打印本页]

作者
Author: 1416339770 时间: 2023-2-11 10:03
标题: 怎么使金板在运动过程中保持形状不变？
给上下金板一加速度，使其挤压中间的己烷包裹水滴的体系。但在平衡过程中发现，金板形状改变。想请问有没有使AU组形状不变的命令或方法，或者有什么其他方法能平衡金板夹己烷的体系（各项同性控压不行），下面是平衡的mdp文件和体系截图：

作者
Author: 1416339770 时间: 2023-2-11 10:05
这是平衡用eq.mdp文件
define =
integrator = md
dt       = 0.002  ; ps
nsteps    = 500000 ; 1000ps
comm-mode  = Linear
comm-grps  = drop1 drop2 AU
energygrps =
;
nstxout = 1000
nstvout = 1000
nstfout = 1000
nstlog  = 1000
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 500
compressed-x-grps  = system
;
annealing = single single single
annealing_npoints = 2 2 2
annealing_time = 0 600 0 600 0 600  ;ps
annealing_temp = 0 298.15 0 298.15 0 298.15
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2 0.2 0.2
tc_grps = SOL _ICZ AU
ref_t = 298.15 298.15 298.15
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds
;
acc-grps = top bottom
accelerate = 0 -0.00004236 0 0 0.00004236 0

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-11 20:28

1416339770 发表于 2023-2-11 10:05
这是平衡用eq.mdp文件
define =
integrator = md

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-11 20:30
各向异性控压，Z方向设很大压力

作者
Author: 1416339770 时间: 2023-2-12 16:09

sobereva 发表于 2023-2-11 20:28
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的老师，我下次会注意社内发帖说明

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