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标题: grompp 出现报错：No default Improper Dih. types [打印本页]

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Author: 晴天小猪要飞天 时间: 2023-2-11 12:55
标题: grompp 出现报错：No default Improper Dih. types
本帖最后由晴天小猪要飞天于 2023-2-11 12:57 编辑

在蛋白-配体动力学模拟的添加离子这一步，显示与topology并不匹配，查找原因发现topol文件中SOL没换行，然后换行后又重新运行，出现ERROR 1 [file jz4.itp, line 177]: No default Proper Dih. types，但是jz4.itp文件的177行没发现问题，请问这个怎么解决啊（topol文件和jz4.itp文件已上传）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-11 20:23
提示写明了，gro文件和拓扑文件原子数不匹配。仔细检查[molecules]字段，该改的改、该添加的添加

如果严格照着北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt所列命令按顺序操作就不会有这个问题

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Author: 晴天小猪要飞天 时间: 2023-2-24 15:36

sobereva 发表于 2023-2-11 20:23
提示写明了，gro文件和拓扑文件原子数不匹配。仔细检查[molecules]字段，该改的改、该添加的添加

如果严 ...

谢谢大神，非常感谢

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