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标题: 求助：金属纳米颗粒体系模拟压浴报错 [打印本页]

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Author: nku_linz 时间: 2023-2-11 14:43
标题: 求助：金属纳米颗粒体系模拟压浴报错
本帖最后由 nku_linz 于 2023-2-11 16:02 编辑

gromacs模拟水中的铂纳米粒，首先在COD获得铂晶体.cif文件，参考sob老师的方法《Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍》（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）扩展为超胞，并在VMD中切割成纳米粒。参照J. Phys Chem. C, 2008, 112(44), 17281文献换算得到铂的参数(AMBER)，并填入力场文件。真空中模拟纳米粒能维持住，在水中模拟前进行能量最小化，md采用Berendsen压浴，程序一直提示 Warning: pressure scaling more than 1%。
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-11 20:21
初始的密度偏离平衡值较大且压浴的时间常数不是很大时，模拟初期盒子尺寸变化会较快，会出现那个提示。只要模拟正常进行就不用管，最后达到接近平衡时自然就不再提示了

作者
Author: nku_linz 时间: 2023-2-11 20:55

sobereva 发表于 2023-2-11 20:21
初始的密度偏离平衡值较大且压浴的时间常数不是很大时，模拟初期盒子尺寸变化会较快，会出现那个提示。只要 ...

明白了，谢谢社长！对于我这种体系改用NVT系综是不是影响也不大？后期想往盒子里添加有机小分子探究纳米粒表面吸附问题

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-12 04:49

nku_linz 发表于 2023-2-11 20:55
明白了，谢谢社长！对于我这种体系改用NVT系综是不是影响也不大？后期想往盒子里添加有机小分子探究纳 ...

你没法保证初始盒子尺寸对应的密度正好是合理的，显然应当用压浴

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