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标题: 同源多聚体MD时可否用亚基代替？ [打印本页]

作者
Author: charmm36 时间: 2023-2-11 18:37
标题: 同源多聚体MD时可否用亚基代替？
各位老师和前辈，请教一下下面的问题：我研究的酶是一个同源四聚体，含有4个活性中心，已通过分子对接将辅酶NADP+对接到其中的一个辅酶结合口袋，构成该口袋的氨基酸残基均位于亚基A上，其他亚基不参与和对接的NADP+的相互作用，现在我想通过MD研究酶和NADP+的相互作用，请问像我这种情况，为了节省MD的运行时间，MD系统中能否用亚基代替整个同源四聚体和NADP+构成一个复合体？据我所知，PyMOL plugin Enlighten2 做MD时只选取活性中心周围的区域（通常20埃的半径）做MD。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-11 20:13
如果其它亚基不影响这个亚基的整体构象，也不会进而影响和NADP+的相互作用，可以。之前我的文章Biochemistry 2009, 48, 7986–7995就是这么做的

作者
Author: charmm36 时间: 2023-2-11 20:59

sobereva 发表于 2023-2-11 20:13
如果其它亚基不影响这个亚基的整体构象，也不会进而影响和NADP+的相互作用，可以。之前我的文章Biochemistr ...

嗯嗯，谢谢sob老师! 提到的文章，我会认真看看

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