计算化学公社

标题: ORCA优化乙酸铵分子结构提示不是最低能量状态，尝试多种摆放方式仍是这个提示 [打印本页]

作者
Author: qiuzhu 时间: 2023-2-13 10:25
标题: ORCA优化乙酸铵分子结构提示不是最低能量状态，尝试多种摆放方式仍是这个提示
从chemspider下载乙酸铵{CAS:631-61-8}的3D分子结构，使用ORCA优化时，提示分子结构不是最低能量状态，但是尝试了很多种分子结构的摆放方式，仍然提示这个错误，请问各位老师是哪里有问题？.gjf、.inp文件和输出的错误.out文件见附件。

作者
Author: paramecium86 时间: 2023-2-13 10:48
看起来就是几何优化没收敛。初始结构比较差，优化步数需要比较多。看优化过程的能量曲线的形状是接近收敛的。继续优化下去就能收敛了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-13 11:01
乙酸根和铵根距离也太近了，要有基本的原子半径概念。缺乏常识的话看看结构化学书

chemspider上的结构往往是从二维结构自动转成的3D结构，很可能严重不合理，必须拿可视化程序观看立体结构，凭常识判断合理性再计算

作者
Author: qiuzhu 时间: 2023-2-13 13:24

sobereva 发表于 2023-2-13 11:01
乙酸根和铵根距离也太近了，要有基本的原子半径概念。缺乏常识的话看看结构化学书

chemspider上的结构往 ...

谢谢老师，压缩包中的分子结构是根据错误提示重新摆放的，由于调整过很多次分子结构，压缩包中的可能是放错了，非常抱歉。本条回复中附件的.gjf文件是最开始做乙酸铵结构优化时使用的分子结构之一，铵根带正电的N和乙酸根带负电的单键O靠近。图片是优化后的错误提示图。乙酸铵的分子结构画过七八个，优化结果的错误提示都一样，如.png图片所示，每个结构优化后的.out文件中的能量趋势也都差不多，但一直优化不出结果，不知道问题具体出在哪？

作者
Author: qiuzhu 时间: 2023-2-13 13:30

paramecium86 发表于 2023-2-13 10:48
看起来就是几何优化没收敛。初始结构比较差，优化步数需要比较多。看优化过程的能量曲线的形状是接近收敛的 ...

谢谢您的回答。尝试过继续优化，但还是不收敛，比乙酸铵分子更复杂的结构很快就能优化出来，乙酸铵这种结构比较简单的却一直优化不出来，不知道问题出在哪

作者
Author: paramecium86 时间: 2023-2-13 15:01

qiuzhu 发表于 2023-2-13 13:30
谢谢您的回答。尝试过继续优化，但还是不收敛，比乙酸铵分子更复杂的结构很快就能优化出来，乙酸铵这种结 ...

还是结构不太好。ORCA优化不出来。我用G16先优化一下再用orca优化就没啥问题。这是输出文件。

作者
Author: qiuzhu 时间: 2023-2-13 16:39

paramecium86 发表于 2023-2-13 15:01
还是结构不太好。ORCA优化不出来。我用G16先优化一下再用orca优化就没啥问题。这是输出文件。

谢谢您，看了您的输出文件，优化后的分子由铵根变成了氨，两个基团均不带电荷，一些分子结构的网站中及文献中的分子式是两个正、负离子基团，请问一下，这种情况是正常的吗？因为做的其他分子优化没有出现过这种情况

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-2-13 17:06

qiuzhu 发表于 2023-2-13 09:39
谢谢您，看了您的输出文件，优化后的分子由铵根变成了氨，两个基团均不带电荷，一些分子结构的网站中及文 ...

因为你做的是气相优化，气相里NH3的碱性比CH3COO-弱，所以CH3COONH4会自发分解成CH3COOH和NH3的非共价复合物。只有在极性足够强的溶液相（包括但不限于水相）或固相里，NH3的碱性才比CH3COO-强，CH3COONH4才能稳定以离子形式存在

作者
Author: paramecium86 时间: 2023-2-13 20:02

qiuzhu 发表于 2023-2-13 16:39
谢谢您，看了您的输出文件，优化后的分子由铵根变成了氨，两个基团均不带电荷，一些分子结构的网站中及文 ...

如楼上所说。这是气相分子，这样的结构就还是挺合理的。我也试了用隐式溶剂，区别不大。可能你想看到那种分开两个离子你就得考虑显式溶剂了。

作者
Author: qiuzhu 时间: 2023-2-13 20:44

wzkchem5 发表于 2023-2-13 17:06
因为你做的是气相优化，气相里NH3的碱性比CH3COO-弱，所以CH3COONH4会自发分解成CH3COOH和NH3的非共价复 ...

好的，谢谢您

作者
Author: qiuzhu 时间: 2023-2-13 20:45

paramecium86 发表于 2023-2-13 20:02
如楼上所说。这是气相分子，这样的结构就还是挺合理的。我也试了用隐式溶剂，区别不大。可能你想看到那 ...

好的，谢谢您，麻烦您了

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