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标题: Gromacs md不能运行 [打印本页]

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Author: 浅原问问 时间: 2016-6-12 08:37
标题: Gromacs md不能运行
各位老师好，我在运行gromacs中md时，发现总是错误提示说让使用32或更少线程。。。请问这个线程问题应该怎么纠正啊？我试过更改运行命令，修改脚本，可是还都是不能运行，请老师们指点一下，谢谢！

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Author: greatzdk 时间: 2016-6-12 16:19
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... macs%2B%B2%A2%D0%D0

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Author: 浅原问问 时间: 2016-6-12 20:52
本帖最后由浅原问问于 2016-6-12 20:54 编辑

greatzdk 发表于 2016-6-12 16:19
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3127&highlight=gromacs%2B%B2%A2%D0%D0

您好，谢谢您的回复。我加入-ntomp后，线程问题解决了，但是又出现了新的错误提示，不知道您遇到没有，请问这个该怎么解决呢？麻烦老师看一下（我试着加入-pin on还是不能运行） (, 下载次数 Times of downloads: 48)

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Author: sobereva 时间: 2016-6-12 22:14

浅原问问发表于 2016-6-12 20:52
您好，谢谢您的回复。我加入-ntomp后，线程问题解决了，但是又出现了新的错误提示，不知道您遇到没有，请 ...

这不是错误，只是note
这是指当前并行运算的线程数少于CPU逻辑核数，此时默认情况下gmx的线程就会在不同的核之间乱窜（这是由系统决定的），导致计算效率降低。你用-pin on就可以让gmx线程和CPU逻辑核心拴上，避免这个问题。

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-6-21 21:22

sobereva 发表于 2016-6-12 22:14
这不是错误，只是note
这是指当前并行运算的线程数少于CPU逻辑核数，此时默认情况下gmx的线程就会在不 ...

老师好，我现在输入完整的命令是gmx_mpi mdrun -deffnm md.tpr -ntomp 32 -pin on & 输入命令后会显示正常在后台运行，但是输出的log文件里却什么都没有，既没有报错也没有note，这是输出文件。我试着再修改命令发现无论去掉哪个都不能输出log了，请问这该怎么改啊？辛苦老师了。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-21 21:25

浅原问问发表于 2016-6-21 21:22
老师好，我现在输入完整的命令是gmx_mpi mdrun -deffnm md.tpr -ntomp 32 -pin on & 输入命令后会显示正 ...

轨迹文件有没有不断增大？是不是nstlog设太大了？

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Author: 浅原问问 时间: 2016-6-21 21:30

sobereva 发表于 2016-6-21 21:25
轨迹文件有没有不断增大？是不是nstlog设太大了？

没有，老师，轨迹文件是空的。那我把nstlog改小一点再试试

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