计算化学公社

标题: 关于sob老师文章http://sobereva.com/513，计算细节的提问，望解答 [打印本页]

作者
Author: longwenjun 时间: 2023-2-13 11:15
标题: 关于sob老师文章http://sobereva.com/513，计算细节的提问，望解答
看了sob老师这篇文章http://sobereva.com/513受益匪浅，有几个计算上的小问题，望解答，感谢，文章中先用了B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVP做了几何优化，然后使用了CCSD(T)/jul-cc-pVTZ这个方法计算了结合能，并用SAPT2+(3)δMP2结合aug-cc-pVTZ基组做了能量分解并同时得到结合能；有几个问题望解答：1、这个方法B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVP，是否适用于80多个原子的体系，如果不能；有没有其他的方法适合，输入方法要怎么写？
2、这个方法CCSD(T)/jul-cc-pVTZ中T是啥意思，在报错帖http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html中看到L114报错，CCSD(T)需要将优化的量以变量的形式输入，如果计算结合能的话要怎么输入呢？

3、这个方法SAPT2+(3)δMP2结合aug-cc-pVTZ，能否计算80多个原子体系，查看帖子：如何用高斯做CCSD（T）单点能计算？
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=13075&fromuid=25115时，sob老师说CCSD(T)仅适合20多个原子的体系，不知道这个方法是否合适，合适的话，请问具体的输入方法要怎么写；如果不合适，要使用SPAT进行能量分解要用什么方法才能满足精度及其输入要怎么写？
谢谢！
PS：才开始使用Gauss不久，问题比较多，望见谅；不太清楚这个问题是否应该放在Gaussian板块，如果不对，麻烦管理员帮忙修改一下，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-13 11:37
1 对这么大体系耗时很高。对大体系用6-311G**优化足矣

2 以微扰方式考虑T3簇算符。这是量化基本常识知识，看比如Levine的Quantum Chemistry
那帖子跟你没关系

3 算不动
这么大体系只能用比较low的SAPT0

作者
Author: longwenjun 时间: 2023-2-13 16:16
本帖最后由 longwenjun 于 2023-2-15 10:06 编辑

sobereva 发表于 2023-2-13 11:37
1 对这么大体系耗时很高。对大体系用6-311G**优化足矣

2 以微扰方式考虑T3簇算符。这是量化基本常识知识 ...

感谢sob老师的解答，基于上述内容，我想问一下：
1、对于1问题，如果对大部分原子做冻结，只保留相互作用的那一部分(不到15个原子，两个分子，一个分子比较大，一个分子3-5个原子)做限制性优化的话，这样能不能明显减少耗时；或者将相互作用的部分(不到15个原子)单独拎出来用B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVP，这样会影响结果吗？比如，先用6-311G**计算相互作用的位置，再把相互作用的位置拎出来作更高的优化；
2、对于问题三，如果采用把相互作用的部分拎出来单独进行SAPT分解，那么这个结果和原来具有可信度吗？
望解答，感谢感谢~

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-2-13 18:07

longwenjun 发表于 2023-2-13 16:16
感谢sob老师的解答，基于上述内容，我想问一下：
1、对于1问题，如果对大部分原子做冻结，只保留相互作 ...

你想得到结合能可以不用能量分解吧，用ORCA可以用较大的基组也可以得到准确的结合能

作者
Author: longwenjun 时间: 2023-2-13 21:26
本帖最后由 longwenjun 于 2023-2-15 10:05 编辑

七尺贱发表于 2023-2-13 18:07
你想得到结合能可以不用能量分解吧，用ORCA可以用较大的基组也可以得到准确的结合能

实验室的电脑一直用的Gaussian，没有人用过ORCA，我也是最近才开始做计算，没有什么概念，我下去看看，谢谢大佬

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-15 05:41

longwenjun 发表于 2023-2-13 16:16
感谢sob老师的解答，基于上述内容，我想问一下：
1、对于1问题，如果对大部分原子做冻结，只保留相互作 ...

把名字写对，6-311G**、Gaussian、SAPT

1 冻结没法节约耗时
简化体系，或者给不重要的地方用小基组，才能节约耗时
优化用6-311G**对于一般情况精度足够，没必要提升

2 拿具体体系说事。显然前提是其它部分的影响可以忽略时才能够去掉

作者
Author: longwenjun 时间: 2023-2-15 10:04

sobereva 发表于 2023-2-15 05:41
把名字写对，6-311G**、Gaussian、SAPT

1 冻结没法节约耗时

感谢sob老师的回复和提醒，已修改，现在我要解决的问题是以ARG和ASP为例表征胶原纤维三股螺旋上，链间相互作用大于AA与水的相互作用，因为水可以吸附多层，就像比较ARG和ASP相互作用大于ARG-W-W-W的相互作用（每一个W代表一个水分子层），并且由什么作用主导，现在主要想的是通过比较ARG-ASP的相互作用和三个体系（ARG和W），（ARG-W和W），（ARG-W-W和W）相互作用的大小来比较；这是ASP-ARG优化结果 (, 下载次数 Times of downloads: 4) ； (, 下载次数 Times of downloads: 3) 这是结果的具体能量；相互作用是使用SAPT0分解的结果,1和2的能量是通过sob老师2019年文章http://sobereva.com/513里面通过键临界点BCP的拟合得到的能量，单位均是kcal/mol；然后通过这两者的差值去判断其他部分对相互作用的影响，有以下几个问题：
1、这样这样比较不同分子间相互作用的方式是否合理？
2、使用总相互作用减去成键的键能之和是否能表示其他部分对相互作用的影响，如果可以，那么对于sob老师回复的2，低于总体相互作用的多少可以单独拎出来进行计算（目前个人认为10%）
3、问一个不太相关的问题，在体系里面，平均一个水分子形成四个氢键，两个水分子共用一个氢键，一个水分子拥有两个氢键；那么在比较相互作用时，对于相互作用时看一个氢键还是两个氢键；比如：ASP-ARG相互作用与水分子之间相互作用时，以水分子氢键-4.96kcal/mol为例，两个氢键则是近-10kcal/mol，显然水分子间相互作用更大；但从键相互作用考虑，是否应该是ASP-ARG中2键不稳定，然后是两个氢键最后是1键，这是不是说明ARG-ASP相互作用更大？
PS：提问有点混乱，如有不太清楚之处，望指出，感谢感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-16 05:36

longwenjun 发表于 2023-2-15 10:04
感谢sob老师的回复和提醒，已修改，现在我要解决的问题是以ARG和ASP为例表征胶原纤维三股螺旋上，链间相 ...

如果链是浸在水环境中的，这种问题不是量化层面研究的。应当跑分子动力学，在力场层面下计算ARG和水，以及ARG和ASP的相互作用能，靠GROMACS定义能量组来实现。实际环境中水层的排布总是在不断变化的，而且相互作用能是波动的很厉害的，受溶剂层结构影响极大，必须考虑动态平均。光是拿局部结构去做量化讨论作用能没有多大意义

作者
Author: longwenjun 时间: 2023-2-16 09:36
本帖最后由 longwenjun 于 2023-2-16 09:47 编辑

sobereva 发表于 2023-2-16 05:36
如果链是浸在水环境中的，这种问题不是量化层面研究的。应当跑分子动力学，在力场层面下计算ARG和水，以 ...

谢谢sob老师1、这个链不是在水中的，就是大气环境，这个胶原的实际使用场景就是固体，只是含有极性官能团会吸附水分子，大概空气状态下是水含量在10%-22%，以胶原和水总质量计算，不同湿度下会吸附不同数量的水分子，做的也只是胶原纤维与水的吸附实验，所以想看看水分子在胶原纤维上的相互作用
2、感谢sob老师关于使用GROMACS计算的提醒，GROMACS之前是我师兄在用，我一直没怎么使用过，目前的水平大概就是按照师兄建立的模型跟着流程跑的样子（已经跟着GROMACS的教程跑过了），目前师兄毕业了，之前用GROMACS计算过大概五十多个AA的三股螺旋和不同水含量下的情况，结果就是水分子主要集中在极性官能团上，会在极性官能团上覆盖多层；然后就想着用Gaussian算一下相互作用，这个提问最开始就是已经到用Gaussian计算相互作用了；
3.“”应当跑分子动力学，在力场层面下计算ARG和水，以及ARG和ASP的相互作用能，靠GROMACS定义能量组来实现。实际环境中水层的排布总是在不断变化的，而且相互作用能是波动的很厉害的，受溶剂层结构影响极大，必须考虑动态平均。”对于这句回复中的定义能量组和动态平均，因为才接触，sob老师有什么推荐的快速上手的教程吗？老师最近催的比较紧，实在没办法详细学习

感谢感谢

作者
Author: longwenjun 时间: 2023-2-20 10:21

sobereva 发表于 2023-2-16 05:36
如果链是浸在水环境中的，这种问题不是量化层面研究的。应当跑分子动力学，在力场层面下计算ARG和水，以 ...

sob老师看到后，有时间可以回复一下吗？感谢感谢

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