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标题: gromacs 提示leapfrog does not yet support Nose-Hoover chains, nhchainlength r... [打印本页]

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Author: tienan0412 时间: 2023-2-13 13:53
标题: gromacs 提示leapfrog does not yet support Nose-Hoover chains, nhchainlength r...
各位前辈好。
小生在跑gromacs有个问题。gromacs文件使用charmm-gui生成的。别的蛋白都还好。在用ofHex做蛋白的时候出现了一些问题。
在能量最小化和平衡步骤时都是正常运行。
但是在运行gmx grompp -f eq.mdp -o eq.tpr -c mini.gro -r in.gro -p topol.top -n index.ndx -maxwarn 1步骤时会提示
Replacing old mdp entry 'nstxtcout' by 'nstxout-compressed'
leapfrog does not yet support Nose-Hoover chains, nhchainlength reset to 1
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
请问这个问题需要如何解决？谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-14 09:41
不是报错，不用解决

作者
Author: tienan0412 时间: 2023-2-14 11:42
sob老师您好，我在下一步输入gmx mdrun -v -deffnm npt1 命令时出现了如下问题。请问这是因为之前的命令出问题了么？

作者
Author: tienan0412 时间: 2023-2-14 11:43

sobereva 发表于 2023-2-14 09:41
不是报错，不用解决

sob老师您好。我在下一步命令的时候提示缺少文件，这是在哪步出问题了呢？图在下面的帖子里面

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-15 05:16

tienan0412 发表于 2023-2-14 11:42
sob老师您好，我在下一步输入gmx mdrun -v -deffnm npt1 命令时出现了如下问题。请问这是因为之前的命令出 ...

用dir命令，搞清楚当前目录下都有什么文件，以及想清楚mdrun当前试图读取什么文件，自然就明白了

作者
Author: tienan0412 时间: 2024-6-25 19:38
本帖最后由 tienan0412 于 2024-6-25 19:40 编辑

sobereva 发表于 2023-2-15 05:16
用dir命令，搞清楚当前目录下都有什么文件，以及想清楚mdrun当前试图读取什么文件，自然就明白了

sob老师您好，我现在得问题是无法生成.tpr文件。这是由于什么原因造成得呢？
npt1.mdp文件得内容是这样：integrator             = md
dt                   = 0.002
nsteps                = 500000
nstxout-compressed    = 50000
nstvout                = 50000
nstfout                = 50000
nstcalcenergy          = 100
nstenergy             = 1000
nstlog                = 1000
;
cutoff-scheme          = Verlet
nstlist                = 20
vdwtype                = Cut-off
vdw-modifier          = Force-switch
rvdw_switch          = 1.0
rvdw                   = 1.2
rlist                = 1.2
rcoulomb             = 1.2
coulombtype          = PME
;
tcoupl                = V-rescale
tc_grps                = SOLU SOLV
tau_t                = 1.0 1.0
ref_t                = 303.15 303.15
;
pcoupl                = Parrinello-Rahman
pcoupltype             = isotropic
tau_p                = 5.0
compressibility       = 4.5e-5
ref_p                = 1.0
;
constraints          = h-bonds
constraint_algorithm = LINCS
continuation          = yes
;
nstcomm                = 100
comm_mode             = linear
comm_grps             = SOLU SOLV
输入命令：gmx grompp -f npt1.mdp -o npt1.tpr -c eq.gro -p topol.top -n index.ndx
并没有接入到引入itp文件得过程。

作者
Author: tienan0412 时间: 2024-6-25 19:40

sobereva 发表于 2023-2-15 05:16
用dir命令，搞清楚当前目录下都有什么文件，以及想清楚mdrun当前试图读取什么文件，自然就明白了

麻烦您帮忙看一下

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-26 02:01

tienan0412 发表于 2024-6-25 19:38
sob老师您好，我现在得问题是无法生成.tpr文件。这是由于什么原因造成得呢？
npt1.mdp文件得内容是这样 ...

这种问题一律看屏幕上最后的提示

作者
Author: tienan0412 时间: 2024-6-26 09:24

sobereva 发表于 2024-6-26 02:01
这种问题一律看屏幕上最后的提示

屏幕上最后就是这样了。什么提示都没有。不知道sob老师以前是怎么解决这个问题的。

作者
Author: 低调的板凳 时间: 2024-6-26 10:17

tienan0412 发表于 2024-6-26 09:24
屏幕上最后就是这样了。什么提示都没有。不知道sob老师以前是怎么解决这个问题的。

你这就是没跑完啊，就到计算1-4这里，后续就没输出了？

作者
Author: tienan0412 时间: 2024-6-26 13:13

低调的板凳发表于 2024-6-26 10:17
你这就是没跑完啊，就到计算1-4这里，后续就没输出了？

对。但是到这儿之后模拟就停了。出现了继续输入命令的提示符。

作者
Author: 低调的板凳 时间: 2024-6-26 13:30

tienan0412 发表于 2024-6-26 13:13
对。但是到这儿之后模拟就停了。出现了继续输入命令的提示符。

之前做能量最小化，或者是预平衡生成tpr文件的时候都没问题么

作者
Author: tienan0412 时间: 2024-6-26 13:41

低调的板凳发表于 2024-6-26 13:30
之前做能量最小化，或者是预平衡生成tpr文件的时候都没问题么

对。都很正常，没有报错什么的。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-27 02:51

tienan0412 发表于 2024-6-26 13:13
对。但是到这儿之后模拟就停了。出现了继续输入命令的提示符。

可能windows版的bug，换linux版再试

作者
Author: tienan0412 时间: 2024-6-27 15:28

sobereva 发表于 2024-6-27 02:51
可能windows版的bug，换linux版再试

好的好的。谢谢sob老师

作者
Author: tienan0412 时间: 2024-7-1 14:28

sobereva 发表于 2024-6-27 02:51
可能windows版的bug，换linux版再试

问题解决。是charmm-gui出的文件有bug。我用sob老师在培训班上教的流程重做了文件。走通了。

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