计算化学公社

标题: 请问amber可以实现团聚体中的分子数量统计吗? [打印本页]

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Abandon-fmt    时间: 2023-2-13 15:06
标题: 请问amber可以实现团聚体中的分子数量统计吗?
最近在对团聚体的团聚效果做分析,做了回旋半径分析,但是效果不是很好,看到文献有报道团聚体内分子数量随时间的变化(ACS Omega 2023, 8, 4862-4877.)。请问各位,这种数据可以直接在amber上现实么?不可以的话需要用什么软件做呢?

作者
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对抗路达摩    时间: 2023-2-13 16:42
这种要写脚本分析,至于MD软件的话amber肯定是可以,你的轨迹能被你的分析脚本识别就行。
作者
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rpestana94    时间: 2023-2-13 16:52
They said, a script was developed using mdanalysis, this is a python library, so I suggest check the library.
作者
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Abandon-fmt    时间: 2023-2-14 08:12
对抗路达摩 发表于 2023-2-13 16:42
这种要写脚本分析,至于MD软件的话amber肯定是可以,你的轨迹能被你的分析脚本识别就行。

好的,谢谢!
作者
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Abandon-fmt    时间: 2023-2-14 08:12
rpestana94 发表于 2023-2-13 16:52
They said, a script was developed using mdanalysis, this is a python library, so I suggest check the ...

thanks!




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