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标题: pdb2gmx选择水模型时报错 [打印本页]

作者
Author:
kellyisgood    时间: 2023-2-13 19:32
标题: pdb2gmx选择水模型时报错
输入命令:gmx_mpi pdb2gmx -f R1MYT.pdb -o R1MYT_processed.gro
报错提示:Fatal error:
Atom OCT1 in residue GLY 153 was not found in rtp entry GLY with 8 atoms
while sorting atoms.
力场选择:CHARMM all-atom force field
水模型选择:TIP3P      CHARMM-modified TIP3P water model (recommended over original TIP3P)

动力学小白,没找到哪里的问题,请各位老师不吝赐教!!!

作者
Author:
sobereva    时间: 2023-2-14 09:36
跟水模型没关系
GLY153号残基里有叫做OCT1名字的原子,不是标准氨基酸的IUPAC定义的标准原子名,程序不认(相应力场的rtp文件里记录的残基信息里没有对应的原子)
仔细搞清楚这个原子是怎么回事,如果只是命名不对就自己改pdb文件。




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