计算化学公社

标题: 如何修改脚本来自动提取输出的rwf文件信息，并删除rwf [打印本页]

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Author: 好多于 时间: 2023-2-13 20:05
标题: 如何修改脚本来自动提取输出的rwf文件信息，并删除rwf
本帖最后由好多于于 2023-2-14 11:22 编辑

每次批量算任务都要生成极耗内存的rwf文件，然而管理员分配的个人存储有限，一晚上下来基本就占满了。
想问一下大佬们有没有啥实用脚本，可以使得任务完成后自动从rwf中提取625文件，并删除rwf？
（提交任务的pbs脚本已附上）

作者
Author: ahxb 时间: 2023-2-13 22:44
本帖最后由 ahxb 于 2023-2-13 22:48 编辑

假设算完后保留了Znpcfreq.rwf文件，导出信息保存在Znpcfreq-rwf625.txt中，大概在脚本最后面加上下面两行即可，保存目录请自行调整。

rwfdump Znpcfreq.rwf Znpcfreq-rwf625.txt 625R
rm Znpcfreq.rwf

复制代码

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Author: 好多于 时间: 2023-2-14 09:27

ahxb 发表于 2023-2-13 22:44
假设算完后保留了Znpcfreq.rwf文件，导出信息保存在Znpcfreq-rwf625.txt中，大概在脚本最后面加上下面两行 ...

好的谢谢。在脚本下边加命令，是对计算完成的输出文件进行操作对不？
例如，我这个任务开始计算时是读取的chk文件，倘若在最后加上：
formchk Znpcfreq.chk
rm Znpcfreq.chk
这两行命令会将计算完成的chk转化并删除，而不是对初始读取信息的chk进行操作

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Author: sobereva 时间: 2023-2-14 09:39
rwf占的是硬盘，不是内存

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Author: 好多于 时间: 2023-2-14 11:21

sobereva 发表于 2023-2-14 09:39
rwf占的是硬盘，不是内存

不好意思，用词不准确了

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Author: ahxb 时间: 2023-2-14 14:17

好多于发表于 2023-2-14 09:27
好的谢谢。在脚本下边加命令，是对计算完成的输出文件进行操作对不？
例如，我这个任务开始计算时是读取 ...

如果你想处理初始读取信息的chk文件，并且在Gaussian输入文件中没有使用%oldchk避免修改chk文件，那需要将读取命令在g16提交计算的那一行之前。

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Author: 好多于 时间: 2023-2-14 16:47

ahxb 发表于 2023-2-14 14:17
如果你想处理初始读取信息的chk文件，并且在Gaussian输入文件中没有使用%oldchk避免修改chk文件，那需要 ...

哦哦，那我只想处理计算后的chk文件，就直接把命令放在最后就行了是吧

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Author: ahxb 时间: 2023-2-14 17:40

好多于发表于 2023-2-14 16:47
哦哦，那我只想处理计算后的chk文件，就直接把命令放在最后就行了是吧

应该可以，如果chk文件中有需要的信息也可以用rwfdump。

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