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标题: 求助：利用gmx traj获取分子质心速度时的index文件问题 [打印本页]

作者
Author: MZTNXWXBCLA 时间: 2023-2-14 08:57
标题: 求助：利用gmx traj获取分子质心速度时的index文件问题
我的模拟体系里有100个烷烃C7H16，1000个N2，烷烃的残基名为UNK。gro文件里的前100个分子都是该烷烃。我利用gmx select或者make_ndx生成的index都是原子的序列，gmx traj读取该index文件后总是显示molecule index (1101) is out of range (1-1100)
那么这个index文件对于分子的情况而言，是应该[ UNK ]下，写上1 2 3.....100这样就可以了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-14 09:27
index文件没有什么“对分子而言”的概念
里面只有不同的组，每个组里记录的都是原子序号，而且原子序号是用的全局序号，与gro文件相对应。

作者
Author: MZTNXWXBCLA 时间: 2023-2-14 10:47

sobereva 发表于 2023-2-14 09:27
index文件没有什么“对分子而言”的概念
里面只有不同的组，每个组里记录的都是原子序号，而且原子序号是 ...

好的，谢谢sob老师，那我这个index文件是应该每个分子只保留一个原子序号来让gmx traj获取分子的速度吗（就是1-23只留一个1，24-46只留一个2这样）还是说应该用vmd统计轨迹来获取分子的速度？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-15 05:32

MZTNXWXBCLA 发表于 2023-2-14 10:47
好的，谢谢sob老师，那我这个index文件是应该每个分子只保留一个原子序号来让gmx traj获取分子的速度吗（ ...

你是指gmx traj结合-mol的情况？
这种情况，组里面要写分子序号（对应gro里的残基号）。参考https://gromacs.org-gmx-users.maillist.sys.kth.narkive.com/LpDQkhDk/gmx-users-correct-use-of-gmx-traj-mol

作者
Author: MZTNXWXBCLA 时间: 2023-2-15 08:37

sobereva 发表于 2023-2-15 05:32
你是指gmx traj结合-mol的情况？
这种情况，组里面要写分子序号（对应gro里的残基号）。参考https://gro ...

好的好的，感谢sob老师

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