最后就是如果批量对接，vina官配的PyRx可以解决
以上全部是开源或免费程序 作者Author: rpestana94 时间: 2023-2-15 16:50
If you check autdock vina documentation the tutorial give you all the preprocessing but also chimerax can help to delete waters and an other component you don't want.
Chimerax can be use to prepare proteins and ligands
if you have ligands in different formats you can use openbabel
if for any reason you need to do an optimization of the ligands, orca ans xtb can help you with that
for docking you can use autodock vina, autodock, if you want to try other option, flare is a paid one but of you write an email they can give you a one year license
for results, autodock tools, chimerax, maestro (free for academia), Discovery studio visualization (free for academia) 作者Author: frank666 时间: 2023-2-15 18:20
使用AutoDock vina进行对接操作，并且使用开源软件进行前处理的论文非常多，可以搜一下。但我个人觉得其实不用太纠结于用不用商业软件，如果学校买了直接用就是了，便宜的也是最贵的（时间成本），可以估量好时间成本与经济成本后进行折中的选择。作者Author: SunRuikang 时间: 2023-2-15 21:23
非常感谢大家的分享！在有license的情况下不用，是因为不太想让自己的技术储备依赖于相对单一的软件供应商，灌水区好像有一个同好刚买了软件，学校就被制裁了。