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标题: 求助做蛋白质-配体的模拟，生成小分子的gro文件后，与蛋白质合并在一起后VMD不显示 [打印本页]

作者
Author: qingqingdong 时间: 2023-2-16 19:08
标题: 求助做蛋白质-配体的模拟，生成小分子的gro文件后，与蛋白质合并在一起后VMD不显示
各位老师，我最近在做蛋白质-配体的分子动力学模拟，在建模过程中遇到了些问题（力场AMBER+GAFF）：
蛋白质使用gromacs的pdb2gmx命令生成gro文件（protein.gro）；
配体在GaussView中加好氢，生成.mol2文件，然后在sobtop生成gro文件和.itp文件（btn1.gro，btn1.itp）；
之后按照教程，将配体的gro文件加进蛋白质的gro文件中，并修改了原子数（complex.gro），在导入VMD的时候不显示，帧数也为0。其中两个gro文件没合并之前均能在VMD中显示。

请教各位老师，这要怎么改呢，我的操作过程中是哪一部分有问题吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-17 03:15
发帖之后好好检查标题，有问题及时编辑修改。这次我把你的不当标题 "求助，做蛋白质-配体的模拟，生成小分子的gro文件后，与蛋白质的合并一起VMDbu'xai... " 改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-17 03:22
把gro里第一行的#去掉

作者
Author: qingqingdong 时间: 2023-2-17 09:14

sobereva 发表于 2023-2-17 03:15
发帖之后好好检查标题，有问题及时编辑修改。这次我把你的不当标题 "求助，做蛋白质-配体的模拟，生成小分 ...

好的，辛苦老师

作者
Author: qingqingdong 时间: 2023-2-17 09:18

sobereva 发表于 2023-2-17 03:22
把gro里第一行的#去掉

没问题了，这个#是我后加的，因为一开始的时候就不显示，然后我以为可能是名字问题，就加了个#，现在去掉已经能正常显示了。
我最近总遇到，刚生成后，文件或是内容或是显示问题，翻来覆去找不到问题，之后几分钟再打开又可以了

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-2-17 18:24
你VMD卡了，重开

作者
Author: qingqingdong 时间: 2023-2-20 10:28

喵星大佬发表于 2023-2-17 18:24
你VMD卡了，重开

好的，多谢

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