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标题: 求长链正构烷烃的成键、角、二面角的tcl脚本 [打印本页]

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-2-17 11:04
标题: 求长链正构烷烃的成键、角、二面角的tcl脚本
请问是否有大佬写过长链正构烷烃的成键、角、二面角的tcl脚本？想求一份学习一下二面角部分如何判断。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-2-17 12:55
可以试试moltemplate，另外LigParGen可以生成lammps的top文件，或许修改一下可以直接拿来用

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-17 13:11
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “长链正构烷烃的tcl脚本” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-17 13:13
语义不明，说清楚具体想知道什么，是几何参数怎么计算，还是根据什么规则判断出什么东西，说清楚用在什么地方

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-2-17 18:13

sobereva 发表于 2023-2-17 13:13
语义不明，说清楚具体想知道什么，是几何参数怎么计算，还是根据什么规则判断出什么东西，说清楚用在什么地 ...

好的站长！

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-2-17 18:17

Lacrimosa 发表于 2023-2-17 12:55
可以试试moltemplate，另外LigParGen可以生成lammps的top文件，或许修改一下可以直接拿来用

想这么做是因为壁面部分的topo结构必须用tcl脚本才能构建，所以想整个体系一起在VMD中用tcl解决topo结构的问题。但后来因为嫌烷烃的tcl部分太麻烦，我就用tcl做壁面，guess命令做分子体系，然后将两个data文件在Excel里面整合了（将第二个data文件的原子序号，化学键、角序号都在第一个data文件的基础上累加），也跑通了，这么做应该也是可行的吧？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-2-17 20:02

sigusigu 发表于 2023-2-17 18:17
想这么做是因为壁面部分的topo结构必须用tcl脚本才能构建，所以想整个体系一起在VMD中用tcl解决topo结构 ...

可行的

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