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标题: 求助怎么绘制planar-averaged electron density difference plots [打印本页]

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Author: l61132782 时间: 2016-6-13 15:32
标题: 求助怎么绘制planar-averaged electron density difference plots
求大神帮助啊。此表征研究很久了，一直没有琢磨出来怎么绘制。如图所示，X轴为真空层Z方向的度数，Y轴为Z方向对应差分电荷的数据，一直没有找到数据在哪里，跪求大神指点。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-13 16:10
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-6-13 16:12 编辑

首先生成你想画函数（你的是电子密度差）的三维Cube文件，载入Multiwfn，13，18，选择要绘制的方向（你这里是Z），然后按照你的意思似乎应该选择 Plot graph of local integral curve，可得到图片，或者导出数据用其他软件绘制。

对丙烷的电子密度的X方向（YZ平面内积分）绘图如下，三个peak对应三个原子核，另外可以看到外侧有两个略微凸起的H的贡献：

(, 下载次数 Times of downloads: 39)

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作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-13 17:21
Multiwfn手册4.13.6节有这类例子
不过Multiwfn不直接支持第一性原理程序，但是如果你把你用的程序的密度差格点数据转换为Multiwfn能读的cube格式或dx格式，就也能用Multiwfn绘制这种图。

作者
Author: l61132782 时间: 2016-6-14 14:35

liyuanhe211 发表于 2016-6-13 16:10
首先生成你想画函数（你的是电子密度差）的三维Cube文件，载入Multiwfn，13，18，选择要绘制的方向（你这里 ...

非常感谢您的回复，Multiwfn软件说明书浏览了一下，楼下社长的回复是正确的。我再继续研究研究软件怎么用

作者
Author: l61132782 时间: 2016-6-14 15:27

sobereva 发表于 2016-6-13 17:21
Multiwfn手册4.13.6节有这类例子
不过Multiwfn不直接支持第一性原理程序，但是如果你把你用的程序的密度差 ...

社长，求问CASTEP里面的电荷文件（应该是.check文件）怎么转成cube格式？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-14 17:35

l61132782 发表于 2016-6-14 15:27
社长，求问CASTEP里面的电荷文件（应该是.check文件）怎么转成cube格式？

我不清楚。如果能找到格式定义，可以自己写个小程序转换

作者
Author: l61132782 时间: 2016-6-14 17:49

sobereva 发表于 2016-6-14 17:35
我不清楚。如果能找到格式定义，可以自己写个小程序转换

感谢社长帮助。好像check文件是版权的读不出来。我想了个笨方法，用差分那个切面一点一点挪

试了下100个点画图棱角还是很多；既然转化不了，能不能用高斯做差分？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-14 18:02

l61132782 发表于 2016-6-14 17:49
感谢社长帮助。好像check文件是版权的读不出来。我想了个笨方法，用差分那个切面一点一点挪试了下100 ...

高斯跟这个毫无关系。
高斯算出来的波函数也得用Multiwfn才能做这种图。

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