计算化学公社

标题: 求助IRC横坐标质量权重坐标mass-weighted coordinates如何计算得到 [打印本页]

作者
Author: liurui 时间: 2023-2-17 15:58
标题: 求助IRC横坐标质量权重坐标mass-weighted coordinates如何计算得到
本帖最后由 liurui 于 2023-3-6 10:04 编辑

Original X0 Y0 Z0 is as follows:
O                1.20343100 1.30607900 0.00833300
O                -1.21511700 1.24204400 -0.02704000
O                -1.95089800 -1.22184500 0.00615000
O                1.91598000 -1.25136200 0.03130500
H                -0.08762100 1.29622200 -0.02556400
H                1.64046500 1.88221900 -0.63702500
H                -1.53414700 0.27408800 -0.03448400
H                -1.59329300 1.69512400 0.74534600
H                2.38504100 -1.54071800 0.82842900
H                -1.30706000 -1.94327300 0.04953500
H                1.59616600 0.38981500 -0.04370300
H                2.36437800 -1.68795900 -0.70808600
H                -2.72430500 -1.55448800 -0.47198800
The last X Y Z is as follows:
O                1.18427700 1.19135800 -0.10932000
O                -1.20616000 1.17407100 0.11612200
O                -2.31061600 -1.16967000 -0.10920400
O                2.33275000 -1.13370100 0.10267000
H                -0.01225500 1.15167500 0.00192900
H                1.48597100 1.69400100 -0.88221400
H                -1.66233200 0.27473600 0.08243700
H                -1.51092900 1.66503700 0.89525700
H                3.03110800 -1.25409000 0.76202100
H                -2.51819100 -1.77541000 0.61631300
H                1.65623400 0.30021100 -0.08005000
H                2.52526700 -1.74629400 -0.62096300
H                -2.99886900 -1.29477800 -0.77896900
Each atomic masses are as follows:
Atom    1 has atomic number  8 and mass  15.99491
Atom    2 has atomic number  8 and mass  15.99491
Atom    3 has atomic number  8 and mass  15.99491
Atom    4 has atomic number  8 and mass  15.99491
Atom    5 has atomic number  1 and mass 1.00783
Atom    6 has atomic number  1 and mass 1.00783
Atom    7 has atomic number  1 and mass 1.00783
Atom    8 has atomic number  1 and mass 1.00783
Atom    9 has atomic number  1 and mass 1.00783
Atom 10 has atomic number  1 and mass 1.00783
Atom 11 has atomic number  1 and mass 1.00783
Atom 12 has atomic number  1 and mass 1.00783
Atom 13 has atomic number  1 and mass 1.00783
mass-weighted coordinate should be 10.44145.
But how to obtain this value?
First,

Second,

Then,

Last,

But, this value is not correct.Waiting for your help.

作者
Author: 王二葛 时间: 2023-2-17 16:35
这里我也没搞明白，刚才去问了下 ChatGPT，总结起来如下

1. 所有的坐标都以质量加权，因此 IRC 的单位有个 amu^{1/2}
2. 梯度方向为优化指向
3. 沿着梯度方向前进 0.1，即 IRC 坐标的 0.1

所以横坐标是人为指定的步长，表示在最速下降的方向前进的加权距离

目前没有其它参考资料，请朋友们指正

作者
Author: wuyulele 时间: 2023-2-20 22:09
借楼问一下，ORCA的IRC计算，如何得到反应坐标？

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-3 09:43

王二葛发表于 2023-2-17 16:35
这里我也没搞明白，刚才去问了下 ChatGPT，总结起来如下

1. 所有的坐标都以质量加权，因此 IRC 的单位有 ...

刚刚查到网上有一页ppt讲了质量加权坐标的计算，
q=(ni*r)的二分之一次幂，i=1,2,3....N ,a=x,y,z
n是几号原子吗？
然后x,y,z咋算呐，懵圈了

作者
Author: dantevinsky 时间: 2023-3-3 11:45
建议看Truhlar的《GENERALIZED TRANSITION STATE THEORY》，介绍的很详细

作者
Author: Melvin 时间: 2023-3-3 12:40
一个相关的问题，之前我也算完IRC没搞明白质权坐标怎么换算，http://bbs.keinsci.com/thread-15201-1-1.html ，http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html ，都提到了Cartesian关键词，是不是可以理解为使用Cartesian关键字可以方便的使计算的坐标单位为Bohr？

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-3 15:02

王二葛发表于 2023-2-17 16:35
这里我也没搞明白，刚才去问了下 ChatGPT，总结起来如下

1. 所有的坐标都以质量加权，因此 IRC 的单位有 ...

收到，谢谢老师

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-3 15:03

wuyulele 发表于 2023-2-20 22:09
借楼问一下，ORCA的IRC计算，如何得到反应坐标？

还没俺成功orca,等其他老师来回

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-3 15:03

dantevinsky 发表于 2023-3-3 11:45
建议看Truhlar的《GENERALIZED TRANSITION STATE THEORY》，介绍的很详细

收到，谢谢老师

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-3 15:04

Melvin 发表于 2023-3-3 12:40
一个相关的问题，之前我也算完IRC没搞明白质权坐标怎么换算，http://bbs.keinsci.com/thread-15201-1-1.htm ...

是哇是哇

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-3 18:20

王二葛发表于 2023-2-17 16:35
这里我也没搞明白，刚才去问了下 ChatGPT，总结起来如下

1. 所有的坐标都以质量加权，因此 IRC 的单位有 ...

想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-3 18:20

wuyulele 发表于 2023-2-20 22:09
借楼问一下，ORCA的IRC计算，如何得到反应坐标？

想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-3 18:21

dantevinsky 发表于 2023-3-3 11:45
建议看Truhlar的《GENERALIZED TRANSITION STATE THEORY》，介绍的很详细

看了您提供的文献，似乎需要转置矩阵，还是不会算，想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-3 18:21

dantevinsky 发表于 2023-3-3 11:45
建议看Truhlar的《GENERALIZED TRANSITION STATE THEORY》，介绍的很详细

看了您提供的文献，似乎需要转置矩阵，还是不会算，想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-3 18:21

Melvin 发表于 2023-3-3 12:40
一个相关的问题，之前我也算完IRC没搞明白质权坐标怎么换算，http://bbs.keinsci.com/thread-15201-1-1.htm ...

看了您提供的文献，似乎需要转置矩阵，还是不会算，想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

作者
Author: yuan12 时间: 2024-4-22 19:12

liurui 发表于 2023-3-3 18:21
看了您提供的文献，似乎需要转置矩阵，还是不会算，想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

你好请问这个问题解决了吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)